10. 점 뒤의 숫자 — YP_009724390.1 과 재현성 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 I

YP_009724390.1 의 .1 이 무엇인지 봅니다.

자료실의 서열은 고쳐집니다. 실험이 더 쌓이면 주석이 바뀌고, 오류가 발견되면 글자가 바뀝니다. 그때 접근번호는 그대로 두고 점 뒤의 숫자만 올립니다.

접근번호 = 무엇 · .판번호 = 언제의 무엇

NC_045512.2 를 보세요. 이 유전체 항목은 이미 두 번째 판입니다.

적는 방식	예	몇 달 뒤 같은 것이 나오나
이름만	스파이크 단백질	아니다 — 여러 개가 걸린다
접근번호만	`YP_009724390`	아마도 — 판이 올라가면 달라진다
판 번호까지	`YP_009724390.1`	그렇다 — 글자까지 같다
판 + 받은 날	`YP_009724390.1` (2026-01-05 내려받음)	그렇다 + 추적까지 된다

논문이 YP_009724390.1 처럼 점까지 적어 둔 것은 그래서 좋은 습관입니다. 이 논문이 잘한 자리입니다.

적는 방식을 골라 보세요. 그 방식으로 적힌 논문을 몇 달 뒤 재현할 수 있는지 판정합니다.

불러오는 중…

여섯 줄짜리 검사표입니다. Step 1 을 마칠 때마다 돌립니다.

Python 브라우저에서 실행

# Step 1 의 산출물을 '재현 가능한 기록' 으로 만드는 검사표.
record = {
    "표적":        "SARS-CoV-2 spike (surface glycoprotein)",
    "단백질 주소":  "P0DTC2",
    "단백질 주소2": "YP_009724390.1",
    "염기 주소":    "NC_045512.2",
    "좌표":        "21563-25384",
    "유전자 주소":  "43740568",
    "구조 주소":    "6VXX",
    "길이(aa)":    "1273",
}

checks = [
    ("접근번호가 있나",        any(k.endswith("주소") or k.endswith("주소2") for k in record)),
    ("단백질 판 번호가 있나",   "." in record["단백질 주소2"]),
    ("염기 판 번호가 있나",     "." in record["염기 주소"]),
    ("좌표가 있나",            "-" in record["좌표"]),
    ("길이가 적혀 있나",        record["길이(aa)"].isdigit()),
    ("내려받은 날짜가 있나",    False),
]

print("Step 1 기록표")
for k, v in record.items():
    print("  %-12s %s" % (k, v))
print()
print("재현성 검사")
ok = 0
for q, passed in checks:
    print("  [%s] %s" % ("O" if passed else " ", q))
    ok += 1 if passed else 0
print()
print("통과 %d / %d" % (ok, len(checks)))
print("빠진 것은 '내려받은 날짜' 다. 판 번호가 있으면 대개 충분하지만,")
print("자료실이 판을 올리지 않고 주석만 고치는 일도 있어 날짜를 함께 적는 편이 안전하다.")

이 논문이 재현성에서 걸린 자리

논문 자신은 표적의 접근번호를 판까지 적어 두었습니다. 그런데 자신이 만든 결과물에는 접근번호를 붙이지 않았습니다.

적어 둔 것

P0DTC2 · YP_009724390.1 · NC_045512.2 좌표 · 43740568 · 6VXX · 도구 이름과 문턱값

안 적은 것

자신이 설계한 서열의 원자료 접근번호. 그래서 독립 재현이 안 됩니다 — 읽는 사람이 같은 서열을 손에 넣을 길이 없습니다

절차를 아무리 자세히 적어도, 결과물의 주소가 없으면 남이 그 결과를 확인할 수 없습니다. 이 강의 2강에서 시작한 이야기가 여기서 닫힙니다 — 주소가 없으면 없는 것이나 마찬가지입니다.

🤔 확인 문제

NC_045512.2 의 .2 가 뜻하는 것은?

🤔 확인 문제

Gene ID 43740568 만 적어 놓았을 때의 한계는?

🤔 확인 문제

이 논문이 재현성에서 비판받는 지점은?