11강 / 20강

상위 목록이 전부 면역세포다 — CYBB · IGSF6 · TNFSF13B

이 강의 상위 유전자의 실제 목록

1,750개 중 위쪽을 봅시다. 실제 결과입니다.

#	유전자	g	z	I²	무엇을 하는 유전자인가
1	`CLDND1`	+1.73	+7.49	0.0%	희소돌기아교세포에 많다
2	`CYBB`	+1.75	+7.36	0.0%	미세아교세포의 NADPH 산화효소
3	`IGSF6`	+1.87	+7.33	0.0%	대식세포·미세아교세포 표면
5	`TRAF3IP3`	+1.85	+7.25	0.0%	림프구 신호전달
6	`TNFSF13B`	+1.73	+6.94	0.0%	BAFF — B세포를 살린다
8	`EVI2B`	+1.57	+6.78	0.0%	골수계 세포 표면
9	`IFI16`	+1.57	+6.77	0.0%	인터페론 반응
10	`TAGAP`	+1.68	+6.77	0.0%	T세포 활성화

미세아교세포, 대식세포, 림프구, B세포, T세포, 인터페론. 목록이 통째로 면역계입니다.

고등학생상위 목록이 전부 면역세포다

유의한 유전자 상위를 보면 면역·미세아교세포 유전자 가 가득하다.

유전자	정체
CYBB	NADPH 산화효소 — 식세포
IGSF6	면역세포 표면
TNFSF13B	B세포 활성 인자

운동신경세포 유전자가 아니다

신경세포가 죽는 병인데 상위 목록은 면역세포다 — 이것을 어떻게 읽을까

고등학생두 가지 읽기

읽기	내용
생물학적	신경염증이 실제로 일어남
기술적	세포 조성이 바뀐 것

첫 번째 — 신경염증

ALS 에서 미세아교세포 활성화 는 잘 알려져 있다. 그것이 병의 진행에 기여한다는 증거도 있다.

두 번째 — 세포 조성

신경세포가 죽어서 사라지고 교세포가 늘어나면 조직 전체를 갈아 재면 교세포 유전자가 올라간다.

개별 세포는 아무 변화가 없어도 그렇다.

같은 관찰이 생물학일 수도 측정 방식의 결과일 수도 있다 — 12강의 주제

ALS 의 신경염증(neuroinflammation) 은 잘 알려진 현상입니다. 운동신경세포가 죽으면 미세아교세포가 활성화되고, 별아교세포가 반응하고, 말초에서 면역세포가 들어옵니다.

그런데 이게 원인일까요, 결과일까요?

결과라면

세포가 죽으니까 청소하러 온 것. 막으면 더 나빠집니다. 죽은 세포가 안 치워지니까요.

원인이라면

면역세포가 신경세포를 공격하는 것. 막으면 나아집니다.

발현 자료는 이 둘을 구분하지 못합니다. 둘 다 같은 그림을 만드니까요.

고등학생둘 다일 수도 있다

가능성	내용
조성만	세포 비율 변화
상태만	세포당 발현 변화
둘 다	가장 그럴듯함

어떻게 가르나

방법	내용
레이저 절단	같은 세포끼리 비교 (9 · 14강)
단일세포	세포마다 봄
디컨볼루션	조성을 추정해 보정

이 강의 자료로는 부분적으로만

GSE18920 의 레이저 절단 자료가 있으니 일부는 확인할 수 있다.

조성과 상태를 가르려면 세포를 분리해 잰 자료가 필요하다

같은 결과에 이르는 두 이야기. 시간을 봐야 갈립니다.

Python 브라우저에서 실행

# 원인과 결과가 같은 발현 패턴을 만든다.
scenarios = {
    "면역이 원인": ["미세아교세포 활성화", "-> 신경세포 죽음", "-> 조직에 면역 유전자 증가"],
    "면역이 결과": ["신경세포 죽음", "-> 미세아교세포가 청소하러 옴", "-> 조직에 면역 유전자 증가"],
}
for name, chain in scenarios.items():
    print(f"{name}")
    for step in chain:
        print(f"    {step}")
    print()
print("마지막 줄이 같습니다.")
print("사후 조직 한 시점만 보면 두 이야기를 구분할 방법이 없어요.")

고등학생이것이 나쁜 결과인가

읽기	평가
실패	너무 극단적
중요한 발견	조성 변화도 사실

조성 변화도 병의 일부다

신경세포가 죽고 교세포가 늘어나는 것은 ALS 의 실제 병리 다.

그것을 자료가 정확히 반영한 것이다.

다만 표적 발굴에는 덜 유용하다

"교세포가 늘었다" 는 결과 이지 개입 지점 이 아니다.

자료가 정확히 반영한 것이 우리가 찾던 것이 아닐 수 있다

🤔 확인 문제

이 강의 상위 유전자 목록이 거의 전부 면역 관련인 것이 뜻하는 바는?

🤔 확인 문제

면역 반응이 신경세포 죽음의 결과인데 그것을 막으면?

🤔 확인 문제

PTPRC(CD45)가 이 강의 메타분석에서 문턱을 못 넘었는데도 초파리에서는 효과가 있었던 것이 시사하는 바는?