유박사의 10x Genomics 첫걸음

기름방울 하나에 세포 하나
그다음에 나오는 파일은 무엇인가

Chromium 은 세포를 기름방울 10만 개에 나눠 담고, 방울마다 다른 16글자 이름표를 붙입니다. 그렇게 만들어진 라이브러리가 시퀀서를 거쳐 표 하나가 되어 돌아와요.
이 20강은 그 기계 안을 먼저 들여다보고, 그다음 matrix.mtx · features.tsv · web_summary.html 를 한 줄씩 뜯어 봅니다. 마지막에는 10x 가 공개한 PBMC 시료 하나를 기계에서 세포유형까지 끌고 갑니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python💧 GEM🏷️ 세포바코드 🔢 UMI📄 matrix.mtx🧮 Cell Ranger🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

🔧기계부터 연다

칩 우물 세 줄에 무엇을 얹는지, 방울 안에서 45분 동안 무슨 일이 일어나는지 — 손이 하는 일을 먼저 봅니다. 파일 이야기는 그다음이에요.

📄파일을 한 줄씩

32709 2 4 라는 한 줄이 무슨 뜻인지 압니다. Matrix Market 을 손으로 풀어 표로 되살리고, HDF5 의 CSC 세 배열을 접었다 폈다 해 봅니다.

🩺속는 법을 먼저

T세포에서 헤모글로빈이 나오고, 문턱을 조금 옮기면 세포 수가 두 배가 됩니다. 결과를 믿기 전에 어떻게 속는지를 손으로 겪습니다.

🛠️만지며 익히기

강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 넣는 세포 수, 무릎 문턱, 품질 문턱 셋, PC 개수를 직접 돌려 결론이 바뀌는 것을 봅니다.

전체 커리큘럼

평균 뒤에 숨은 것 — 왜 세포를 하나씩 읽나

bulk RNA-seq 이 못 보는 것과, 10x 가 그 자리에 넣는 것

Chromium — 신용카드만 한 칩 하나

칩의 세 줄 우물에 무엇을 얹고, 기계는 18분 동안 무엇을 하나

젤비드 — 방울 하나에 이름표 수백만 장

구슬이 녹으면서 무슨 일이 일어나는가

세포바코드 — 미리 정해 둔 680만 개의 이름표

왜 무작위로 만들지 않고 목록을 들고 다니는가

UMI — 같은 분자를 두 번 세지 않기

PCR 이 만든 사본을 어떻게 걸러 내는가

3′ 와 5′ — 어느 쪽 끝을 읽을지 정한다

네 가지 화학과, 그 선택이 나중에 무엇을 막는가

벤치 위의 하루 — 시료에서 라이브러리까지

아홉 단계와, 그중 되돌릴 수 없는 두 자리

세포를 몇 개 넣을까 — 되찾는 수와 이중체의 맞바꿈

10x 사용설명서의 적재 표를 손으로 다시 만들어 본다

R1 은 이름표, R2 는 내용

FASTQ 두 파일이 서로 무슨 관계인가

Cell Ranger — FASTQ 가 표가 되기까지

명령 한 줄과, 그 안에서 일어나는 여섯 단계

세 파일 — barcodes · features · matrix

【실습】 Matrix Market 파일을 손으로 뜯어 표로 되살린다

HDF5 — 같은 행렬을 한 파일로

왜 형식이 두 벌인가, 그리고 CSC 라는 접는 법

web_summary.html — 먼저 봐야 할 열한 개 숫자

어느 값이 낮을 때 무엇을 의심하는가

어디까지가 세포인가 — 무릎 그림

바코드 68만 개 중 2,700개만 남기는 판단

품질 거르기 — 세 개의 문턱

【실습】 유전자 수 · UMI 수 · 미토콘드리아 비율

없는 유전자가 보인다 — 주변 RNA 와 이중체

T세포에서 헤모글로빈이 나오는 두 가지 이유

정규화와 로그 — 깊이가 다른 세포를 견주려면

왜 10,000 을 곱하고 왜 1 을 더하나

점 무리가 생기는 자리 — PCA · 이웃그래프 · UMAP

32,738차원을 2차원 그림으로 접는 세 걸음

PBMC 한 시료를 처음부터 끝까지

【실습 종합】 10x 공개 자료 pbmc3k — 기계에서 세포유형까지

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

이 파일로 주장해도 되는 문장, 하면 안 되는 문장