손박사의 Answer ALS 첫걸음

죽은 조직으로
병의 시작을 볼 수 있는가

루게릭병(ALS) 은 운동신경세포가 하나씩 죽는 병입니다. 이름이 붙은 지 150년이 넘었는데 병을 멈추는 약은 없어요. 약을 만들 자리를 아직 모르기 때문입니다.
그 자리를 찾으려면 죽어 가는 운동신경세포를 봐야 하는데, 사람의 척수는 죽은 뒤에만 얻을 수 있습니다. 그리고 그때는 이미 죽을 세포가 없어요.
이 20강에서는 공개 자료 다섯 벌을 실제로 내려받아 그 벽에 부딪혀 봅니다. 어긋난 메타데이터, 읽히지 않는 사후지연, 같은 사람이 두 번 세어지는 표본, 그리고 같은 척수를 두 방식으로 쟀더니 상관이 0.43 이었다는 사실까지. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다.

🐍 Python⚡ ALS🧠 사후 조직 🧫 iPSC 운동신경세포📊 메타분석🪰 초파리 검증🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

⚡병부터, 아무것도 모른다고 치고

운동신경세포가 무엇이고 왜 죽는지부터. SOD1 을 알아도 표적이 안 되는 이유가 3강입니다.

🧟메타데이터가 부리는 말썽

특성 줄이 표본마다 어긋나 있고, 사후지연은 10 to 34 라고 적혀 있고, 같은 사람이 두 번 들어 있습니다. 전부 실제 파일입니다.

🔬상관 0.43 이라는 벽

같은 환자, 같은 척수를 레이저 절취와 조직 통째로 재 봅니다. 유전자의 30%에서 부호가 반대예요.

🪰그리고 우리는 실패한다

초파리에서 검증된 표적 여덟 개 중 우리 방법이 찾은 것은 하나였습니다. 왜 놓쳤는지가 이 강의의 결론입니다.

전체 커리큘럼

표적이 없는 병 — 그래서 자료부터 뒤졌다

Pun FW, et al. Front Aging Neurosci 14:914017 (2022)

운동신경세포 — 뇌에서 근육까지 두 칸으로 간다

상위·하위 운동신경세포와 ALS 의 진행

SOD1 을 알아도 표적이 안 되는 이유

원인 유전자와 발현 자료 · 이 강의의 실제 계산 결과

사후 조직 — 병이 끝난 자리를 본다

GSE26927 의 post-mortem delay 실제 값

스무 해에 걸친 다섯 시리즈 — 1999년 칩부터 2019년까지

GSE833 · GSE18920 · GSE20589 · GSE26927 · GSE139384

어긋난 특성 줄 — GSE20589 의 세 번째 줄이 표본마다 다르다

Sample_characteristics_ch1 · GSE20589 실제 값

적혀 있어도 못 읽는다 — '?' 와 '10 to 34'

GSE26927 의 post-mortem delay 와 age at death

같은 사람이 두 번 — 표본 수를 세는 법

GSE18920 의 Patient 번호와 GSE139384 의 subject id

척수와 전두엽을 한 표에 — 조직 불일치

다섯 시리즈의 조직 · GSE26927 의 뇌 부위 목록

합친 결과 — 유전자 14,100개 중 1,750개

무작위효과 메타분석 · Benjamini–Hochberg · 이 강의의 실제 결과

상위 목록이 전부 면역세포다 — CYBB · IGSF6 · TNFSF13B

이 강의 상위 유전자의 실제 목록

유전자가 변한 것인가, 세포가 바뀐 것인가

조직 전체를 갈아서 재면 생기는 근본 문제

GFAP 의 I² 는 92.5% — 다섯이 서로 다른 말을 한다

이 강의의 실제 I² 값 · 알려진 ALS 유전자들

같은 환자, 같은 척수 — 그런데 상관이 0.43

GSE18920 의 운동신경세포와 전각 조직 · 유전자 17,678개 비교

환자의 피에서 운동신경세포를 만든다

iPSC 와 diMN — Answer ALS 가 쓴 재료

Answer ALS — 환자 천 명, 네 겹의 자료, 그리고 스마트폰

Baxi EG, et al. Nat Neurosci 25:226–237 (2022)

두 층을 겹친다 — 조직에서 보이고 세포에서도 보이는 것

Pun FW, et al. (2022) 의 CNS 237/91 과 diMN 135/31

검증된 여덟 개가 우리 목록의 어디 있나

KCNB2 · KCNS3 · ADRA2B · NR3C1 · P2RY14 · PPP3CB · PTPRC · RARA

처음부터 다시 — 두 층으로 표적 순위표를 만든다

1강부터 18강까지를 한 번에

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

이 강의가 실제로 얻은 결과와 그 한계