평균 뒤에 숨은 것 — 왜 세포를 하나씩 읽나

종양 조각 하나를 갈아서 RNA 를 뽑고 시퀀싱하면 유전자마다 숫자 하나가 나옵니다. 이것이 bulk RNA-seq 입니다. 값이 싸고, 안정적이고, 20년 동안 잘 써 왔어요.

그런데 그 숫자 하나는 조직 안 수십만 개 세포의 평균입니다. 암세포도 있고, T세포도 있고, 대식세포도 있고, 혈관벽 세포도 있는데 전부 한 통에 갈아 넣은 뒤의 평균이에요.

평균은 두 가지를 구분하지 못합니다.

치료 관점에서 A 와 B 는 완전히 다른 이야기입니다. B 라면 그 10%가 누구인지가 전부예요. 그런데 bulk 로는 어느 쪽인지 알 수가 없습니다.

10x Genomics 의 Chromium 은 이 나누기를 기계로 합니다. 세포 하나하나를 기름방울에 가두고, 방울마다 다른 이름표를 붙이고, 그 이름표째로 한꺼번에 시퀀싱해요.

결과는 표 하나입니다 — 행은 유전자, 열은 세포. bulk 가 준 열 하나짜리 표가 수천 열짜리 표가 되는 것, 그것이 전부입니다.