15강 / 20강

gRNA 두 개 — Table S3 의 스무 글자씩

SI Table S3 「GCAGAATGTCGTTCGGCCCC, CGTTGTTGGCCACGCGGTGC」

gRNA 두 개 — Table S3 의 스무 글자씩
스무 글자가 게놈 30억 자 가운데 한 자리를 찾아냅니다.

논문이 쓴 두 guide 서열입니다.

Ddx54 guide sequence (mouse) gRNA #1220 : GCAGAATGTCGTTCGGCCCC gRNA #1785 : CGTTGTTGGCCACGCGGTGC

각각 20 글자입니다. 이 스무 글자가 마우스 게놈 27억 염기 가운데 한 자리를 찾아냅니다.

왜 20 인지는 계산해 보면 알 수 있습니다.

420 ≈ 1.1 × 1012

1조 가지 조합입니다. 게놈이 27억이니 우연히 같은 서열이 또 있을 확률이 아주 낮아요.

더해서 PAM 이라는 조건이 있습니다 — guide 바로 뒤에 NGG 가 와야 Cas9 이 자릅니다. 그러면 더 좁혀지죠.

길이를 16으로 줄이면 기대 횟수가 몇 배가 될까요?
Python 브라우저에서 실행
guide 길이를 바꿔 보세요. 게놈에서 몇 군데나 맞는지.
불러오는 중…

왜 두 개를 쓰나

논문의 벡터 이름을 다시 보세요.

pLV[2CRISPR]-hCas9:T2A:Puro-U6>mDdx54[gRNA#1220]-U6>mDdx54[gRNA#1785]

2CRISPR — gRNA 두 개를 함께 싣습니다. 이유가 둘 있어요.

🎲
확률을 높인다
하나가 실패해도 다른 하나가 자른다
✂️✂️
사이를 잘라 낸다
두 자리가 동시에 잘리면 그 사이가 통째로 빠질 수 있다

두 번째가 강력합니다. 프레임시프트에만 기대지 않고 큰 조각을 아예 없앨 수 있으니까요.

🤔 확인 문제
CRISPR guide 서열이 20 염기인 이유로 가장 알맞은 것은?