유박사의 유전자 조작 첫걸음

유전자를 끄는
세 가지 방법

논문은 Ddx54 하나를 두고 siRNA · shRNA · CRISPR 을 다 썼습니다.
번거로운 일인데 왜 그랬을까요 — 세 방법의 함정이 서로 다르기 때문입니다. 그 함정들을 하나씩 들여다보는 20강입니다.

✂️ siRNA🦠 렌티바이러스🧬 CRISPR 🎯 오프타깃🇰🇷 한국어

1강 시작하기 →

이렇게 배웁니다

📄논문의 한 줄에서 시작

모든 강이 논문 부록의 방법 문단 한 줄을 펼친 것입니다. 강마다 어느 대목인지 부제에 적어 두었습니다.

▶️숫자를 직접 굴려 보기

계산과 곡선을 전부 브라우저 안에서 손으로 굴려 봅니다. 설치할 것이 없습니다.

🎛️다르게 정해 보기

값을 바꿔 보면 결론이 어디서 흔들리는지 보입니다. 위젯이 그것을 위해 있습니다.

⚖️말할 수 있는 것까지만

마지막 강은 이 실험으로 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것을 갈라 놓습니다.

전체 커리큘럼

끈다는 것의 세 단계 — mRNA · 계속 · DNA

논문이 Ddx54 하나에 세 방법을 다 쓴 이유

RNA 간섭 — 세포가 원래 갖고 있던 장치

RISC · guide strand · 왜 이것이 통하나

Table S1 을 뜯어본다 — siRNA 두 개의 서열

SI Table S1 「List of siRNAs used in this study」

스크램블 대조군 — 아무거나 넣어도 세포는 변한다

SI 「A scramble siRNA (Bioneer) served as the control」

리포펙션 — 지질 방울에 실어 막을 통과시킨다

SI 「Transfections into LLC1 cells were carried out using Lipofectamine RNAiMAX」

넉다운의 시간창 — 왜 48~72시간에 재나

논문 Fig. S7A · siRNA 효과가 사라지는 이유

【실습】 Fig. S7A 를 읽는다 — 넉다운 효율 %

논문 Fig. S7A 「Results of Ddx54 knockdown in the LLC1 cell line using siRNA」

shRNA — 세포가 스스로 siRNA 를 만들게

SI Table S2 · shDdx54 (SHCLNG-NM_028041) · shDDX54 (TRCN0000288994)

렌티바이러스 — 세 플라스미드가 각각 하는 일

SI 「The packaging mixtures pLP1, pLP2, and pLP/VSVG」

293T 에서 바이러스 만들기 — 그리고 BSL-2

SI 「HEK293T cells were utilized to generate lentivirus」

폴리브렌 8 µg/ml — 다시, 전하 이야기

SI 「exposed to the lentivirus in a medium supplemented with 8 μg/ml Polybrene」

퓨로마이신 3 µg/ml — 죽음곡선을 먼저 그린다

SI 「Successfully transduced cells were subsequently selected with 3 μg/ml puromycin」

안정주 — 풀로 쓸까, 클론을 딸까

논문 Fig. S7B 「Day 7 and Day 11 post-knockdown」

CRISPR-Cas9 — 자르고, 세포가 서툴게 붙인다

SI 「CRISPR-Cas9 gene-editing technology was applied to generate stable Ddx54 knockout」

gRNA 두 개 — Table S3 의 스무 글자씩

SI Table S3 「GCAGAATGTCGTTCGGCCCC, CGTTGTTGGCCACGCGGTGC」

오프타깃 — 어디까지 확인해야 하나

세 방법의 오프타깃은 서로 다르다

KD 와 KO 의 차이 — 논문에서 결과가 갈린 지점

논문 Fig. 4 (shRNA KD) 대 Fig. S12 (CRISPR KO)

【실습】 gRNA 후보를 골라 본다

PAM 을 찾고 · GC 를 보고 · 엑손을 고른다

조작했다는 것을 어떻게 증명하나

mRNA · 단백질 · DNA — 방법마다 봐야 할 곳이 다르다

정리 — 세 방법이 같은 답을 낼 때

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것