Lesson 20 of 20

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

그리고 이 결과를 논문 방법 문단으로 옮기기

스무 강을 지나왔습니다. 마지막으로 이 자료로 무엇을 말해도 되는지를 정리합니다.

말할 수 있다

• 이 조건에서 이 유전자가 몇 배 변했다
• 그 변화가 우연으로 보기 어렵다 (padj)
• 어떤 경로가 함께 움직였다
• 이 시료들은 기계와 파이프라인이 잘 돌았다

말할 수 없다

• "이 유전자가 이 세포에서 켜졌다"
• "단백질이 늘었다"
• "이 유전자가 원인이다"
• "이 아이소폼이 늘었다" (3′ 라이브러리라면)

High school말할 수 있는 것

주장	근거
이 조건에서 이 유전자들의 발현이 달라졌다	18강 — FDR 보정된 목록
배치효과 때문이 아니다	16강 — 설계와 PCA 확인
RNA 품질이 충분했다	9강 — RIN 기록
정량이 신뢰할 만하다	15·17강 — 정렬률과 정규화

이 강의의 결정 열두 자리

강	정한 것	되돌릴 수 없는 것
2	키트와 깊이	모자라면 다시 돌려야 하고, 그러면 배치가 생긴다
3	사이클 나누기	런이 시작되면 못 바꾼다
5	로딩 농도	과다하면 %PF 가 떨어져 읽기를 잃는다
8	DNase 처리 여부	안 하면 엑손 비율이 조용히 떨어진다
9	RIN 이 낮은 시료를 쓸지	3′ 치우침은 분석으로 못 고친다
10	polyA 인가 rRNA 제거인가	polyA 면 lncRNA 를 못 본다
10	가닥특이적인가	아니면 겹친 유전자를 못 가른다
11	조합형인가 고유형인가	조합형이면 호핑을 못 걸러낸다
13	읽기 길이 2×150	짧게 읽었으면 늘릴 수 없다
16	시료를 배치에 어떻게 나눌지	겹치면 계산으로 영영 못 가른다
18	반복수	3개면 2배 미만은 못 잡는다
18	문턱 (padj · LFC)	바꾸면 목록의 크기가 바뀐다

High school말할 수 없는 것

말할 수 없는 것	왜
단백질도 달라졌다	RNA만 잼
어느 세포에서 달라졌나	조직 평균 — /tenx가 필요
이 유전자가 원인이다	상관 — 개입 실험이 필요
검출 안 된 유전자는 발현이 없다	깊이·정렬의 한계
아이소폼 수준의 변화	숏리드의 한계 — 1강

논문 문장을 쓰기 전에 한 번씩 돌려 보는 표.

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# 자료가 감당하는 주장인지 스스로 검사한다
claims = [
    ("처리군에서 IL6 가 3.2배 올랐다 (padj 0.003)", True,
     "카운트가 직접 뒷받침한다"),
    ("IL6 를 올린 것은 대식세포다", False,
     "bulk 는 세포를 섞었다 — 단일세포가 필요하다"),
    ("IL6 단백질이 늘었다", False,
     "RNA 를 쟀다 — ELISA · 웨스턴이 필요하다"),
    ("염증 경로가 함께 움직였다 (GSEA padj 0.01)", True,
     "유전자 집합 수준의 주장은 가능하다"),
    ("IL6 가 표현형의 원인이다", False,
     "상관이지 인과가 아니다 — 유전자 조작 실험이 필요하다"),
    ("이 시료들은 기계가 잘 돌았다", True,
     "%PF 89, Q30 92, 정렬률 94 — 지표가 뒷받침한다"),
    ("IL6 의 짧은 아이소폼이 늘었다", False,
     "2x150 이라도 전장이 아니다 — 아이소폼 정량은 별도 설계가 필요하다"),
]
ok = sum(1 for _, good, _ in claims if good)
print("주장 %d개 중 자료가 감당하는 것: %d개" % (len(claims), ok))
print()
for text, good, why in claims:
    print("%s %s" % ("OK  " if good else "NO  ", text))
    print("      %s" % why)

High school논문 방법 문단으로 옮기기

좋은 방법 문단에 들어가야 할 것들입니다.

항목	예
시료	수 · 군 · 처리 조건
RNA	추출 키트 · RIN 범위
라이브러리	키트 이름 · rRNA 제거 방식 · 가닥 특이성
시퀀싱	장비 · read 길이 · 양말단 여부 · 시료당 read 수
분석	도구 이름과 버전 · 참조 유전체와 주석 버전
통계	방법 · 문턱 · 보정
자료 공개	GEO/SRA 등록번호

기준 — 같은 분야 사람이 읽고 그대로 따라 할 수 있는가.

방법 문단은 이렇게 적는다

Total RNA was extracted with a silica-column kit including on-column DNase I
digestion. RNA integrity was assessed on a Bioanalyzer (RIN 9.1-9.6).
Stranded mRNA libraries were prepared from 500 ng total RNA with poly(A)
selection and unique dual indices, then sequenced on a NextSeq 1000
(P2, 2 x 150 bp) to a mean depth of 32.7 million read pairs per sample.
Reads were trimmed with fastp (adapter and poly-G), quantified with Salmon
against GENCODE v44, and tested with DESeq2 (n = 3 per group,
Wald test, Benjamini-Hochberg FDR < 0.05, |log2FC| > 1).
    

일곱 줄입니다. 그런데 이 일곱 줄에 스무 강에서 내린 결정이 전부 들어 있어요. 남의 논문에서 이 문단을 읽을 때, 이제 무엇이 빠졌는지 보일 것입니다.

High school이어지는 것들

더 볼 것	어디서
라이브러리 제작 깊이	/libprep
단일세포	/tenx
공개 자료 재분석	/sra · /geo
벌크 RNA-seq 분석	/bulk
변이 분석	/somatic
실험실 화학	/labchem

기계를 알면 자료의 성질이 보입니다 — 왜 그런 값이 나오는지요.

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bulk RNA-seq 결과로 말할 수 없는 것은?

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이 강의에서 가장 자주 되풀이된 경고는?