8. 길이 산수 — 3822 인데 논문은 3819 이라고 적었다 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 I

지금까지 나온 숫자를 한자리에 모아 봅니다. 그리고 어긋나는 것처럼 보이는 자리를 정직하게 풉니다.

어디	숫자	무엇을 센 것
UniProt `P0DTC2`	1273	아미노산 개수
GenBank 좌표 21563~25384	3822	염기 개수 — 정지코돈 포함
논문의 최적화된 전체 CDS (Step 4)	3819	염기 개수 — 정지코돈 제외

3822 − 3819 = 3 — 정지코돈 하나

아미노산 개수와 “정지코돈을 넣나 빼나” 를 바꿔 보세요. 세 숫자가 어떻게 맞물리는지 보입니다.

불러오는 중…

숫자 하나에서 나머지 둘이 나와야 합니다. 안 나오면 그 자리가 문제입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 세 숫자를 서로 유도해 본다. 어느 하나에서 나머지 둘이 나와야 한다.
aa = 1273                 # UniProt P0DTC2
gb_start, gb_end = 21563, 25384
paper_opt_nt = 3819       # Step 4 - LinearDesign 이 내놓은 최적화 전체 CDS

nt_no_stop = aa * 3
nt_stop    = aa * 3 + 3
gb_len     = gb_end - gb_start + 1

print("아미노산에서 출발")
print("  1273 x 3        =", nt_no_stop, "  <- 정지코돈 없이")
print("  1273 x 3 + 3    =", nt_stop,    "  <- 정지코돈까지")
print()
print("좌표에서 출발")
print("  25384-21563+1   =", gb_len)
print("  나머지          =", gb_len % 3, "  <- 0 이면 프레임이 맞다")
print("  코돈            =", gb_len // 3)
print("  아미노산        =", gb_len // 3 - 1)
print()
print("논문의 최적화 CDS  =", paper_opt_nt)
print("  3819 / 3        =", paper_opt_nt // 3, "코돈")
print("  1273 과 같은가   ", paper_opt_nt // 3 == aa)
print()
print("결론")
print("  3822 = 1273 아미노산 + 정지코돈 1개")
print("  3819 = 1273 아미노산 (정지코돈을 출력에 넣지 않았다)")
print("  두 숫자는 어긋난 것이 아니라 '무엇을 세었나' 가 다르다.")

같은 규칙을 다른 구조체에도 적용해 본다

논문이 만든 다중 에피토프 구조체(MEVC) 는 309 아미노산이고, 최적화한 염기 서열은 927 뉴클레오타이드입니다. 규칙이 맞는지 봅시다.

규칙을 다른 서열에도 돌려 봅니다. 두 번 맞으면 우연이 아닙니다.

Python 브라우저에서 실행

# 같은 검산을 논문의 다른 서열에도 돌려 본다.
cases = [
    ("전체 CDS (최적화)", 1273, 3819),
    ("MEVC (최적화)",     309,   927),
]

print("%-20s %6s %8s %8s %8s %s" % ("무엇", "아미노산", "논문 nt", "aa x 3", "차이", "해석"))
for name, aa, nt in cases:
    calc = aa * 3
    diff = nt - calc
    if diff == 0:
        how = "정지코돈 제외"
    elif diff == 3:
        how = "정지코돈 포함"
    else:
        how = "설명이 필요하다"
    print("%-20s %6d %8d %8d %8d %s" % (name, aa, nt, calc, diff, how))
print()

# Step 5 에서 이어지는 산수까지 한 번에
mevc_nt = 927
insert_bp = 939            # 제한효소 자리를 붙인 삽입체
vector_bp = 5369           # pET-28a(+)
print("Step 5 로 이어지는 산수")
print("  MEVC          ", mevc_nt, "nt")
print("  삽입체        ", insert_bp, "bp  (차이", insert_bp - mevc_nt, "bp - 제한효소 자리)")
print("  벡터          ", vector_bp, "bp")
print("  재조합 플라스미드", vector_bp + insert_bp, "bp")
print("  논문이 적은 값 ", 6262, "bp  ->", "맞음" if vector_bp + insert_bp == 6262 else "안 맞음")
print()
print("두 서열 다 '정지코돈 제외' 규칙을 따른다. 규칙이 일관되면 믿을 만하다.")

🤔 확인 문제

3822 와 3819 의 차이 3 은 무엇인가요?

🤔 확인 문제

MEVC 가 309 아미노산이고 최적화 서열이 927 nt 인 것이 뜻하는 바는?

🤔 확인 문제

숫자 둘이 어긋나 보일 때 가장 먼저 할 일은?