Lesson 3 of 20

Table S1 을 뜯어본다 — siRNA 두 개의 서열

SI Table S1 「List of siRNAs used in this study」

논문 Table S1 에 적힌 그대로입니다.

Ddx54 siRNA #1
  Sense     (5'-3')  CCGGUUUAUCAGCAGCUCUUA
  AntiSense (5'-3')  UAAGAGCUGCUGAUAAACCGG

Ddx54 siRNA #2
  Sense     (5'-3')  CCAAGGGCAAACUCUUCC
  AntiSense (5'-3')  GGAAGGCCATGCCAGTGAGC

U 가 보이는 것을 눈여겨보세요 — RNA 라서 T 대신 U 입니다.

#1 의 두 가닥을 마주 놓아 봅시다.

Sense      5'- C C G G U U U A U C A G C A G C U C U U A -3'
                | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
AntiSense  3'- G G C C A A A U A G U C G U C G A G A A U -5'

완벽하게 짝이 맞습니다. 이것이 이중가닥이 되어 세포로 들어가고, RISC 가 안티센스 가닥을 골라 실은 뒤 Ddx54 mRNA 를 찾아갑니다.

High schoolsiRNA 두 개를 쓰는 이유

2강에서 본 오프타깃 때문입니다. siRNA마다 오프타깃이 다릅니다.

결과	해석
두 siRNA가 같은 표현형	표적 유전자 때문일 가능성 높음
하나만 표현형	오프타깃 의심
둘 다 표현형 없음	넉다운 실패이거나 정말 무관

서로 다른 서열이 같은 답을 주면 공통점은 표적뿐입니다.

High school좋은 siRNA의 조건

조건	기준
길이	21 염기 (19 + 2 돌출)
GC 함량	30~50% — 너무 높으면 잘 안 풀림
가이드 가닥 5′	A/U — 2강의 규칙
반복 서열 회피	—
이차구조 없음	표적 mRNA가 접혀 있으면 못 붙음
시드 서열 검색	다른 유전자와 겹치나

표에 적힌 서열을 그대로 검산해 봅니다.

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# 두 가닥이 서로의 역상보인지 확인한다
쌍 = {"A": "U", "U": "A", "G": "C", "C": "G", "T": "A"}

def 역상보(s):
    return "".join(쌍[c] for c in reversed(s.upper().replace("T", "U")))

siRNA = [
    ("Ddx54 siRNA #1", "CCGGUUUAUCAGCAGCUCUUA", "UAAGAGCUGCUGAUAAACCGG"),
    ("Ddx54 siRNA #2", "CCAAGGGCAAACUCUUCC",    "GGAAGGCCATGCCAGTGAGC"),
]

for 이름, sense, anti in siRNA:
    기대 = 역상보(sense)
    맞나 = 기대 == anti.upper().replace("T", "U")
    print(f"{이름}   길이 {len(sense)} / {len(anti)} nt")
    print(f"  sense       5'-{sense}-3'")
    print(f"  antisense   5'-{anti}-3'")
    print(f"  sense 의 역상보 5'-{기대}-3'")
    print(f"  → {'완전히 짝이 맞는다' if 맞나 else '그대로는 짝이 맞지 않는다'}")
    print()

print("#1 은 딱 맞습니다.")
print("#2 는 Bioneer 가 미리 설계해 준 것(AccuTarget No. 71990-1)이라")
print("논문 표에 적힌 두 줄이 그대로 짝을 이루지는 않습니다 —")
print("실제 제품 서열은 회사 카탈로그 번호로 특정됩니다.")

High school어느 부위를 겨냥하나

부위	적합성
코딩 영역	흔히 씀
3′ UTR	가능 — 다만 아이소폼마다 다를 수 있음
개시코돈 근처	리보솜이 많아 접근이 어려울 수 있음
모든 아이소폼 공통 구간	전부를 끄려면 필요

특정 아이소폼만 끄고 싶으면 그 아이소폼에만 있는 구간을 겨냥합니다.

High school표를 읽을 때 확인할 것

확인	왜
서열이 적혀 있나	재현의 최소 조건
종	생쥐용이 사람에 안 통함
몇 개를 썼나	둘 이상이면 좋음
대조군 siRNA	4강
공급사	화학 변형이 다를 수 있음

서열을 적지 않고 "카탈로그 번호만" 적는 경우가 많은데, 서열이 있는 편이 낫습니다.

🤔 Check yourself

siRNA 서열에 T 대신 U 가 적혀 있는 이유는?