16강 / 20강

상위조절자라는 발상 — 하나를 눌러 여럿을 되돌린다

논문 Fig. 2 「blocking all these pathways individually is infeasible」

상위조절자라는 발상 — 하나를 눌러 여럿을 되돌린다
스위치가 스무 개면 스무 번 눌러야 합니다. 그 위에 두꺼비집이 있다면 한 번이면 됩니다.

4강부터 15강까지 회피 수단을 늘어놓았습니다. 문제는 수가 많다는 것입니다.

논문이 이 문제를 이렇게 적었습니다.

"면역사막이면서 TMB-H 인 암은 면역세포를 피하려고 여러 종양 표현형을 동시에 획득한다. 치료 관점에서 이 경로들을 하나씩 막는 것은 실행 불가능하다(infeasible). 그래서 우리는 이 회피 경로들을 한꺼번에 지배하는 상위조절자를 찾고자 했다."

상위조절자란 무엇인가

전사인자는 표적 유전자를 켭니다. 그런데 전사인자의 활성을 정하는 무언가가 그 위에 있을 수 있습니다.

상위조절자 → 여러 전사인자의 활성 → 각 전사인자의 표적들

논문이 상위조절자를 찾은 단서가 12강에서 본 그 관찰입니다 — 전사인자의 활성은 사막에서 높은데 발현은 안 높다(Fig. 2B). 발현이 안 늘었는데 활성이 늘었다면, 발현 말고 다른 것이 활성을 올린 것입니다.

단계도구무엇을 하나어느 강의
1ARACNe발현에서 조절 네트워크를 만든다/arac
2VIPER표적들의 발현으로 전사인자의 활성을 추정/viper
3DIGGIT그 활성을 정하는 상위 후보를 찾는다/diggit

결과가 DDX54 였습니다. 상위조절자 점수 1위였고, 사막과 염증 사이에 발현 차이까지 유의한 유일한 후보였습니다(Fig. 2C·D).

논문 Fig. 2D 가 보인 것과 같은 비교입니다. 표본 수가 42 대 42 로 적다는 것을 기억하세요.
Python 브라우저에서 실행
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스위치를 하나씩 누를 때와 위에서 한 번 누를 때를 견주세요.
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🤔 확인 문제
논문이 상위조절자를 찾은 실마리는?
🤔 확인 문제
'경로를 하나씩 막는 것은 실행 불가능하다' 는 말의 뜻으로 알맞은 것은?
🤔 확인 문제
이 강의가 ARACNe·VIPER·DIGGIT 계산을 직접 하지 않는 이유는?