17강 / 20강
KD 와 KO 의 차이 — 논문에서 결과가 갈린 지점
논문 Fig. 4 (shRNA KD) 대 Fig. S12 (CRISPR KO)
논문에는 같은 실험이 두 번 나옵니다.
| Fig. 4 | Fig. S12 | |
|---|---|---|
| 방법 | shRNA 넉다운 | CRISPR 넉아웃 |
| 세포주 | LLC1 · KLN205 | LLC1 |
| 마리 수 | n = 7 · n = 5 | n = 6 |
| 단백질 | 일부 남는다 | 거의 없다 |
| 결과 | 항-PD1 과 함께 종양 억제 · 전원 생존 | 같은 방향, 더 뚜렷 |
두 실험이 같은 방향이라는 것이 중요합니다. 방법이 달라도 결론이 같으면 그 결론이 방법의 부산물이 아니라는 뜻이니까요.
남은 10% 가 하는 일
넉다운으로 90% 를 줄여도 10% 가 남습니다. 이 10% 가 중요한지 아닌지는 유전자마다 다릅니다.
세 번째가 CRISPR 의 한계입니다. 생존에 꼭 필요한 유전자는 넉아웃 세포를 만들 수 없어요 — 만들어지자마자 죽으니까요.
Ddx54 는 넉아웃 세포가 만들어졌으니(Fig. S12), 필수 유전자는 아닙니다.
다만 증식은 느려집니다(/wetlab 11강).
문턱을 1%로 바꿔 보세요. KD 와 KO 의 차이가 더 벌어질까요?
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
생존에 꼭 필요한(필수) 유전자를 연구할 때 CRISPR 넉아웃을 쓰기 어려운 이유는?
해설 완전히 없애면 세포가 살지 못합니다. 그래서 필수 유전자는 넉다운으로 일부만 줄이거나, 필요할 때만 끄는 유도형 시스템을 씁니다.