6강 / 20강

카트리지 — 냉동고에서 꺼내 여섯 시간

무엇이 들어 있고, 실험자가 손대는 우물은 어디인가

예전 장비는 시약을 여러 통에 나눠 담았습니다. NovaSeq 6000 만 해도 넉 점을 따로 꽂아요.

장비	꽂는 것
MiSeq	시약 카트리지 · 플로우셀 · PR2 병 · 폐액병
NovaSeq 6000	플로우셀 · 클러스터 카트리지 · SBS 카트리지 · 완충액 카트리지 · 라이브러리 튜브
NextSeq 1000/2000	카트리지 하나 + 플로우셀 — 끝

NextSeq 1000/2000 은 폐액통까지 카트리지 안에 들어 있습니다. 런이 끝나면 카트리지째 빼서 버려요. 손댈 일이 거의 없습니다.

고등학생냉동고에서 꺼내 여섯 시간

시퀀싱에 필요한 시약이 카트리지 하나에 다 들어 있습니다.

들어 있는 것	역할
형광 표지 염기 4종	3강 — 합성과 판독
중합효소	염기를 붙임
절단 시약	형광과 종결기 제거
세척액	—
클러스터 생성 시약	5강

실험자는 라이브러리를 넣는 우물 하나만 건드립니다 — 나머지는 봉인돼 있어요.

카트리지 안에 든 것

🧬

클러스터 시약

ExAmp 혼합액.
나노웰에 점을 만든다

🎨

SBS 시약

가역 종결자 네 가지
+ 중합효소

✂️

절단 시약

형광표지와 막개를
사이클마다 떼어 낸다

🚿

세척 완충액

앞 시약을 밀어낸다.
부피가 가장 크다

고등학생해동이 중요한 이유

규칙	왜
정해진 시간·방법으로 해동	효소가 손상되지 않게
완전히 녹은 뒤 사용	얼음이 남으면 농도가 불균일
거품 없이 섞기	거품은 유로를 막음
재냉동 금지	효소 활성 저하

카트리지가 비쌉니다 — 해동 실수로 수백만 원을 날릴 수 있어요.

카트리지 해동이 하루 일정을 정합니다.

Python 브라우저에서 실행

# 카트리지를 언제 꺼내야 하나
steps = [
    ("냉동고에서 꺼낸다 (-25 ~ -15 C)",   0),
    ("4 C 냉장고에서 녹인다",            360),   # 6시간
    ("또는 상온 수조에서 녹인다",          -1),   # 대안
    ("녹은 카트리지를 열 번 뒤집는다",       2),
    ("라이브러리 20 uL 를 넣는다",         5),
    ("플로우셀과 함께 기계에 꽂는다",        3),
    ("런 설정을 확인하고 시작",            10),
]
t = 0
print("%-34s %8s %10s" % ("단계", "걸리는 시간", "누적"))
for name, mins in steps:
    if mins < 0:
        print("%-34s %8s %10s" % (name, "(대안)", ""))
        continue
    t += mins
    print("%-34s %6d분 %8d분" % (name, mins, t))
print()
print("총 %d분 = %.1f시간" % (t, t / 60))
print()
print("해동이 전체의 %.0f%% 입니다." % (360 / t * 100))
print("그래서 전날 저녁에 냉장고로 옮겨 두는 것이 관습입니다.")

고등학생실행 시간을 정하는 것

요인	영향
총 사이클 수	read 길이 × 2 (양말단) + 인덱스
사이클당 시간	장비마다 다름
클러스터 생성	실행 전 몇 시간

"2×150 bp"면 300 사이클 + 인덱스 — 대개 하루 이내입니다.

큰 장비는 오히려 더 걸립니다. NovaSeq은 이틀 가까이 걸리기도 해요.

플로우셀은 따로 온다

플로우셀은 카트리지와 다른 온도에서 보관합니다.

	보관	런 전 준비
시약 카트리지	−25 ~ −15 °C (냉동)	4 °C 에서 6시간 해동
플로우셀	2 ~ 8 °C (냉장)	상온에 30분 꺼내 둔다

플로우셀을 차가운 채로 꽂으면 유리에 김이 서립니다. 사진이 흐려지고 그 타일은 통째로 버려져요.

고등학생실행 중 확인할 것

지표	정상 범위	이상하면
클러스터 밀도	장비별 권장 범위	라이브러리 정량 오류
클러스터 통과율	80% 이상	과밀 — 5강
Q30 비율	75~90% 이상	—
%PF	—	필터 통과 비율

초기 사이클에서 이미 이상하면 중단하는 것이 낫습니다 — 시간을 아낍니다.

🤔 확인 문제

NextSeq 1000/2000 카트리지에서 실험자가 여는 우물은?

🤔 확인 문제

녹인 카트리지를 다시 얼리면 안 되는 이유는?