16강 / 20강
없는 유전자가 보인다 — 주변 RNA 와 이중체
T세포에서 헤모글로빈이 나오는 두 가지 이유
T세포 군집에서 헤모글로빈(HBB) 이 잡힙니다. T세포는 헤모글로빈을 만들지 않습니다. 무슨 일일까요.
이유는 둘 중 하나입니다. 그리고 둘은 다르게 고쳐야 해요.
① 주변 RNA
시료 준비 중 적혈구가 터져 HBB 가 용액에 떠다녔고,
모든 방울에 조금씩 들어갔다.
→ 모든 세포에 조금씩 보인다
모든 방울에 조금씩 들어갔다.
→ 모든 세포에 조금씩 보인다
② 이중체
T세포와 적혈구가 한 방울에 들어갔다.
→ 몇몇 세포에만 아주 많이 보인다
→ 몇몇 세포에만 아주 많이 보인다
같은 유전자, 두 가지 원인 — 분포 모양이 다릅니다.
Python
브라우저에서 실행
주변 RNA 를 걷어 내는 법
빈 방울들을 전부 합치면 주변 RNA 의 조성이 나옵니다 (14강에서 봤어요). 그 조성을 알면, 각 세포에서 그만큼을 빼면 됩니다.
보정된 값 = 관측값 − (그 세포의 총 UMI) × (오염률) × (주변 조성)
오염률을 추정해서 이 뺄셈을 해 주는 도구가 SoupX · CellBender 입니다. 전형적인 오염률은 2~10% 이고, 시료가 나쁘면 20% 를 넘기도 해요.
여기서 raw_feature_bc_matrix 가 필요합니다. filtered 만 받아 두면 빈 방울이 이미 지워져서 주변 조성을 못 구합니다.
이중체를 찾는 법
이중체는 진짜 세포 두 개를 섞으면 어떻게 보일지 를 흉내 내서 찾습니다.
| 단계 | 하는 일 |
|---|---|
| 1 | 진짜 세포를 무작위로 두 개씩 골라 더한다 — 가짜 이중체를 많이 만든다 |
| 2 | 진짜 세포와 가짜 이중체를 한 공간에 놓는다 |
| 3 | 세포마다 이웃에 가짜 이중체가 얼마나 많은지 센다 |
| 4 | 그 비율이 높은 세포에 이중체 점수를 준다 |
이렇게 하는 도구가 Scrublet · DoubletFinder · scDblFinder 입니다. 기대 이중체율(8강의 표) 을 넣어 주면 그만큼만 잘라 냅니다.
🤔 확인 문제
어떤 유전자가 거의 모든 세포에서 1~2개씩 잡힌다면 무엇을 의심하나?
해설 넓고 얕게 퍼져 있는 것이 주변 RNA 의 특징입니다.
이중체라면 몇 %의 세포에만, 그 안에서는 아주 많이 나옵니다.
🤔 확인 문제
주변 RNA 보정을 하려면 어떤 파일이 필요한가?
해설 빈 방울들을 합쳐야 주변 RNA 의 조성을 알 수 있습니다.
filtered 에는 그 방울들이 이미 지워져 있어요.