16강 / 20강
오프타깃 — 어디까지 확인해야 하나
세 방법의 오프타깃은 서로 다르다
세 방법 모두 오프타깃이 있습니다. 그런데 생기는 방식이 다릅니다.
| 방법 | 오프타깃이 생기는 곳 | 얼마나 심각한가 |
|---|---|---|
| siRNA | seed(2~8번)만 맞는 수백 개 mRNA | 약하지만 넓다. siRNA 를 없애면 되돌아온다 |
| shRNA | siRNA 와 같음 + 삽입 위치가 다른 유전자를 깬다 | 삽입은 영구적이다 |
| CRISPR | guide 와 1~3 글자 다른 자리 | 영구적이고 되돌릴 수 없다 |
세 함정이 겹치지 않는다는 것 — 이것이 1강에서 말한 "세 방법을 다 쓰는 이유" 입니다.
실무에서 하는 확인
1. 서로 다른 도구 둘 이상 — siRNA #1 과 #2 (3강), guide #1220 과 #1785 (15강)
2. 서로 다른 방법 — siRNA · shRNA · CRISPR 이 같은 답을 내나 (1강)
3. 되살리기(rescue) — 넉다운에 안 걸리는 유전자를 다시 넣었을 때 표현형이 돌아오나
4. 예측된 오프타깃 자리를 직접 시퀀싱
논문은 1과 2 를 했습니다. 3과 4는 하지 않았어요.
이것이 흠은 아닙니다 — 논문의 주장이 "DDX54 를 낮추면 면역이 들어온다" 이고, 그것을 세 방법 + 두 세포주 + 마우스에서 확인했으니까요. 다만 어디까지 확인했는지를 알고 읽는 것이 중요합니다.
🤔 확인 문제
shRNA 에만 있고 siRNA 에는 없는 오프타깃 위험은 무엇일까요?
해설 seed 오프타깃은 둘 다 있습니다. shRNA 만의 위험은 삽입이에요 — 그리고 삽입은 되돌릴 수 없습니다.