Lesson 6 of 20

폐포대식세포 — 논문이 하필 폐암인 것과 관계가 있다

논문 Fig. 1C 「LUAD」 · 조직 상주 대식세포

논문은 범암 자료를 훑은 뒤 폐선암(LUAD) 에 집중했습니다. TMB 가 높은데도 면역사막인 표본이 가장 많은 암종이었기 때문입니다.

왜 하필 폐일까요. 폐는 면역학적으로 이상한 장기입니다.

🌬️

늘 남의 것이 들어온다

먼지 · 꽃가루 · 세균이 하루 종일 들어옵니다. 매번 염증을 일으키면 숨을 못 쉽니다

🤫

그래서 기본값이 '억제'

폐포대식세포는 평소에 염증을 끄는 쪽으로 세팅되어 있습니다. TGF-β · IL-10 을 늘 냅니다

🎭

암이 그 세팅을 물려받는다

폐에서 자란 암은 이미 억제로 맞춰진 환경에서 시작합니다

폐포대식세포는 난황낭 유래로 태어날 때부터 폐포 안에 있고, Marco · Siglecf · Pparg 로 알아봅니다. 계면활성제를 재활용하는 것이 본업이고, 그 일 때문에 지질을 많이 먹는 세포입니다.

High school논문이 하필 폐암인 것

폐에는 폐포대식세포 라는 특별한 상주 세포가 있다. 그리고 이 논문은 폐선암(LUAD) 을 다룬다.

우연이 아니다

폐에서 골수계를 볼 때는 폐포대식세포를 반드시 고려 해야 한다. 다른 조직에는 없는 세포이기 때문이다.

폐포대식세포의 특징	내용
위치	폐포 공기 공간 안
기원	태아기 — 조직 상주 (2강)
주 임무	계면활성제 처리 · 공기 매개 입자 제거
표지	Siglecf · Itgax · Car4

조직마다 그 조직만의 대식세포가 있다 — 그 조직을 알아야 세포를 안다

Python Runs in your browser

# 우리 자료에 폐포대식세포가 있나
import mye

폐포 = ["Marco", "Siglecf", "Pparg"]
d = mye.detect_by(폐포)
세포형 = ["단핵구", "대식세포 (Arg1+)", "대식세포 (C1q+)", "대식세포 (M2형)",
          "호중구", "수지상세포"]
print("이 유전자가 잡힌 세포의 비율 (%)")
print(d.loc[세포형].to_string())
print()
print("거의 0 입니다. 이 종양에는 폐포대식세포가 없습니다.")

High school계면활성제라는 특이한 임무

폐포는 계면활성제 로 덮여 있다. 표면장력을 낮춰 폐포가 안 찌그러지게 하는 물질이다.

이것을 계속 치워야 한다

계면활성제가 쌓이면 호흡이 안 된다. 폐포대식세포가 계속 먹어 치운다.

이 능력이 없으면 폐포단백증 이라는 병이 생긴다 — 계면활성제가 폐를 채워 숨을 못 쉬게 된다.

그래서 대사가 특이하다

계면활성제는 지질 이다. 그러니 폐포대식세포는 지질 대사 가 발달해 있다.

지질 관련 유전자(Abca1, Pparg 등)가 높다. 이것이 나중에 TAM 과 헷갈리는 원인이 된다(14강).

정상 기능이 만든 발현 특징이 병적 상태의 표지와 겹칠 수 있다

Python Runs in your browser

# 그러면 이 자료로 무엇을 말할 수 있나 - 조직 상주 표지자를 전부 훑는다
import mye

상주 = ["Marco", "Siglecf", "Pparg", "Timd4", "Lyve1"]
d = mye.cells()
print(f"{'유전자':<10}{'잡힌 세포':>10}{'전체 대비':>10}")
for g in 상주:
    n = (d[g] > 0).sum()
    print(f"{g:<10}{n:>10,}{100*n/len(d):>9.2f}%")
print()
print(f"전체 {len(d):,} 세포 가운데")
print("조직 상주 대식세포로 볼 만한 무리는 없습니다.")

High school폐암에서 폐포대식세포가 겪는 일

변화	내용
수가 줄어듦	단핵구 유래 세포에 밀림
기능이 바뀜	종양 환경에 적응
종양 성장에 기여	일부 모델에서 보고

두 집단을 구별해야 한다

종양 안 대식세포를 볼 때 원래 있던 폐포대식세포 와 새로 들어온 단핵구 유래 를 나눠야 한다.

합쳐서 "대식세포" 라고 하면 두 집단의 변화가 상쇄 되어 아무것도 안 보인다.

기원이 다른 집단을 합치면 각각의 변화가 서로를 지운다

High school자료에서 어떻게 가르나

표지	가리키는 것
Siglecf · Car4 · Ear1/2	폐포대식세포
Ccr2 · Ly6c2	최근 유입된 단핵구 유래
Cx3cr1	중간형 · 상주형 일부

완벽하게는 안 갈린다

단핵구 유래 세포도 폐에 오래 있으면 폐포대식세포 표지를 획득할 수 있다.

그러면 표지만으로는 기원을 알 수 없다. 2강에서 말한 대로, 확실한 답은 계보 추적뿐이다.

그래도 가르는 것이 낫다

완벽하지 않아도, 가르지 않는 것보다는 훨씬 낫다. 그리고 가른 뒤에 "이 구분은 추정" 이라고 적으면 된다.

불완전한 구분이라도 명시하고 쓰면 합쳐 보는 것보다 낫다

🤔 Check yourself

이 마우스 자료로 말할 수 없는 것은?

🤔 Check yourself

폐의 면역 기본값이 '억제' 쪽인 이유는?

🤔 Check yourself

피하 이식 모델을 쓰는 것이 잘못이라는 뜻인가요?

Answer 피하 모델은 종양 크기를 자로 잴 수 있고 다루기 쉽습니다. 대신 장기 고유의 면역 환경을 잃습니다. 어떤 모델도 전부를 주지 않습니다 — /invivo 3강이 네 가지 모델의 득실을 다룹니다.