20강 / 20강

정리 — 무엇이 원인이고 무엇이 결과인가

20강 · 이 강의가 남기는 목록

이 자료로 말할 수 있는 것

MYC 축은 재현된다

DDX54 상 vs 하 — TCGA t = +6.60 · GSE81089 t = +4.13
사막 vs 염증 — t = +2.81
가르는 방식을 바꿔도, 코호트를 바꿔도 같은 방향

방패는 두 무리로 갈린다

유도형 — PD-L1 0.55 · IDO1 0.59 · CD38 0.46
상시형 — CD47 0.06 · NT5E 0.04 · CD24 −0.14
(숫자는 IFN-γ 와의 상관)

이 자료로 말할 수 없는 것

암세포가 껐는지 면역이 적은지

인식 점수 ↔ 침윤 점수가 거의 같은 것을 잰다
침윤을 빼면 차이가 크게 줄어든다
벌크는 섞인 것을 못 푼다 (6강)

EMT · Wnt · NF-κB

EMT 는 논문과 반대 (t = −4.11), 외부에서는 사라짐
Wnt 는 유전자 7/42 라 채점 불가
NF-κB 도 반대 방향

논문의 CD47 · CD38 주장

CD47 — DDX54 상위에서 오히려 낮다 (t = −5.48)
CD38 — 차이 없음 (t = −0.44)
논문은 마우스 암세포 단백질, 우리는 사람 조직 mRNA (17강)

인과의 방향

DDX54 가 높아서 사막인가,
사막이라서 DDX54 가 높게 보이는가
단면 자료로는 못 가른다

면역편집의 자국

돌연변이 목록도 HLA 유전형도 없다
관측/기대를 계산할 수 없다 (7강)
→ /antigen 9~13강

스무 강이 되풀이한 물음 하나

지금 무엇을 재고 있는가

6강 — 인식 회로인가, 면역세포의 양인가.
9강 — 논문의 CD38·CD47 이 사람에서는 다른 무리에 있다.
10강 — 암세포에 한 조작을 면역세포에서 재고 있었다.
14강 — 같은 이름의 EMT 를 서로 다른 대상에서 재고 있었다.

네 번 모두 같은 문제입니다. 계산이 틀린 것이 아니라, 숫자가 무엇의 숫자인지를 먼저 정하지 않은 것입니다.

고등학생무엇이 원인이고 무엇이 결과인가

이 강의에서 반복해서 마주친 물음이다.

관찰	가능한 읽기 A	가능한 읽기 B
인식 회로가 낮다 (6강)	암세포가 껐다	면역세포가 적다
CD38 이 높다 (9강)	암세포의 방패	면역세포가 많다
EMT 가 높다 (14강)	암세포 상태 변화	기질이 많다
MYC 가 높다 (17강)	회피 조절자 활성	종양 순도가 높다

공통 구조

넷 다 "조직 조성" 과 "세포 상태" 를 가르지 못해서 생긴 문제다. 덩어리 자료의 근본 한계다.

덩어리 자료에서 변한 것은 세포가 변한 것일 수도, 세포가 바뀐 것일 수도 있다

Python 브라우저에서 실행

# 스무 강의 숫자를 한 번에 다시 본다
import esc

print("=== 경로 채점 (t 값) ===")
a = esc.hallmark("ddx54")["t"]
b = esc.external("GSE81089")["t"]
print(f"{'경로':<38}{'TCGA(407)':>11}{'GSE81089(197)':>15}")
for k in a.index:
    if k in b.index:
        print(f"{k:<38}{a[k]:>+11.2f}{b[k]:>+15.2f}")
print()
print("=== 방패의 두 무리 (IFN-γ 와의 상관) ===")
r = sorted(esc.facts()["shield"]["ifng_corr"].items(), key=lambda x: -x[1])
for g, v in r:
    print(f"  {g:<10}{v:>+7.3f}   {'유도형' if v > 0.35 else ('상시형' if v < 0.15 else '중간')}")

TCGA-LUAD 는 면역치료 이전 시기의 코호트입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 51개 유전자를 골랐다는 것은 - 무엇을 못 보게 됐나
import esc

print(f"이 강의가 실은 유전자 {len(esc.genes())}개")
print()
못본것 = [
    "돌연변이와 HLA 유전형 - 면역편집의 자국을 못 잰다 (7강)",
    "세포 종류별 발현 - 암세포와 면역세포를 못 가른다 (6·14강)",
    "Wnt 경로 유전자 대부분 - 채점 자체가 불가 (11강)",
    "시간 - 단면이라 무엇이 먼저인지 모른다",
    "치료 반응 - 이 코호트는 면역치료를 받지 않았다",
]
for x in 못본것:
    print(f"  - {x}")
print()
print("마지막 줄이 특히 중요합니다.")
print("우리는 '면역치료에 듣는가' 를 한 번도 재지 않았습니다.")

고등학생이 강의가 남기는 목록

회피 수단	강	되돌릴 수 있나
MHC-I 소실 (B2M · HLA LOH)	4강	유전적이면 불가
IFN-γ 회로 절단	5강	유전적이면 불가
신생항원 편집	7강	불가 — 이미 사라짐
유도형 방패 (PD-L1 · IDO)	8~9강	가능 — 현재 치료의 표적
상시형 방패 (CD47 · CD24)	8~9강	가능 — 개발 중
T세포 배제 (Wnt)	11강	가능 — 개발 중
상태 변화 (EMT · 줄기성)	13강	어려움
태아형 관용	15강	연구 단계

현재 치료가 다루는 것은 네 번째 줄 하나

면역관문 억제제의 반응률이 20~30% 인 이유가 이 표에 있다. 여덟 갈래 중 하나 를 다루고 있다.

치료의 성적표는 그 치료가 다루는 기전의 범위가 정한다

고등학생이 강의에서 어긋난 자리들

정직하게 모아 적는다. 이 강의에서 기대와 어긋난 결과들이다.

강	어긋난 것
6강	인식 회로인가, 면역세포의 양인가
9강	논문의 CD38·CD47 이 사람에서는 다른 무리에 있다
10강	암세포에 한 조작을 면역세포에서 재고 있었다
14강	같은 이름의 EMT 를 서로 다른 대상에서 재고 있었다
17강	기준을 바꿔도 같은 교란이 남아 있었다

다섯 가지가 사실 하나의 문제다

전부 "이 값은 누구의 것인가" 를 확인하지 않아서 생긴 문제다.

덩어리 조직 자료를 다룰 때 이 물음을 먼저 던지는 습관 — 그것이 이 강의가 가장 반복해서 가르친 것이다.

발현값을 볼 때마다 "이건 어느 세포의 값인가" 를 먼저 묻는다

여기서 이어지는 강의

더 알고 싶은 것	어디로
DDX54 를 찾아내는 계산 전 과정	`/gene` · `/arac` · `/viper` · `/diggit`
신생항원 · HLA · 관측/기대	`/antigen` 9~13강
관문 억제제 · 반응 예측	`/checkpoint`
골수계가 만드는 억제 환경	`/myeloid`
암세포에서 `Cd47`·`Cd38` 을 직접 재기	`/bulk` · `/molassay`
마우스와 사람의 간극	`/invivo` · `/hmouse`
벌크가 못 푸는 것을 단일세포로	`/immune` · `/spatial`

고등학생이 강의가 남기는 한 문장

암은 새로운 것을 발명하지 않았다 — 있던 관용 장치를 골라 썼다

목록을 다시 보면

암의 회피	원래 어디에 쓰이던 것
PD-L1	감염 조직에서 주변 세포 보호
CD47	정상 세포가 안 먹히게
IDO	임신 · 점막 관용
Treg 유도	자가면역 억제
HLA-G	태반

그래서 두 가지가 따라온다

첫째, 회피 기전을 막으면 그 장치가 원래 하던 일도 막힌다. 그래서 면역치료의 부작용이 자가면역을 닮는다.

둘째, 새 회피 기전을 찾으려면 정상 관용 기전의 목록 을 보면 된다. 어디를 볼지 알려 주는 지도가 된다.

회피의 목록은 곧 우리 몸이 자기를 보호하는 방법의 목록이다

🤔 확인 문제

이 강의가 되풀이해서 부딪힌 하나의 문제는?

🤔 확인 문제

'회피 표현형 대부분은 결과다' 라는 말의 뜻은?

🤔 확인 문제

이 코호트로 '면역치료에 듣는가' 를 말할 수 없는 이유는?