Lesson 13 of 20
web_summary.html — 먼저 봐야 할 열한 개 숫자
어느 값이 낮을 때 무엇을 의심하는가
outs/web_summary.html 를 브라우저로 열면 두 쪽이 나옵니다.
Summary 와 Analysis. 우리는 Summary 만 봅니다.
맨 위에 세 개, 그 아래 표에 여덟 개쯤 되는 숫자가 있어요. 이 숫자들이 무엇을 뜻하고, 낮으면 무엇을 의심해야 하는지가 이 강의입니다.
맨 위 세 숫자
| 이름 | 뜻 | 보는 법 |
|---|---|---|
| Estimated Number of Cells | 세포로 인정된 바코드 수 | 넣은 수의 60%쯤이면 정상 (8강) |
| Mean Reads per Cell | 세포 하나에 간 읽기 수 | 3′ 유전자발현은 2만 이상 권장 |
| Median Genes per Cell | 세포 하나에서 보인 유전자 종류 | 세포유형마다 크게 다르다. PBMC 는 800~2,000 |
그 아래 표
| 이름 | 뜻 | 낮으면 의심할 것 |
|---|---|---|
| Valid Barcodes | 화이트리스트에 맞은 비율 | 화학을 잘못 지정했거나 R1 길이가 틀렸다 |
| Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 유전자 하나에 확실히 붙은 읽기 | 참조 유전체가 틀렸다 · 유전체 DNA 오염 |
| Fraction Reads in Cells | 빈 방울이 아니라 세포로 간 읽기 | 주변 RNA — 세포가 죽었다 (16강) |
| Sequencing Saturation | 더 읽어도 새 분자가 나오나 | 낮으면 더 읽을 값어치가 있다 (문제가 아니다) |
| Q30 Bases in RNA Read | cDNA 글자의 품질 | 시퀀싱 자체가 나빴다 |
| Total Genes Detected | 시료 전체에서 한 번이라도 보인 유전자 | 세포 수와 깊이가 모자라다 |
문턱 넷만 보면 대부분의 실패를 잡아냅니다.
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시퀀싱을 더 할지 말지를 이 숫자로 정합니다.
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🤔 Check yourself
Fraction Reads in Cells 가 40% 로 낮게 나왔다. 가장 먼저 의심할 것은?Answer 읽기의 60%가 세포 없는 방울로 갔다는 뜻입니다.
그 방울에 RNA 가 있었다는 것은 용액에 떠다니는 RNA 가 많았다는 것이고,
그 출처는 대개 죽은 세포입니다.
🤔 Check yourself
Sequencing Saturation 이 낮은 것은 무엇을 뜻하나?Answer 포화도가 낮다는 것은 문제가 아니라 기회입니다.
시퀀싱을 더 하면 세포당 유전자 수가 늘어나요. 돈만 있으면요.