손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 I

표적 하나가
나머지 다섯 걸음을 정한다

이 논문은 결과 논문이 아니라 절차 논문입니다. 서열 하나를 받는 것부터 가상 클로닝까지 여섯 걸음을 도구 이름과 문턱값까지 적어 두었습니다. 이 권은 그 가운데 첫 걸음만 다룹니다.
스파이크 단백질 P0DTC2 · 1273 아미노산을 예제로, 주소를 찾고 · 서열을 받고 · 받은 것이 맞는지 검산하는 법을 익힙니다. 21563 에서 25384 까지가 왜 3822 인지, 논문의 3819 와 어떻게 맞물리는지 직접 계산합니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python🗂️ 접근번호🧬 FASTA 📐 검산🪤 함정🧾 재현성🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

🗂️주소부터 적는다

이름이 아니라 접근번호로 적습니다. 판 번호까지 적어야 몇 달 뒤에도 같은 것이 나옵니다.

📐숫자끼리 검산시킨다

1273 · 3819 · 3822 가 서로를 확인합니다. 하나에서 나머지 둘이 나와야 합니다.

🪤멈추지 않는 오류를 찾는다

종 · 이형 · 낡은 판은 형식 검사를 전부 통과합니다. 잡는 방법을 따로 익힙니다.

🧾못 한 것을 적는다

이 논문의 수치는 전부 예측입니다. 20강에서 말할 수 있는 것과 없는 것에 선을 긋습니다.

전체 커리큘럼

표적 하나가 나머지 다섯 걸음을 정한다

Step 1 · Fig. 4 의 첫 칸

접근번호 — 이름이 아니라 주소다

Step 1 · P0DTC2 · YP_009724390.1 · NC_045512.2 · 43740568

세 개의 문 — UniProt · NCBI Protein · GenBank

Step 1 · 같은 서열에 이르는 서로 다른 입구

FASTA 를 한 바이트씩 읽는다 — 머리글이 먼저다

Step 1 · 서열 파일의 유일한 규칙

왜 스파이크인가 — P0DTC2 와 1273 아미노산

Step 1 · UniProt P0DTC2 · 1273 aa

단백질 서열과 CDS — 21563 에서 25384 까지

Step 1 · GenBank NC_045512.2 · surface glycoprotein 21563~25384

손을 움직인다 — 머리글을 쪼개고 잔기를 센다

Step 1 · 1273 을 스스로 확인하기

길이 산수 — 3822 인데 논문은 3819 이라고 적었다

Step 1 좌표 21563~25384 · Step 4 최적화 CDS 3819 nt

거꾸로 번역 — 단백질 하나에 CDS 는 수없이 많다

Step 1 에서 Step 4 로 넘어가는 다리

점 뒤의 숫자 — YP_009724390.1 과 재현성

Step 1 · YP_009724390.1 · NC_045512.2 · Gene ID 43740568

PDB 6VXX — 서열이 아니라 모양이 필요할 때

Step 1 · PDB 6VXX 사슬 A·B·C · Step 2 ElliPro 로 이어진다

표적을 모를 때 — 유전체 전체를 훑는다

Step 1 · 알려진 표적이 없을 때의 갈래

Clustal Omega — 변이를 견뎌 내는 자리 찾기

Step 1 · 표적을 모를 때의 둘째 걸음

세 개의 체 — Prokka · ExPASy Translate · NCBI Virus

Step 1 · 후보를 줄여 가는 순서

함정 하나 — 종이 다르고 이형이 다르고 판이 낡았다

Step 1 · 형식 검사를 통과하는 세 가지 오류

함정 둘 — 단백질 번호와 염기 번호를 섞는다

Step 1 · 1273 인가 3822 인가

전장이냐 다중 에피토프냐 — 두 갈래의 값

Step 1 · BNT162b2 · mRNA-1273 vs 이 논문의 구조체

계산 환경도 설계 조건이다 — 16~32 코어와 2~3시간

Step 1 · 논문이 적어 둔 하드웨어 요구와 실행 시간

종합 실습 — Step 1 블록을 처음부터 다시 그린다

Step 1 · Fig. 4 의 첫 칸을 코드로

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

Step 1 을 마치며 — 그리고 이 논문 전체의 한계