에피토프 스무 개를 한 줄로 잇는다

I 권에서 우리는 스파이크 단백질에서 짧은 조각 스무 개를 골라냈습니다. 세포독성 T세포용 여덟 개, 도움 T세포용 일곱 개, B세포용 다섯 개입니다.

그런데 이 스무 개를 몸에 그대로 넣을 수는 없습니다. 아홉 글자짜리 펩타이드 스무 개를 따로따로 주사하는 백신은 없습니다. 하나로 이어 붙여 단백질 한 개로 만들어야 합니다.

그 이어 붙인 것을 다중 에피토프 구조물(multi-epitope construct) 이라고 부릅니다. 이 권의 주인공입니다.

이어 붙이는 일에서 정해지는 것 넷

조각을 잇는다는 말은 간단히 들리지만, 그 안에 결정이 넷 들어 있습니다. 넷 다 이 권에서 하나씩 뜯어봅니다.

이 가운데 순서만 이 강에서 봅니다. 나머지 셋은 뒤로 미룹니다.

논문이 고른 순서

Fig 1A 가 보여 주는 차례는 이렇습니다. 왼쪽이 N말단, 오른쪽이 C말단입니다.

읽는 순서가 곧 만들어지는 순서입니다. 세포 안에서 리보솜은 N말단부터 차례로 단백질을 짓습니다. 그래서 맨 앞에 무엇을 두느냐가 실제로 가장 먼저 만들어지는 것을 정합니다.

차례를 바꾸면 무엇이 생기나

순서가 바뀌어도 에피토프의 목록은 그대로입니다. 바뀌는 것은 어느 조각 옆에 어느 조각이 오느냐, 곧 이웃입니다.

이웃이 바뀌면 링커를 사이에 두더라도 그 둘레의 국소적 성질이 달라집니다 — 전하가 몰리거나, 소수성 구간이 길어지거나, 나선이 이어져 버리거나 합니다. 3차 구조 예측(15강)은 바로 그런 국소 성질을 읽습니다.