15강 / 20강
gRNA 두 개 — Table S3 의 스무 글자씩
SI Table S3 「GCAGAATGTCGTTCGGCCCC, CGTTGTTGGCCACGCGGTGC」
논문이 쓴 두 guide 서열입니다.
Ddx54 guide sequence (mouse)
gRNA #1220 : GCAGAATGTCGTTCGGCCCC
gRNA #1785 : CGTTGTTGGCCACGCGGTGC
각각 20 글자입니다. 이 스무 글자가 마우스 게놈 27억 염기 가운데 한 자리를 찾아냅니다.
왜 20 인지는 계산해 보면 알 수 있습니다.
420 ≈ 1.1 × 1012
1조 가지 조합입니다. 게놈이 27억이니 우연히 같은 서열이 또 있을 확률이 아주 낮아요.
더해서 PAM 이라는 조건이 있습니다 — guide 바로 뒤에
NGG 가 와야 Cas9 이 자릅니다. 그러면 더 좁혀지죠.
길이를 16으로 줄이면 기대 횟수가 몇 배가 될까요?
Python
브라우저에서 실행
왜 두 개를 쓰나
논문의 벡터 이름을 다시 보세요.
pLV[2CRISPR]-hCas9:T2A:Puro-U6>mDdx54[gRNA#1220]-U6>mDdx54[gRNA#1785]
2CRISPR — gRNA 두 개를 함께 싣습니다. 이유가 둘 있어요.
두 번째가 강력합니다. 프레임시프트에만 기대지 않고 큰 조각을 아예 없앨 수 있으니까요.
🤔 확인 문제
CRISPR guide 서열이 20 염기인 이유로 가장 알맞은 것은?
해설 너무 짧으면 여러 자리에 맞아 오프타깃이 생기고, 너무 길면 만들기 어렵고 특이성 이득도 크지 않습니다. 20 이 그 균형점이에요.