이교수의 암 면역회피 첫걸음

알아볼 수 있는데
왜 죽지 않는가

돌연변이가 많으면 면역이 알아볼 거리가 많습니다. 그래서 TMB 가 면역치료의 바이오마커가 됐어요.
그런데 논문이 다루는 종양은 돌연변이가 많고, 항원제시도 멀쩡한데, T세포가 없습니다. 알아볼 수 있는데 아무도 오지 않습니다.
이 20강은 그 방법의 목록입니다 — 보이지 않기 · 잡히지 않기 · 들어오지 못하게. 그리고 목록을 외우는 데서 그치지 않습니다. TCGA 폐선암 407 표본으로 하나씩 채점하고, 논문이 든 다섯 주장 중 무엇이 살아남는지 세 코호트에서 확인하고, '인식 회로가 낮다' 는 결론이 어떻게 무너지는지까지 직접 봅니다.

🧹 면역편집🛑 CD47 · PD-L1🧬 Wnt · Myc · EMT 📊 세 코호트 검증🐍 Python🔬 TCGA · MSigDB🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

📋목록으로 외운다

회피 수단은 수십 가지입니다. 무엇을 끊는가로 셋으로 갈랐어요 — 보이지 않기 · 잡히지 않기 · 들어오지 못하게. 그 셋이 4강부터 15강까지의 목차입니다.

⚖️논문의 주장을 채점한다

논문은 사막 종양이 WNT · MYC · EMT · 줄기성 · NF-κB 와 이어진다고 했습니다. 같은 자료로 하나씩 채점하면 MYC 만 살아남습니다 — 그리고 EMT 는 반대 방향으로 나옵니다.

🔍결론이 무너지는 것을 본다

'면역사막에서 인식 회로가 낮다' — 뚜렷한 결과입니다(−0.61 대 +0.57). 그런데 침윤을 빼면 p = 0.94. 차이가 완전히 사라집니다. 벌크는 섞인 것을 못 풉니다.

🌍다른 코호트에 다시 묻는다

한 코호트의 결과는 그 코호트의 성질일 수 있습니다. GSE81089(197)와 GSE171415(35)로 다시 물으면 MYC 와 증식만 재현되고 EMT 는 사라집니다.

전체 커리큘럼

면역감시 — 암은 늘 지워지고 있다

논문 초록 「immune cells can sufficiently recognize cancer cells as nonself」

세 개의 E — 제거 · 평형 · 탈출

면역편집(immunoediting) · Dunn·Schreiber 2002

【실습】 탈출의 목록을 연다 — 이 강의의 뼈대

TCGA-LUAD 407 표본 · 유전자 51개

MHC-I 을 내린다 — B2M 과 HLA LOH

인식의 첫 단계를 끊는 가장 직접적인 방법

IFN-γ 회로를 끊는다 — JAK1/2 와 STAT1

면역치료 획득저항의 가장 유명한 기전

【실습】 인식 회로가 내려간 표본을 센다 — 그리고 함정 하나

TCGA-LUAD 사막 42 · 염증 42 — 그런데 무엇을 재고 있나

신생항원을 지운다 — 면역편집이 남긴 자국

논문 「TMB-H」 의 뒷면 · 면역편집의 유전체 흔적

표면의 방패들 — PD-L1 · CD47 · CD24 · CD38

논문 Fig. 6 「Ddx54 induces Cd38 and Cd47 expression」

【실습】 방패가 함께 켜지나 — 상시형과 유도형을 가른다

TCGA-LUAD 407 표본 · IFN-γ 와의 상관으로 가르기

【실습】 논문 Fig. 6 을 마우스 자료로 — 그리고 왜 반쪽만 되나

GSE268555 세포 37,585개 · Cd45⁺ 면역세포

Wnt / β-catenin — T세포 배제의 교과서 경로

논문 Fig. 2F 「WNT pathway」 · Spranger 2015

Myc — 증식 유전자가 어떻게 면역을 끄나

논문 Fig. 2F · Fig. 6B·C 「Myc pathway」

EMT 와 줄기성 — 상태가 바뀌면 면역도 바뀐다

논문 Fig. 2F · Fig. 6B 「EMT」「cancer stemness」

【실습】 사막과 염증을 갈라 경로를 채점한다 — 논문과 어긋나는 자리

MSigDB Hallmark · 사막 42 대 염증 42

태아 위장술 — 암이 훔쳐 쓰는 면역관용

논문 SI Fig. S5 「gestational and trophoblast signatures」

상위조절자라는 발상 — 하나를 눌러 여럿을 되돌린다

논문 Fig. 2 「blocking all these pathways individually is infeasible」

【실습】 DDX54 상·하위군에서 회피 경로를 견준다

TCGA-LUAD 407 표본 · 상위 3분의 1 대 하위 3분의 1

【실습】 다른 코호트에서도 그런가 — 살아남는 주장은 몇 개인가

논문 SI Fig. S4 · GSE81089 (197) · GSE171415 (35)

회피는 돌아온다 — 1차 · 적응 · 획득저항

면역치료 저항의 세 얼굴

정리 — 무엇이 원인이고 무엇이 결과인가

20강 · 이 강의가 남기는 목록