이교수의 면역관문과 면역치료 첫걸음

브레이크를 푸는 약이
왜 일부에게만 듣나

백 년 동안 면역을 북돋우려 했습니다. 전부 실패했어요. 답은 반대쪽에 있었습니다 — 브레이크에서 발을 떼는 것.
그 발상이 노벨상을 받았고 어떤 환자에게는 몇 년씩 지속되는 반응을 만들었습니다. 그런데 대부분의 암종에서 반응하는 환자는 소수입니다. 이 20강은 왜 그런지를 따라갑니다.
개념만 말하지 않습니다 — TCGA 종양 표본 10,071개를 직접 열어 관문 상관 네트워크를 그리고, 예측 지표 넷을 H&E 로 잰 림프구 침윤으로 채점합니다. 그리고 마우스 2×2 에서 시너지를 계산한 뒤, 왜 거기에 p 값을 붙일 수 없는지까지 셉니다.

🚦 면역관문💊 항-PD1📊 반응 예측 🧱 저항🐍 Python🔬 TCGA🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🔬진짜 자료로

가상 자료가 아닙니다. cBioPortal 에서 받은 TCGA 종양 표본 10,071개의 관문 유전자 발현을 그대로 씁니다. 여기에 TMB 와 H&E 림프구 침윤까지 이어 붙여 4,541개 표본을 만듭니다.

🧪다른 자로 채점한다

발현으로 만든 지표를 같은 발현 자료로 채점하면 순환논증입니다. 그래서 정답을 H&E 현미경 사진에서 가져옵니다 — RNA-seq 과 완전히 다른 측정이에요.

📉p 값을 못 붙이는 이유

15강에서 마우스 2×2 의 시너지가 기대의 6.9배로 나옵니다. 그런데 군마다 마우스가 한 마리라 얻을 수 있는 가장 작은 p 가 0.25 입니다. 효과 크기와 무관하게요 — 그것을 직접 셉니다.

✍️남의 숫자를 섞지 않는다

임상 반응률은 한 번도 계산 셀에 넣지 않았습니다. 우리가 잰 값이 아니니까요. 남의 숫자를 내 계산 옆에 놓으면 읽는 사람이 어느 것이 우리 것인지 알 수 없게 됩니다.

전체 커리큘럼

브레이크를 푸는 발상 — 액셀이 아니라

백 년 동안 면역을 '북돋우려' 했다 · 그런데 답은 반대쪽에 있었다

CTLA-4 — 첫 관문, 그리고 왜 림프절에서 작동하나

CD28 과 같은 리간드를 두고 다툰다 · 위치가 부작용까지 정한다

PD-1 과 PD-L1 — 현장에서 걸리는 브레이크

T세포가 일하러 간 자리에서 작동한다 · 종양이 이 신호를 흉내 낸다

【실습】 관문 유전자를 범암에서 본다

표본 10,071개 · 암종 31종 · 어디에 브레이크가 많이 걸려 있나

PD-L1 을 켜는 것들 — 유도성과 유전적 증폭

같은 '양성' 인데 뜻이 정반대인 두 경우를 자료로 갈라 본다

항체가 관문을 막는 법 — 어디를 잡느냐

결합 자리가 약효를 정한다 · 그리고 왜 '차단' 만으로 되나

IgG 아형이 정하는 것 — 왜 항-PD1 은 IgG4 인가

항체 꼬리가 '막기만 할지 죽일지' 를 정한다

다음 관문들 — LAG-3 · TIM-3 · TIGIT

왜 두 번째 관문을 찾나 · 그리고 왜 대부분 실패했나

【실습】 관문 상관 네트워크 — 무엇과 무엇이 한 덩어리인가

문턱을 옮기면 그림이 바뀐다 · 그리고 암종을 나누면 또 바뀐다

반응 예측 ① PD-L1 염색 — 가장 널리 쓰는데 가장 흔들린다

무엇을 세는가 · 어디를 자르는가 · 어느 항체로 보는가

반응 예측 ② TMB · MSI · GEP — 서로 다른 것을 잰다

표적이 있나 · 왜 많나 · 군대가 와 있나

【실습】 예측 지표 셋을 같은 자료로 채점한다

정답을 어디서 가져오나 · 그리고 이것이 왜 진짜 채점이 아닌가

저항 — 1차 · 적응 · 획득

안 듣는 데에도 종류가 있다 · 무엇이 없어서인가

병용 요법 — 무엇과 무엇을 왜

브레이크를 푸는 것만으로 안 되면 · 무엇을 더할 것인가

【실습】 논문의 2×2 에서 시너지를 계산한다

효과는 아주 크다 · 그런데 p 값을 붙일 수 없다

irAE — 브레이크를 푼 대가

왜 부작용이 '자가면역처럼' 생기나 · 그리고 왜 그것이 좋은 신호일 수도 있나

세포치료 — CAR-T 와 고형암의 벽

브레이크를 푸는 대신 군대를 만들어 넣는다 · 그런데 왜 고형암에서는 막히나

이중특이항체 — T세포를 끌어다 붙인다

한쪽은 암, 다른 쪽은 T세포 · 억지로 만나게 한다

【실습】 이 논문의 전략을 다른 표적과 견준다

DDX54 는 사슬의 어디를 메우나 · 그리고 그 자리가 왜 비어 있었나

정리 — 지금 무엇이 막혀 있나

20강이 남긴 것 · 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것