조각 스무 개를
단백질 한 개로 만든다
I 권이 고른 에피토프 스무 개를 이어 붙이면 419잔기짜리 단백질 하나가 됩니다. 이 권은 그 이어 붙이는 일만 다룹니다 — 무엇으로 잇고, 무엇을 더 붙이고, 그래서 어떤 모양이 되는가.
논문은 이 구조물의 서열을 그림 한 장으로만 싣습니다. 그래서 우리가 직접 복원합니다. 복원이 맞다는 증거는 셋입니다 — 길이 419, 분자량 44.37 kDa, 등전점 9.56. 세 값 모두 논문과 소수점까지 같습니다.
그 자를 손에 쥐고 나면, 본문에 없는 42잔기도 한 잔기 짧은 에피토프도 직접 잡아낼 수 있습니다.
파이썬은 이 페이지 안에서 바로 실행됩니다. 설치할 것은 없습니다.
이렇게 배웁니다
🧊블록부터 직접 짓는다
논문이 그림으로만 준 서열을 손으로 복원합니다. 419 가 나오면 맞은 것입니다.
📐세 개의 자로 검산한다
길이 · 분자량 · 등전점. 셋이 서로 다른 것을 재므로 셋이 다 맞으면 틀릴 자리가 없습니다.
🪤산수로 어긋남을 잡는다
본문에 없는 42잔기도, 한 잔기 짧은 에피토프도 숫자가 먼저 알려 줍니다.
📊지표가 무엇을 재는지 묻는다
반감기 · 용해도 · 라마찬드란 · MolProbity. 재는 것이 기대보다 좁습니다.
전체 커리큘럼
01
에피토프 스무 개를 한 줄로 잇는다
Fig 1A · Methods 4
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02
링커 넷 — AAY · GPGPG · KK · EAAAK
Methods 4 · Discussion
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03
프로테아좀이 링커를 자른다는 말
Discussion · 링커 선택의 근거
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04
β-디펜신 II — 보조제를 앞에 붙이는 까닭
Methods 4 · Discussion · 41잔기
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05
구조물을 손으로 짓는다
Fig 1A · Fig 1B · Table 4 로 맞춘 복원
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06
분자량 44.37 kDa 을 검산한다
Results 2 · ProtParam
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07
본문에 없는 42잔기
Methods 4 vs Fig 1A — 우리가 센 것
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08
Table 2 보다 한 잔기 짧은 에피토프
Table 2 vs Fig 1B · 산수가 가른다
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09
범례가 TAT 라 부르는 꼬리
Fig 1A 범례 · 409–419
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10
링커가 에피토프 안에 들어 있을 때
Table 1 · Table 2 — 우리가 센 것
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11
ProtParam 의 수치 여섯 — 계산과 표 조회
Results 2 · ProtParam
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12
반감기 30시간은 아미노산 한 개를 보고 적은 값이다
Results 2 · N-end rule
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13
등전점 9.56 과 용해도 0.515
Results 2 · ProtParam · Protein-Sol
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14
2차 구조 — 나선 31 · 가닥 25.5 · 고리 43.4
Results 3 · Fig 1B · PSIPRED 4.0
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15
3차 구조 — Robetta 는 무엇을 하나
Results 3 · Fig 2A · Robetta / RoseTTAFold
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16
GalaxyRefine 과 MolProbity 2.006
Results 3 · Fig 2B · Fig 2C
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17
라마찬드란 90.1% 는 어느 자로 재느냐에 달렸다
Results 3 · Fig 3B · PROCHECK
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18
ProSA −7.54 와 ERRAT 93.052 — 셋은 다른 것을 잰다
Results 3 · Fig 3C · 3D · 3E
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19
실습 종합 — 입체 B세포 에피토프 넷을 구조물 위에 얹는다
Results 4 · Table 4 · Fig 4 · ElliPro
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20
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
II 권 정리 · Limitations
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