18. 계산 환경도 설계 조건이다 — 16~32 코어와 2~3시간

논문이 특이한 것을 적어 두었습니다 — 필요한 컴퓨터입니다. 절차 논문이기 때문입니다. 따라 할 수 없으면 절차가 아닙니다.

항목	논문이 적은 요구	왜 이만큼 필요한가
CPU	다중코어 16~32 코어 (예: Intel Core i9)	예측기를 대립유전자마다 병렬로 돌린다
GPU	선택 — 쓸 경우 CUDA 11 이상	일부 도구만 가속된다
RAM	16 GB 이상 (64~128 GB 권장)	정렬과 구조 계산이 메모리를 먹는다
저장장치	SSD 1 TB 이상	중간 파일이 쌓인다
운영체제	Linux 기준 · macOS · Windows(WSL2)	도구 대부분이 유닉스 계열용이다
시간	알려진 표적 하나에 약 2~3시간	서버 부하에 따라 달라진다

가진 컴퓨터의 사양을 밀어 보세요. 논문 요구를 채우는지, 그리고 표적 수가 늘면 시간이 어떻게 되는지 나옵니다.

불러오는 중…

최소 사양과 권장 사양의 간격이 RAM 에서 가장 큽니다.

Python 브라우저에서 실행

# 논문이 적은 요구를 충족하는지 검사하는 표.
spec_need = {"cores": 16, "ram_gb": 16, "ssd_tb": 1}
spec_want = {"cores": 32, "ram_gb": 64, "ssd_tb": 1}

machines = [
    ("노트북",        4,   8, 0.5),
    ("연구실 워크스테이션", 16,  32, 1.0),
    ("논문 권장 사양",   32, 128, 2.0),
]

print("%-20s %6s %8s %8s  %s" % ("기계", "코어", "RAM(GB)", "SSD(TB)", "판정"))
for name, c, r, s in machines:
    miss = []
    if c < spec_need["cores"]:  miss.append("코어")
    if r < spec_need["ram_gb"]: miss.append("RAM")
    if s < spec_need["ssd_tb"]: miss.append("SSD")
    if miss:
        verdict = "모자람: " + " ".join(miss)
    elif c >= spec_want["cores"] and r >= spec_want["ram_gb"]:
        verdict = "권장 사양 충족"
    else:
        verdict = "최소 사양 충족"
    print("%-20s %6d %8d %8.1f  %s" % (name, c, r, s, verdict))
print()
print("최소와 권장의 차이가 RAM 에서 가장 크다 - 16 GB 대 64~128 GB 다.")
print("메모리가 모자라면 느려지는 것이 아니라 아예 안 돌아간다.")

표적 수가 곧 시간입니다. 14강의 체 순서가 왜 값을 하는지 여기서 닫힙니다.

Python 브라우저에서 실행

# 표적 수가 늘면 시간이 어떻게 되나.
# 아래 시간 눈금은 '2~3시간' 하나만 논문 값이고, 나머지 배분은 가정이다.
# 인용하지 말 것.
base_lo, base_hi = 2.0, 3.0     # 논문: 알려진 표적 하나에 약 2~3시간

print("알려진 표적 n 개를 차례로 돌릴 때 (가정: 완전히 순차 처리)")
print("%6s %12s %12s" % ("표적 수", "최소(시간)", "최대(시간)"))
for n in (1, 2, 5, 10, 20):
    print("%6d %12.1f %12.1f" % (n, base_lo * n, base_hi * n))
print()

print("표적을 모를 때는 앞에 훑기 단계가 통째로 붙는다 (12~14강).")
print("훑기에서 후보가 k 개 나오면 뒤 걸음이 k 배가 된다.")
print()
for k in (3, 10, 30):
    print("  후보 %2d 개 -> 최소 %5.1f 시간 · 최대 %5.1f 시간"
          % (k, base_lo * k, base_hi * k))
print()
print("그래서 '체' 의 순서가 중요했다 (14 강). 후보를 먼저 줄이는 것이")
print("계산 시간을 줄이는 가장 값싼 방법이다.")
print()
print("주의: 위 곱셈은 '완전 순차 처리' 라는 가정 위의 어림이다.")
print("논문에 없는 값이므로 인용하면 안 된다.")

환경이 설계를 되민다

⏳

시간이 표적 수를 정한다

하루에 돌릴 수 있는 표적 수가 계획의 상한이 됩니다

🧠

메모리가 갈래를 정한다

구조 계산이 안 돌면 입체 에피토프를 포기하게 됩니다

🌐

웹 서버가 병목이 된다

논문이 “서버 부하에 따라” 라고 적은 까닭 — 내 컴퓨터 밖의 시간입니다

Step 1 에서 표적을 몇 개 삼을지 정할 때 이 표를 함께 봐야 합니다. 돌릴 수 없는 계획은 계획이 아닙니다.

🤔 확인 문제

논문이 적은 최소 RAM 과 권장 RAM 은?

🤔 확인 문제

“약 2~3시간” 에 들어 있지 않은 것은?

🤔 확인 문제

계산 환경이 Step 1 의 결정에 영향을 주는 방식은?