SBS — 한 글자 넣고, 사진 찍고, 잘라낸다

SBS 는 Sequencing by Synthesis — 만들면서 읽기 입니다. DNA 를 새로 만들어 가면서, 붙는 글자를 하나씩 지켜보는 방식이에요.

보통의 중합효소는 글자를 쉬지 않고 이어 붙입니다. 그러면 너무 빨라서 볼 수가 없어요. 그래서 두 가지를 바꿉니다.

이 둘을 단 뉴클레오타이드를 가역 종결자 라고 부릅니다. 「종결자」인데 「가역」인 이유는, 막개를 화학으로 다시 떼어 낼 수 있기 때문이에요.

사이클 한 번 = 네 동작

이 넷이 한 사이클입니다. 사이클 한 번에 글자 하나를 읽어요. 100글자를 읽는다는 것은 이 넷을 100번 되풀이한다는 뜻입니다.

페어드엔드 — 반대쪽 끝도 읽는다

Read 1 이 끝나면 만든 가닥을 씻어 버리고, 조각을 뒤집어 반대쪽 끝에서 다시 읽습니다. 그것이 Read 2 예요.

bulk RNA-seq 에서는 2×100 또는 2×150 페어드엔드가 관습입니다. 세는 것만 목적이면 싱글엔드로도 되지만, 값 차이가 크지 않아 대개 페어드로 갑니다.