20강 / 20강
정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
이 파일로 주장해도 되는 문장, 하면 안 되는 문장
스무 강을 지나오며 결정을 여러 번 내렸습니다. 그 결정들이 무엇을 가능하게 하고 무엇을 막았는지 한자리에 모읍니다.
말해도 되는 것
세포 구성
“이 시료에서 CD4 T세포가 가장 많았다”
단, 해리에서 살아남은 세포들 중에서요
단, 해리에서 살아남은 세포들 중에서요
유형별 발현
“단핵구에서만 LYZ 가 높았다”
이것이 bulk 로는 못 하던 말입니다
이것이 bulk 로는 못 하던 말입니다
유형 안의 차이
“치료군의 CD8 T세포에서
소진 표지자가 높았다”
소진 표지자가 높았다”
드문 무리의 존재
“드문 세포유형이 있었다”
세포를 충분히 잡았다면요
세포를 충분히 잡았다면요
말하면 안 되는 것
비율의 절대값
“조직에 T세포가 45% 있다”
해리에서 살아남는 비율이 세포유형마다 다릅니다. 데이터의 비율은 조직의 비율이 아닙니다.
해리에서 살아남는 비율이 세포유형마다 다릅니다. 데이터의 비율은 조직의 비율이 아닙니다.
발현 없음
“이 세포는 X 를 발현하지 않는다”
0 은 '없다' 가 아니라 '못 잡았다' 일 수 있습니다. UMI 를 수천 개만 세는데요.
0 은 '없다' 가 아니라 '못 잡았다' 일 수 있습니다. UMI 를 수천 개만 세는데요.
공간 관계
“T세포가 종양 가까이 있었다”
위치는 해리하는 순간 사라졌습니다.
위치는 해리하는 순간 사라졌습니다.
군집 개수
“세포유형이 12가지 있었다”
12는 발견이 아니라
12는 발견이 아니라
resolution 설정값의 결과입니다.스무 강에서 내린 결정들
| 강 | 결정 | 다르게 정했다면 |
|---|---|---|
| 1 | 세포를 나눈다 | bulk — 값은 싸지만 누가 켰는지 모른다 |
| 6 | 3′ 을 읽는다 | 5′ — TCR·BCR 을 함께 볼 수 있었다 |
| 7 | 이 해리 조건 | 다른 효소 — 다른 세포유형이 살아남았을 것 |
| 8 | 세포 1만 개를 넣는다 | 적게 — 이중체는 줄지만 드문 유형을 놓친다 |
| 9 | 세포당 읽기 2만 | 얕게 — 세포당 유전자 수가 줄어든다 |
| 14 | Cell Ranger 의 세포 판정 | 문턱을 옮기면 세포 수가 크게 달라진다 |
| 15 | 미토 5% 문턱 | 조직에 따라 세포유형을 통째로 지운다 |
| 17 | CP10K + log1p | SCTransform — 군집이 조금 달라진다 |
| 18 | PC 10개 · resolution 0.5 | 군집 개수가 바뀐다 |
이 표가 이 강의의 요약입니다. 어느 줄도 “정답” 이 없습니다. 다만 무엇을 정했는지 적어 두면 남이 다시 해 볼 수 있어요. 그것이 방법 문단이 하는 일입니다.
다음에 갈 곳
🤔 확인 문제
단일세포 자료로 말하면 안 되는 문장은?
해설 해리에서 살아남는 비율이 세포유형마다 다릅니다.
데이터에서 센 비율은 해리를 견딘 세포들 사이의 비율이지
조직 안의 비율이 아니에요.
🤔 확인 문제
어떤 세포에서 유전자 X 의 값이 0 이었다. 옳은 해석은?
해설 세포 하나에서 세는 분자는 수천 개인데 유전자는 2만 개입니다.
낮게 발현되는 유전자는 있어도 0 으로 나오기 쉬워요.
군집 전체에서 0 에 가까울 때 비로소 이야기할 수 있습니다.
🤔 확인 문제
논문 방법 문단에 반드시 적어야 하는 것이 아닌 것은?
해설 나머지 셋은 없으면 그림을 다시 그릴 수 없습니다.
이 여덟 줄이 재현성의 최소 단위예요.