20강 / 20강

정리 — 골수계로 말할 수 있는 것과 없는 것

20강 · 이 강의가 남기는 목록

스무 강을 지나왔습니다. 무엇을 얻었는지 정리합니다.

이 자료로 말할 수 있는 것

구성이 바뀐다

M1 유사 단핵구 11.46% → 28.07%
순환 단핵구 27.34% → 13.75% (녹다운 단독)
호중구 몫 53.1% → 22.4%
→ 논문의 Fig. 7 주장과 방향이 같다

이름표가 어디까지 맞나

순환 단핵구 — 억제 축 넷 중 셋에서 1위
M1 유사 — 활성산소는 1위, 병원체 인식은 꼴찌
M1/M2 는 한 축이 아니다 (r = −0.179)
→ 이름표는 부분적으로만 맞다

이 자료로 말할 수 없는 것

암세포에 관한 것

Cd45 로 골라 낸 자료라 암세포가 없다
논문의 Cd47·Cd38 주장은 암세포 얘기다 (9강)
→ 이 자료로 검증 불가

기능에 관한 것

억제 유전자를 켰다 ≠ 실제로 억제했다
Elane·Mpo 가 0 이라 NET 을 못 본다
단백질도, 시간도, 위치도 재지 않았다

통계에 관한 것

조건마다 생쥐가 한 마리다
세포를 아무리 많이 세도 n = 1 이다
비율의 구간은 '세포를 몇 개 봤나' 만 말한다
→ 생쥐 사이 변이는 알 수 없다

모델에 관한 것

논문의 사람 쪽은 폐선암
마우스 실험은 옆구리 피하 종양
폐포대식세포가 자료에 없다 (6강)
→ '폐암의 골수계' 를 본 것이 아니다

고등학생골수계로 말할 수 있는 것과 없는 것

말할 수 있는 것	말할 수 없는 것
골수계가 종양 안에서 가장 많다	그것이 종양을 돕는가 막는가 (일률적으로)
어느 세포가 어떤 표지를 발현하나	실제 기능
아형 배정이 안정적인가	그 아형이 실재하는 세포 종류인가
조건 간 비율의 방향	유의성 (n=1)
Cd47 이 고르게 발현됨	Ddx54 → Cd47 사슬 (9강)

전사체는 능력을 보여 주고 기능은 따로 확인해야 한다

Python 브라우저에서 실행

# 배운 숫자를 한 번에 다시 본다
import mye

p = mye.fig7_pct()
print("논문 Fig. 7D - 여섯 아형의 비율(%)")
print(p.to_string())
print()
d = mye.cells()
neut = d["세포형"].isin(mye.facts()["neut_set"]).values
print("호중구 몫")
for s in mye.ORDER:
    m = (d["표본"] == s).values
    print(f"  {mye.COND[s]:<26}{100*(m & neut).sum()/m.sum():>6.1f}%")

이 목록이 다음 강의들로 이어집니다.

Python 브라우저에서 실행

# 116개 유전자를 골랐다는 것은 - 무엇을 못 보게 됐나
import mye

g = mye.genes()
print(f"이 강의가 실은 유전자 {len(g)}개 / 원자료 32,285개")
print(f"비율 {100*len(g)/32285:.2f}%")
print()
못본것 = [
    "케모카인 수용체 대부분 - 어디로 가는지 못 본다",
    "대사 유전자 대부분 - 무엇을 먹는지 못 본다",
    "전사인자 대부분 - 무엇이 이 상태를 만드는지 못 본다",
    "리간드-수용체 짝 - 누가 누구에게 말하는지 못 본다",
]
for x in 못본것:
    print(f"  - {x}")
print()
print("고르는 순간 못 보는 것이 생깁니다. 고른 기준은 tools/prep_myeloid.py 에 있습니다.")

고등학생이 강의에서 반복된 문제

강	문제
2 · 6강	기원을 발현으로 확정할 수 없다
9강	자료에 필요한 세포가 없었다
12 · 13강	이분법이 자료에서 안 나뉜다
15강	기능으로 정의한 이름은 표지로 확인이 안 된다
16강	품질 필터가 한 세포 종류를 통째로 지운다
18 · 19강	정의에 쓴 것으로 검증하면 순환논증

여섯이 사실 하나의 문제다

전부 "이 이름이 무엇을 가리키나" 라는 물음이다.

골수계는 연속적이고 가변적 이라서 이름 붙이기가 특히 어렵다. 그런데 이름 없이는 이야기할 수 없다.

이름은 필요하지만 이름이 실재를 만들지는 않는다

고등학생이 강의가 남기는 습관

습관	나온 곳
이름의 정의를 먼저 확인한다	12 · 15강
정의에 쓴 것과 다른 증거로 검증한다	18 · 19강
계통인지 상태인지 묻는다	15강
필터가 무엇을 지웠는지 확인한다	16강
자료가 질문에 맞는지 먼저 본다	9강
배정 신뢰도를 함께 본다	17강

여섯 습관 모두 "이 범주가 실재하나" 를 묻는 훈련이다

여기서 이어지는 강의

더 알고 싶은 것	어디로
이 자료를 얼마나 믿을 수 있나 · 생쥐 한 마리 문제	`/immune` 7~10강
NK 와 수지상세포	`/innate` 전체
`Cd47`·`Cd38` 을 암세포에서 재기	`/bulk` · `/molassay`
이 세포들이 조직 어디에 있나	`/spatial` 16·17강
골수세포가 T세포에게 하는 말	`/cytokine` 전체
유세포분석으로 이 세포들을 세기	`/cytohist` 9~11강
실험 설계 — 왜 네 군이고 왜 n = 7 인가	`/invivo` 9·18강

고등학생다음 걸음

관심	과목
단일세포 분석의 통계적 함정	/immune
골수세포의 대사	/immunometab
선천면역 · DC · NK	/innate
공간 자료 제대로 다루기	/spatial
면역 회피 전체 지도	/escape
사이토카인 신호	/cytokine

이 강의가 남기려는 한 문장

골수계는 편이 정해져 있지 않다. 그래서 "좋은 세포/나쁜 세포" 로 나눌 수 없다.

대신 물어야 한다 — "이 환경에서 이 세포가 무엇을 하고 있나." 그리고 그 답은 세포가 아니라 환경 에 있다.

편이 없는 세포를 이해하려면 세포가 아니라 환경을 봐야 한다

🤔 확인 문제

이 강의에서 가장 중요한 방법론적 교훈은?

🤔 확인 문제

'골수계는 편이 정해져 있지 않다' 가 치료에 주는 함의로 가장 알맞은 것은?

해설 논문의 Ddx54 녹다운은 암세포에 한 것입니다. 그런데 면역세포 구성이 바뀌었습니다. 골수계를 직접 치는 약(Csf1r·Ccr2)이 단독으로 부진했던 것과 견주면 다른 길입니다.

🤔 확인 문제

이 강의가 여러 번 되풀이한 태도는?