유박사의 Illumina 시퀀서 첫걸음

한 가닥을 길게, 수억 가닥을 짧게
그 기계가 뱉는 파일은 무엇인가

Illumina 가 이긴 것은 정확도가 아니라 개수였습니다. 유리판 하나에 가닥 4억 개를 심고, 한 글자 붙이고 사진 찍고 잘라내기를 300번 되풀이해요.
이 20강은 그 기계 안을 먼저 열어 봅니다 — SBS 화학 · 플로우셀 · 카트리지 · 1회용 소모품. 그다음 벤치로 내려가 RNA 추출 · RIN · 라이브러리 · 인덱스 풀링을 지나고, 마지막에 BCL · FASTQ · 카운트 표를 한 줄씩 뜯어 bulk RNA-seq 시료 여섯 개를 화산그림까지 끌고 갑니다. 파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.

🐍 Python🔆 SBS🧊 카트리지 🏷️ 인덱스📄 FASTQ🌋 DESeq2🇰🇷 한국어

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이렇게 배웁니다

🔆기계부터 연다

가역 종결자 한 글자가 붙고 멈추는 자리, 사진을 넉 장 찍을지 두 장 찍을지, 나노웰에 조각이 둘 들어가면 어떻게 되는지 — 기계가 하는 일을 먼저 봅니다.

🧊카트리지와 소모품까지

냉동고에서 여섯 시간, 실험자가 여는 우물은 하나뿐, 런 하나에 버려지는 것 목록과 시료당 값 — 실제로 손이 하는 일과 돈이 나가는 자리를 표로 짚습니다.

🩺조용히 망하는 법

참조가 틀려도, DNase 를 빠뜨려도, 배치와 조건이 겹쳐도 오류가 나지 않습니다. 표는 멀쩡히 나오고 결론만 틀려요. 그 다섯 자리를 손으로 겪습니다.

🛠️만지며 익히기

강마다 실험실 위젯이 하나씩 — 로딩 농도, RIN, 인덱스 종류, 반복수, 정규화 방법을 직접 돌려 결론이 뒤집히는 것을 봅니다.

전체 커리큘럼

한 가닥을 길게, 수억 가닥을 짧게

Illumina 가 이긴 이유는 정확도가 아니라 개수였다

장비 고르기 — MiSeq · NextSeq · NovaSeq

시료 수와 깊이를 정하면 장비는 저절로 정해진다

SBS — 한 글자 넣고, 사진 찍고, 잘라낸다

이 세 동작을 300번 되풀이하는 것이 전부다

4색 · 2색 · 1색 — 사진 몇 장으로 네 글자를 가르나

그리고 Q점수가 만들어지는 자리

플로우셀 — 유리판 위에 가닥을 심는다

클러스터를 만드는 이유와, 너무 빽빽하면 생기는 일

카트리지 — 냉동고에서 꺼내 여섯 시간

무엇이 들어 있고, 실험자가 손대는 우물은 어디인가

1회용 소모품과 하루치 준비물

돈이 어디로 나가는지를 표 하나로

시료 준비 — 세포에서 RNA 를 꺼내기

여기서 부서진 RNA 는 뒤에서 되살릴 수 없다

시료 품질검사 — 세 대의 기계가 다른 것을 잰다

【실습】 NanoDrop · Qubit · Bioanalyzer 를 갈라 쓴다

전처리 — RNA 를 기계가 읽을 수 있는 모양으로

rRNA 를 어떻게 치울지, 그 하나가 나머지를 정한다

인덱스와 풀링 — 열두 시료를 한 통에 섞는다

그리고 인덱스 호핑이 그 통에서 시료를 바꿔치기하는 법

BCL — 기계가 실제로 적는 것

런 폴더를 열면 서열이 아니라 사이클이 들어 있다

FASTQ — 네 줄이 읽기 하나

【실습】 이름줄과 품질줄을 손으로 뜯는다

읽기 품질검사 — 무엇을 자르고 무엇을 남기나

FastQC 의 빨간 X 가 늘 나쁜 것은 아니다

읽기를 유전자에 붙이고 세기

정렬할 것인가, 세기만 할 것인가

함정 — 앞에서 정한 것이 여기서 돌아온다

배치효과 · 3′ 치우침 · rRNA 잔량 · 다중 정렬

정규화 — CPM · TPM · FPKM, 그리고 DESeq2 가 쓰는 것

【실습】 세 가지를 손으로 계산해 비교한다

차등발현 — 반복수가 p값보다 중요하다

왜 음이항이고, 왜 p값을 그대로 쓰면 안 되나

여섯 시료를 처음부터 끝까지

【실습】 시료 준비에서 화산그림까지 한 줄로

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

그리고 이 결과를 논문 방법 문단으로 옮기기