11. PDB 6VXX — 서열이 아니라 모양이 필요할 때 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 I

지금까지는 서열, 즉 한 줄로 늘어놓은 글자만 다뤘습니다. 그런데 항체는 글자를 읽지 않습니다. 모양을 만집니다.

그래서 Step 1 에서 서열과 함께 구조 주소도 챙깁니다. 논문이 쓴 것은 PDB 6VXX 이고, 사슬이 A·B·C 셋입니다.

두 갈래 에피토프

선형 에피토프

연속된 서열 조각. 서열만 있으면 예측할 수 있다. 펩타이드 백신에 쓰기 쉽다

입체 에피토프

떨어져 있던 자리가 접힌 뒤 한곳에 모인 것. 구조가 없으면 예측할 수 없다

오른쪽 때문에 구조가 필요합니다. 서열 위에서 1 번과 900 번 잔기는 멀지만, 접어 놓으면 나란히 붙어 있을 수 있습니다. 그 자리를 항체가 알아봅니다.

사슬을 켜고 꺼 보세요. 무엇을 보게 되고 무엇을 놓치는지 나옵니다.

불러오는 중…

사슬 하나를 빠뜨리면 경계에만 있는 자리를 통째로 잃습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 사슬을 몇 개 넣느냐에 따라 '볼 수 있는 자리' 가 어떻게 달라지는지 센다.
aa = 1273
chains = ["A", "B", "C"]

print("사슬 수   잔기 자리 수   사슬 사이 경계")
for n in (1, 2, 3):
    pos = aa * n
    pairs = n * (n - 1) // 2
    print("%6d %13d %14d 개" % (n, pos, pairs))
print()
print("사슬 하나만 넣으면 경계가 0 개다.")
print("세 개를 넣어야 경계 3 개가 생기고, 거기에만 있는 자리를 볼 수 있다.")
print()

# III 권에서 이어지는 숫자 - 여기서는 '자리의 규모' 만 감으로 잡는다
print("III 권이 알려 주는 결과 (예측값이다)")
print("  선형 B세포 에피토프 예측  1266 개 -> 최종 5 개")
print("  입체 B세포 에피토프 예측    10 개 -> 최종 5 개")
print("  그중 표면 접근성 상위 4 개로 검증")
print()
print("입체 쪽은 예측 자체가 10 개뿐이다. 자리가 드물다.")
print("드물기 때문에 사슬 하나를 빠뜨리면 손실이 크다.")

구조 주소도 Step 1 의 산출물이다

Step 1 의 기록표에 한 줄이 더 붙습니다.

칸	값	어디에 쓰이나
단백질 서열	`P0DTC2` · 1273 aa	Step 2 의 서열 기반 예측 전부
염기 좌표	`NC_045512.2` 21563~25384	Step 4·5
구조	`6VXX` 사슬 A·B·C	Step 2 의 입체 B세포 에피토프

구조가 없는 표적이면 어떻게 하나 — 선형 에피토프만으로 갑니다. 그러면 입체 쪽을 포기한다고 적어야 합니다. 못 한 것을 안 한 것처럼 적지 않습니다.

🤔 확인 문제

입체 에피토프를 예측하려면 서열만으로는 안 되는 까닭은?

🤔 확인 문제

6VXX 의 사슬 A·B·C 를 전부 골라야 하는 까닭은?

🤔 확인 문제

구조가 없는 표적을 다룰 때 옳은 태도는?