5. 구조물을 손으로 짓는다 · Prof. Jeong's mRNA Vaccine Design, First Steps II

이제 직접 지어 봅니다. 재료는 다 나왔습니다 — 에피토프 스무 개, 링커 넷, 보조제 하나. 이것을 논문이 적은 차례로 이으면 구조물이 나옵니다.

그런데 문제가 하나 있습니다. 논문에는 서열이 글로 적혀 있지 않습니다. Fig 1 이라는 그림 한 장에 들어 있을 뿐입니다. 블록의 경계도, 잔기 번호도 본문에 없습니다.

그래서 이 표는 우리가 만든 것입니다

Fig 1B 의 잔기 격자를 옮겨 적고, Table 4 가 적어 둔 잔기 번호로 자리를 맞췄습니다. 맞았는지는 다음 강에서 분자량으로 검산합니다.

블록을 하나씩 얹어 보세요. 길이와 분자량이 따라 올라갑니다. 이 권의 중심 위젯입니다.

Loading…

419 가 나왔습니다. 첫 번째 검산을 통과했습니다.

Python Runs in your browser

# 구조물을 블록부터 쌓는다.
blocks = [
    ("보조제",  "GIGDPVTCLKSGAICHPVFCPRRYKQIGTCGLPGTKCCKKP"),
    ("링커",    "EAAAK"),
    ("CTL 1",   "MEAAYTASL"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 2",   "LASFAAIPF"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 3",   "LPYFHNINY"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 4",   "IPTNFSFGL"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 5",   "KTYSNITIA"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 6",   "TYSNITIAM"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 7",   "VQMTFVISV"), ("링커", "AAY"),
    ("CTL 8",   "VSIPTNFSF"),
    ("???",     "HEYGAEALERAG"),
    ("HTL 1",   "YFHNINYYSVIPRSP"), ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 2",   "TTARIKKIYPAFVLG"), ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 3",   "TIVISPTTTARIKKI"), ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 4",   "RYVAMDVKFENITTK"), ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 5*",  "ISPTTTARIKKIYP"),  ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 6",   "WTAGLASFAAIPFAQ"), ("링커", "GPGPG"),
    ("HTL 7",   "LYFFHVGYQPTALIN"),
    ("???",     "HEYGAEALERAG"),
    ("LBL 1",   "SDGQSASMTERVQMTF"), ("링커", "KK"),
    ("LBL 2",   "FPLSMASYLRPGSTGP"), ("링커", "KK"),
    ("LBL 3",   "SMTERVQMTFVISVTF"), ("링커", "KK"),
    ("LBL 4",   "DVESGVYSVSSFEAKS"), ("링커", "KK"),
    ("LBL 5",   "PGSTGPTAEFNYRQDF"),
    ("링커",    "EAAAK"),
    ("???",     "AKFVAAWTLKAAA"),
    ("링커",    "EAAAK"),
    ("꼬리",    "TGALLAAGAAA"),
]

seq = ""
print("%-8s %-20s %s" % ("블록", "자리", "누적"))
print("-" * 46)
for name, part in blocks:
    start = len(seq) + 1
    seq += part
    if name in ("보조제", "???", "꼬리") or name.startswith("HTL 5"):
        print("%-8s %3d-%-3d (%2d)      %3d" % (name, start, len(seq), len(part), len(seq)))
print("-" * 46)
print("최종 길이", len(seq), "잔기")
print("논문이 적은 길이 419 잔기")
print("맞는가:", len(seq) == 419)

블록 지도

완성된 구조물을 자리별로 펼치면 이렇습니다. 가운데 ??? 로 표시한 세 자리가 7강의 주제입니다.

자리	잔기	무엇
1–41	41	β-디펜신 II 보조제
42–46	5	`EAAAK`
47–139	93	CTL 블록 — 에피토프 8 + `AAY` 7
140–151	12	`HEYGAEALERAG` — 본문에 없다
152–285	134	HTL 블록 — 에피토프 7 + `GPGPG` 6
286–297	12	`HEYGAEALERAG` — 본문에 없다
298–385	88	LBL 블록 — 에피토프 5 + `KK` 4
386–390	5	`EAAAK` — 본문이 말하지 않은 세 번째 쓰임
391–403	13	`AKFVAAWTLKAAA` — 범례의 pan-HTL
404–408	5	`EAAAK`
409–419	11	`TGALLAAGAAA` — 범례가 TAT 라 부르는 것

HTL 블록이 135 가 아니라 134 입니다. 한 잔기가 어디로 갔는지는 8강에서 봅니다.

Python Runs in your browser

# HTL 블록이 왜 135 가 아니라 134 인가.
# 에피토프 7개가 모두 15잔기라면 7*15 + 6*5 = 135 여야 한다.
htl = ["YFHNINYYSVIPRSP", "TTARIKKIYPAFVLG", "TIVISPTTTARIKKI",
       "RYVAMDVKFENITTK", "ISPTTTARIKKIYP", "WTAGLASFAAIPFAQ",
       "LYFFHVGYQPTALIN"]

print("구조물 안의 HTL 에피토프 길이")
for i, e in enumerate(htl, 1):
    mark = "  <- 15 가 아니다" if len(e) != 15 else ""
    print("  %d  %-16s %2d%s" % (i, e, len(e), mark))
print()

n_ep = sum(len(e) for e in htl)
n_link = 6 * 5
print("에피토프 합계 %d + GPGPG 6벌 %d = %d" % (n_ep, n_link, n_ep + n_link))
print("모두 15잔기였다면 %d + %d = %d" % (7 * 15, n_link, 7 * 15 + n_link))
print()
print("한 잔기가 비었다. 8강에서 이 한 잔기를 쫓는다.")

복원이 틀렸다면 어떻게 드러나나

블록을 잘못 읽었다면 티가 납니다. 잘못 읽는 방식마다 다른 곳에서 어긋납니다.

잘못 읽은 방식	어디서 드러나나
글자 하나를 빠뜨림	길이가 418 — 바로 드러난다
글자 하나를 잘못 읽음	길이는 419, 분자량이 어긋난다 (6강)
L 과 I 를 바꿔 읽음	길이·분자량 둘 다 맞는다. 등전점도 맞는다
K 와 R 를 바꿔 읽음	길이 맞음, 분자량 어긋남, 등전점도 어긋남

셋째 줄이 이 복원이 완벽하지는 않다는 뜻입니다. L↔I 맞바꿈은 세 자 모두 통과합니다. 다만 그런 오류가 여러 군데 있을 확률은 낮습니다.

🤔 Check yourself

이 강의 블록 표는 어디에서 왔나요?

🤔 Check yourself

HTL 블록이 135 가 아니라 134 잔기인 까닭은?

Answer ISPTTTARIKKIYPA(15잔기)가 구조물에서는 ISPTTTARIKKIYP(14잔기)로 들어가 있습니다. 마지막 알라닌이 없습니다. 8강에서 자세히 봅니다.