18강 / 20강

검증된 여덟 개가 우리 목록의 어디 있나

KCNB2 · KCNS3 · ADRA2B · NR3C1 · P2RY14 · PPP3CB · PTPRC · RARA

이 강의의 시험지입니다.

Pun 등은 표적 28개를 뽑았고, 그중 신규 후보들을 C9orf72 초파리에서 검증했습니다. 억제했을 때 눈 신경퇴행이 실제로 되돌아온 유전자가 여덟 개예요.

KCNB2 KCNS3 ADRA2B NR3C1 P2RY14 PPP3CB PTPRC RARA

우리의 단순한 발현 메타분석은 이 여덟 개를 찾았을까요?

고등학생검증된 여덟 개

원 논문이 초파리 모형 에서 검증한 여덟 유전자다.

유전자	기능
KCNB2 · KCNS3	칼륨 채널
ADRA2B	아드레날린 수용체
NR3C1	글루코코르티코이드 수용체
P2RY14	퓨린 수용체
PPP3CB	칼시뉴린
PTPRC	CD45 — 면역세포
RARA	레티노산 수용체

계산으로 찾은 후보를 동물 모형에서 확인한 것 — 그것이 검증이다

결과입니다. 전부 실제 계산 값이에요.

유전자	합친 g	z	q	I²	k	q<0.05?
`KCNB2`	−1.00	−3.05	0.022	48.1%	4	통과
`ADRA2B`	+0.51	+2.46	0.098	0.0%	4	탈락
`PTPRC`	+1.14	+2.35	0.120	70.8%	4	탈락
`P2RY14`	+0.47	+1.76	0.349	25.8%	4	탈락
`PPP3CB`	−0.58	−0.97	0.787	85.4%	5	탈락
`RARA`	+0.44	+0.75	0.882	85.0%	5	탈락
`KCNS3`	−0.28	−0.64	0.915	65.1%	3	탈락
`NR3C1`	−0.16	−0.38	0.974	68.1%	4	탈락

여덟 개 중 하나만 통과했습니다.

고등학생우리 목록의 어디에 있나

이것이 재현 확인 이다.

결과	해석
상위에 있음	우리 방법이 잘 작동
중간	부분 재현
아래 · 없음	차이의 원인을 조사

양성 대조의 역할

이 여덟 개가 어디쯤에 있나 를 보면 우리 순위표를 얼마나 믿을지 알 수 있다.

그런데 조심할 것

이 여덟 개는 원 논문의 방법 으로 찾은 것이다. 우리 방법이 다르면 다른 것이 나오는 것이 자연스럽다.

양성 대조가 안 나오면 방법이 틀린 것일 수도 다른 것일 수도 있다

여덟 개를 다시 보면 어떤 종류인지가 보입니다.

유전자	무엇인가	왜 발현으로 안 잡히나
`KCNB2` `KCNS3`	전압의존 칼륨 통로	신경세포의 흥분성을 정합니다. 양보다 상태가 중요해요
`ADRA2B` `P2RY14`	G단백질결합 수용체	리간드가 있어야 작동합니다. 수용체 양은 잘 안 변해요
`NR3C1`	당질코르티코이드 수용체	호르몬이 붙어야 핵으로 갑니다. 위치가 문제지 양이 아니에요
`PPP3CB`	칼시뉴린 인산가수분해효소	칼슘이 붙어야 켜집니다. 효소는 양보다 활성이에요
`RARA`	레티노산 수용체	역시 리간드 의존
`PTPRC`	면역세포 표지 (CD45)	이건 올랐습니다 (g=+1.14) — 다만 I² 가 70.8% 라 탈락

여덟 중 일곱이 수용체 아니면 통로 아니면 효소입니다. 전부 양이 아니라 상태로 일하는 단백질이에요.

고등학생PTPRC 가 목록에 있다는 것

PTPRC 는 CD45 — 면역세포 표지 다.

11강의 문제가 여기서도 나온다

검증된 여덟 개에도 면역세포 유전자 가 들어 있다.

읽기	내용
신경염증이 진짜 표적	—
조성 신호가 검증까지 갔음	—

초파리에서 검증되었다는 것

초파리에도 대응하는 유전자 가 있고, 그것을 조작하면 표현형이 바뀌었다.

그러면 기능적 관련 이 있다는 증거다.

조성 신호로 보이던 것이 실제로 기능적일 수도 있다 — 검증이 그것을 가른다

표적의 종류가 방법의 사각지대를 정합니다.

Python 브라우저에서 실행

# 발현이 잡는 표적과 못 잡는 표적 — 여덟 개를 분류해 봅니다.
genes = [
    ("KCNB2",  "칼륨 통로",       "상태", -1.00, 0.022),
    ("KCNS3",  "칼륨 통로",       "상태", -0.28, 0.915),
    ("ADRA2B", "GPCR 수용체",     "상태", +0.51, 0.098),
    ("P2RY14", "GPCR 수용체",     "상태", +0.47, 0.349),
    ("NR3C1",  "핵 수용체",       "위치", -0.16, 0.974),
    ("RARA",   "핵 수용체",       "위치", +0.44, 0.882),
    ("PPP3CB", "인산가수분해효소","활성", -0.58, 0.787),
    ("PTPRC",  "면역세포 표지",   "양",   +1.14, 0.120),
]
print(f"{'유전자':9s} {'종류':16s} {'무엇으로 일하나':>10s} {'g':>7s} {'q':>7s}  통과")
n_pass = 0
for g, kind, mode, gv, q in genes:
    ok = q < 0.05
    n_pass += ok
    print(f"{g:9s} {kind:16s} {mode:>10s} {gv:+7.2f} {q:7.3f}  {'통과' if ok else '탈락'}")
print()
print(f"여덟 개 중 통과 {n_pass}개.")
print("'양' 으로 일하는 것은 PTPRC 하나뿐인데, 그것도 I2 때문에 탈락했습니다.")

고등학생초파리 모형의 한계

한계	내용
종이 아주 다름	사람과 초파리
대응 유전자가 애매	1:1 이 아님
표현형이 다름	운동 능력 등으로 대체
면역계가 다름	적응면역이 없음

마지막이 PTPRC 에 문제가 된다

초파리에는 CD45 가 없다. 그럼 무엇을 조작한 것인가?

비슷한 인산가수분해효소를 조작했을 것이다.

그러면 같은 것을 확인한 것인가

확실하지 않다.

먼 종의 모형은 빠르고 값싸지만 무엇을 확인했는지 애매해질 수 있다

🤔 확인 문제

여덟 개 중 일곱이 발현 메타분석에서 탈락한 가장 큰 이유는?

🤔 확인 문제

이 강의의 메타분석이 여덟 중 하나만 찾은 것을 어떻게 읽어야 하나요?

🤔 확인 문제

PTPRC 가 g = +1.14 로 올랐는데도 탈락한 이유는?