16. 함정 둘 — 단백질 번호와 염기 번호를 섞는다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps I

스파이크 단백질의 “길이” 는 얼마인가요. 답이 셋입니다.

답	무엇을 센 것	어디서 온 숫자
1273	아미노산 개수	UniProt `P0DTC2`
3819	염기 개수 — 정지코돈 제외	논문의 최적화 CDS (Step 4)
3822	염기 개수 — 정지코돈 포함	GenBank 좌표 21563~25384

셋 다 맞습니다. 틀리는 것은 어느 자로 쟀는지 밝히지 않을 때입니다.

숫자에는 단위가 붙어야 한다 — aa 인가 nt 인가

길이 숫자와 “어느 자로 쟀나” 를 골라 보세요. 앞뒤가 맞는지, 안 맞으면 어디가 틀렸는지 판정합니다.

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값과 단위를 함께 검사합니다. 값만 보면 셋 다 그럴듯합니다.

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# 숫자와 단위가 앞뒤 맞는지 검사하는 작은 판정기.
AA_LEN = 1273

def check(value, unit):
    if unit == "aa":
        ok = (value == AA_LEN)
        why = "UniProt 가 적어 둔 1273 과 같다" if ok else "1273 이 아니다"
    elif unit == "nt":
        if value == AA_LEN * 3:
            ok, why = True, "1273 x 3 - 정지코돈 제외"
        elif value == AA_LEN * 3 + 3:
            ok, why = True, "1273 x 3 + 3 - 정지코돈 포함"
        else:
            ok, why = False, "1273 에서 유도되지 않는다"
    else:
        ok, why = False, "단위를 모른다"
    return ok, why

tests = [(1273, "aa"), (3819, "nt"), (3822, "nt"),
         (1273, "nt"), (3822, "aa"), (424, "aa")]

print("%8s %5s %6s  %s" % ("값", "단위", "판정", "이유"))
for v, u in tests:
    ok, why = check(v, u)
    print("%8d %5s %6s  %s" % (v, u, "OK" if ok else "틀림", why))
print()
print("(1273, nt) 가 가장 흔한 실수다 - 아미노산 개수를 염기 개수로 착각한 것이다.")
print("그 서열을 코돈 최적화에 넣으면 길이가 3 분의 1 짜리 단백질이 나온다.")
print("그래도 프로그램은 멈추지 않는다.")

착각한 결과도 정상으로 보입니다. 그래서 단위와 주소를 붙여 적습니다.

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# 단위를 착각했을 때 뒤 걸음에서 무슨 일이 생기는지 끝까지 따라간다.
right_nt = 1273 * 3          # 3819 - 옳게 넘긴 경우
wrong_nt = 1273              # 아미노산 개수를 염기 개수로 착각

for name, nt in (("옳게 넘김", right_nt), ("단위 착각", wrong_nt)):
    codons = nt // 3
    aa = codons
    print(name)
    print("    넘긴 염기 수 ", nt)
    print("    코돈         ", codons)
    print("    만들어질 단백질 길이", aa, "아미노산")
    print("    1273 대비    ", "%.1f%%" % (aa / 1273 * 100))
    print()

print("단위를 착각하면 단백질이 3 분의 1 토막이 된다.")
print("그런데 그 토막도 - 길이가 3 의 배수이고 - 정상적인 단백질처럼 보인다.")
print("에피토프 예측도 돌아가고 점수도 나온다. 그저 전부 무의미할 뿐이다.")
print()
print("막는 법은 하나다. 숫자 옆에 언제나 단위와 주소를 적는다.")
print("  1273 aa  (P0DTC2)")
print("  3822 nt  (NC_045512.2 : 21563-25384)")

습관 하나로 세 함정이 한꺼번에 막힌다

숫자 · 단위 · 주소를 한 덩어리로 적는다

이렇게 적으면	막히는 것
`1273 aa (P0DTC2)`	단위 착각 · 이형 (길이 대조) · 종 (주소 대조)
`3822 nt (NC_045512.2 : 21563-25384)`	단위 착각 · 좌표 셈법 · 판 (10강)
`6VXX 사슬 A·B·C`	사슬 빠뜨리기 (11강)

세 줄이면 Step 1 의 기록이 끝납니다. 19강에서 이 세 줄을 직접 만듭니다.

🤔 Check yourself

“스파이크의 길이는 3822 다” 라는 문장이 불완전한 까닭은?

🤔 Check yourself

아미노산 개수 1273 을 염기 개수로 착각해 넘기면?

🤔 Check yourself

숫자를 적을 때 함께 적으면 세 함정이 한꺼번에 막히는 것은?

Answer 1273 aa (P0DTC2) 처럼 적으면 단위 착각 · 이형 · 종이 한 줄에서 모두 검사됩니다.