권교수의 항원제시 첫걸음

세포가 속을
내보이는 방법

면역계가 감염된 세포를 알아보려면 안을 들여다봐야 합니다. 그런데 세포막은 불투명해요.
해답은 게시판이었습니다 — 세포는 자기 단백질을 잘라 조각을 표면에 걸어 둡니다. 이 20강은 그 게시판이 어떻게 만들어지고, 왜 사람마다 다르고, 암은 어떻게 그것을 내리는지를 따라갑니다.
그리고 개념만 말하지 않습니다 — IMGT/HLA 대립유전자 3만 개와 IEDB 질량분석 펩타이드로 다형성 지도를 직접 그리고, 결합 모티프를 찾고, 예측기를 손으로 만들어 다른 실험으로 채점합니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다.

🎫 MHC🧬 HLA 다형성📊 PSSM 🎯 신생항원🐍 Python🔬 IEDB·IMGT·TCGA🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

🔬진짜 자료로

가상 자료가 아닙니다. IMGT/HLA 파일에서 대립유전자를 직접 세고, IEDB 의 9.2 GB 펩타이드 파일에서 질량분석으로 확인된 9mer 32,000개를 뽑아 씁니다. TCGA 표본 10,443개의 변이도요.

🧭구조를 모르고 기능 지도를 얻는다

8강에서 HLA-A 서열 5,880개를 세로로 세워 자리마다 셉니다. 그렇게 나온 자리 — 9 · 62 · 97 · 114 · 116 · 152 — 가 문헌의 결합 주머니와 정확히 겹칩니다. 단백질 구조는 한 번도 안 봤는데요.

📏자를 바꾸면 답이 바뀐다

같은 자료를 두 가지 자로 재면 다른 그림이 나옵니다. 앵커 기준을 바꾸면 앵커가 달라지고, 유전자 목록을 바꾸면 '결함 빈도' 가 열 배 벌어져요. 기준을 정하는 순간 결과가 정해집니다.

✍️못 한 것을 적는다

LOH 를 못 셌고, 다른 인구의 빈도를 안 실었고, TMB 보정을 못 했습니다. 20강에서 말할 수 있는 것과 없는 것을 표로 갈라 적습니다 — 그게 이 강의가 가르치려는 습관이에요.

전체 커리큘럼

게시판의 발명 — 세포가 속을 내보이는 이유

T세포는 껍질만 만질 수 있다 · 이 20강이 푸는 문제

MHC-I 의 구조 — 양끝이 막힌 홈

왜 하필 8~11 글자인가 · 접시의 모양이 정하는 것

【실습】 펩타이드 표를 연다 — 무엇이 실려 있나

IEDB 조각 읽는 법 · 두 가지 실험이 뜻하는 것

프로테아좀 — 쓰레기 처리장이 정보원이 되다

단백질을 자르는 통 · 그리고 면역프로테아좀으로 갈아 끼우기

TAP 과 적재 복합체 — 조각을 접시까지 나른다

막 하나를 건너는 일 · 그리고 바이러스가 여기를 노리는 이유

MHC-II 와 교차제시 — 밖에서 주운 것을 보여 준다

두 번째 게시판 · 그리고 규칙을 깨는 반칙 하나

HLA 다형성 — 사람마다 다른 게시판

사람 유전체에서 가장 다양한 자리 · 왜 그렇게까지 다양한가

【실습】 다형성 지도 — 어느 자리가 사람마다 다른가

341 자리를 두 가지 자로 재 본다 · 그리고 그 답이 놀랍다

【실습】 결합 모티프 — 게시판마다 좋아하는 글자가 다르다

IEDB 질량분석 펩타이드 4,000개 × 대립유전자 8개 · 앵커를 눈으로 찾는다

【실습】 예측기를 직접 만든다 — 열 줄짜리 PSSM

모티프로 배우고 다른 실험으로 채점한다 · AUC 0.75~0.87

신생항원 — 암세포만 가진 게시물

돌연변이가 만드는 '내 몸에 없던' 조각 · 왜 면역치료가 여기에 걸려 있나

【실습】 KRAS G12C 를 게시판에 올려 본다

변이 하나 → 9mer 아홉 개 → 여덟 게시판 채점 · 누가 볼 수 있나

결합 ≠ 제시 ≠ 면역원성 — 사슬을 센다

예측된 결합체 중 실제로 T세포를 깨우는 것은 몇 %인가

면역펩티돔 — 게시판을 통째로 읽는다

질량분석으로 MHC 에서 조각을 떼어 낸다 · 무엇이 보이고 무엇이 안 보이나

항원제시 고장 — 암이 게시판을 내리는 법

B2M · HLA · TAP · 인터페론 경로 · 면역치료가 안 듣는 가장 흔한 이유

【실습】 TCGA 에서 항원제시 고장을 센다

무엇을 셌고 · 무엇을 못 셌는지까지 적는다

【실습】 누가 이 게시판을 가졌나 — HLA 빈도와 형평성

여덟 대립유전자로 몇 %를 덮나 · 그리고 누구의 몇 %인가

【실습】 HLA 와 질병 — 오즈비가 커도 못 쓰는 이유

강한 연관 ≠ 좋은 검사 · 유병률이 모든 것을 바꾼다

【실습】 논문이 쓴 49개 유전자 필터를 다시 만든다

DDX54 논문 Fig 1B 앞에 놓인 조용한 한 줄 · 왜 그 줄이 결론을 정하나

정리 — 게시판이 정하는 것과 정하지 못하는 것

20강이 남긴 것 · 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것