알아볼 수 있어도
도착하지 못하면 소용없다
면역학 교과서는 대부분 알아보는 이야기입니다. 그런데 그 전에 풀어야 할 문제가 있어요 — 그 세포가 거기까지 가야 합니다.
논문의 종양은 돌연변이가 많고 항원제시도 멀쩡한데 T세포가 없습니다. 논문은 이렇게 적었습니다 — 항-PD1 단독은 림프구를 불러오기는 하나 종양 중심으로 들여보내지는 못한다.
이 20강은 그 문법을 배우고, 그 주장을 좌표로 채점합니다. 세포 10만 개로 '침윤했다' 를 다섯 가지로 재면 다섯이 서로 다른 답을 냅니다. 지표를 고르는 것이 결론을 고르는 일이라는 것을 자료로 봅니다.
이렇게 배웁니다
🧭문법을 먼저 배운다
케모카인이 방향을 주고, 셀렉틴이 속도를 줄이고, 케모카인 검문을 통과해야 인테그린이 펴집니다. 일곱 단계 가운데 하나만 막혀도 T세포는 도착하지 못해요.
📏다섯 가지로 재 본다
개수 · 비율 · 밀도 · 거리 · 둘레 조성. 같은 자료인데 다섯이 서로 다른 답을 냅니다 — 앞의 셋은 병용이 최고, 뒤의 둘은 대조가 최고입니다.
🔍같은 숫자, 두 이야기
병용에서 림프구가 종양세포로부터 더 멉니다. 못 들어간 걸까요, 이미 치운 걸까요. 증식 종양세포가 4,041 → 502 로 줄었습니다.
⚖️판정 불가를 판정 불가라 적는다
논문의 주장을 셋으로 쪼개면 둘은 지지되고 하나는 판정 불가입니다. 숫자는 반대 방향인데 대안 설명을 배제하지 못했거든요.
전체 커리큘럼
01
면역은 붙박이가 아니다 — 몸을 도는 세포들
논문 Fig. 5E 「does not induce their infiltration into the core」
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02
케모카인 — 농도 기울기가 방향을 만든다
주화성(chemotaxis) · CXCL9/10 과 CXCR3
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03
【실습】 좌표가 붙은 세포 10만 개를 연다
GSE285341 Xenium · 조건마다 25,000개
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04
접착 4단계 — 구르기 · 활성화 · 붙기 · 빠져나가기
백혈구 유출(extravasation)의 문법
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05
셀렉틴 · 인테그린 · ICAM — 이름이 많은 이유
접착 분자 가족 정리
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06
림프절 — 만나도록 설계된 건물
T구역 · B여포 · 그리고 CCL19/21
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07
HEV — 혈액에서 림프절로 들어가는 전용문
고내피세정맥(high endothelial venule)
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08
프라이밍 다음 — 귀소수용체가 목적지를 정한다
imprinting · 어디서 깨어났느냐가 어디로 갈지를 정한다
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09
조직 상주 — 나가지 않기로 한 세포들
Trm · CD69 와 CD103 · 그리고 종양에서의 뜻
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10
종양 혈관은 정상 혈관이 아니다
비정상 혈관 · 그리고 혈관 정상화라는 역설
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11
【실습】 사막 · 배제 · 염증 — 세 표현형을 좌표로 다시 본다
논문 Fig. 1A · Saltz 등의 분류를 공간에서
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12
기질과 CAF — 물리적 장벽
콜라겐 · CXCL12 · TGF-β
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13
케모카인을 지운다 — CXCL9/10 이 꺼지는 방법
후성유전학적 침묵 · 니트로화 · 그리고 상위 경로
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14
【실습】 네 조건에서 케모카인 축을 잰다
GSE285341 Xenium · 그리고 깊이라는 함정
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15
침윤을 어떻게 재나 — 개수 · 밀도 · 거리
논문 Fig. 4E · Fig. 5E · 무엇을 재느냐로 결론이 바뀐다
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16
【실습】 경계에서 중심까지 — 거리 프로파일을 그린다
종양세포까지의 거리 · 조건마다 어떻게 다른가
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17
【실습】 '가장자리에만 있다' 를 숫자로 판정한다
이웃 반지름 50 µm 안의 종양세포 비율
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18
TLS — 종양 안에 림프절을 짓는다
3차 림프구조 · 그리고 우리 자료의 림프구 뭉침
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19
【실습】 논문 Fig. 5 의 '중심 침투' 주장을 채점한다
논문 Fig. 5B·E — 좌표로 판정할 수 있는가
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20
정리 — 들여보내는 일이 왜 이렇게 어려운가
20강 · 이 강의가 남기는 목록
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