This lesson is only available in Korean for now.
Three ways to
switch a gene off
The paper used siRNA, shRNA and CRISPR on the single gene Ddx54.
Why go to that trouble? Because the three methods fail in different ways. These 20 lessons look at each of those failure modes in turn.
How you'll learn
📄Start from one line of the paper
Every lesson unfolds one line from the paper's methods. The subtitle of each lesson says exactly which line.
▶️Run the numbers yourself
Every calculation and curve is worked out by hand, right in the browser. Nothing to install.
🎛️Decide it differently
Change a value and you see exactly where the conclusion wobbles. That is what the widgets are for.
⚖️Only what can be claimed
The final lesson separates what these experiments can claim from what they cannot.
Full curriculum
01
끈다는 것의 세 단계 — mRNA · 계속 · DNA
논문이 Ddx54 하나에 세 방법을 다 쓴 이유
✓
02
RNA 간섭 — 세포가 원래 갖고 있던 장치
RISC · guide strand · 왜 이것이 통하나
✓
03
Table S1 을 뜯어본다 — siRNA 두 개의 서열
SI Table S1 「List of siRNAs used in this study」
✓
04
스크램블 대조군 — 아무거나 넣어도 세포는 변한다
SI 「A scramble siRNA (Bioneer) served as the control」
✓
05
리포펙션 — 지질 방울에 실어 막을 통과시킨다
SI 「Transfections into LLC1 cells were carried out using Lipofectamine RNAiMAX」
✓
06
넉다운의 시간창 — 왜 48~72시간에 재나
논문 Fig. S7A · siRNA 효과가 사라지는 이유
✓
07
【실습】 Fig. S7A 를 읽는다 — 넉다운 효율 %
논문 Fig. S7A 「Results of Ddx54 knockdown in the LLC1 cell line using siRNA」
✓
08
shRNA — 세포가 스스로 siRNA 를 만들게
SI Table S2 · shDdx54 (SHCLNG-NM_028041) · shDDX54 (TRCN0000288994)
✓
09
렌티바이러스 — 세 플라스미드가 각각 하는 일
SI 「The packaging mixtures pLP1, pLP2, and pLP/VSVG」
✓
10
293T 에서 바이러스 만들기 — 그리고 BSL-2
SI 「HEK293T cells were utilized to generate lentivirus」
✓
11
폴리브렌 8 µg/ml — 다시, 전하 이야기
SI 「exposed to the lentivirus in a medium supplemented with 8 μg/ml Polybrene」
✓
12
퓨로마이신 3 µg/ml — 죽음곡선을 먼저 그린다
SI 「Successfully transduced cells were subsequently selected with 3 μg/ml puromycin」
✓
13
안정주 — 풀로 쓸까, 클론을 딸까
논문 Fig. S7B 「Day 7 and Day 11 post-knockdown」
✓
14
CRISPR-Cas9 — 자르고, 세포가 서툴게 붙인다
SI 「CRISPR-Cas9 gene-editing technology was applied to generate stable Ddx54 knockout」
✓
15
gRNA 두 개 — Table S3 의 스무 글자씩
SI Table S3 「GCAGAATGTCGTTCGGCCCC, CGTTGTTGGCCACGCGGTGC」
✓
16
오프타깃 — 어디까지 확인해야 하나
세 방법의 오프타깃은 서로 다르다
✓
17
KD 와 KO 의 차이 — 논문에서 결과가 갈린 지점
논문 Fig. 4 (shRNA KD) 대 Fig. S12 (CRISPR KO)
✓
18
【실습】 gRNA 후보를 골라 본다
PAM 을 찾고 · GC 를 보고 · 엑손을 고른다
✓
19
조작했다는 것을 어떻게 증명하나
mRNA · 단백질 · DNA — 방법마다 봐야 할 곳이 다르다
✓
20
정리 — 세 방법이 같은 답을 낼 때
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
✓