Lesson 12 of 20
반감기 30시간은 아미노산 한 개를 보고 적은 값이다
Results 2 · N-end rule
논문이 적은 반감기는 이렇습니다.
포유류 망상적혈구(시험관) 30 시간
효모(생체) > 20 시간
대장균(생체) > 10 시간
세 숫자가 나란히 있으니 꽤 정교한 계산처럼 보입니다. 실제로는 표를 한 번 찾은 것입니다. 그것도 아미노산 한 개로요.
구조물의 첫 글자는 G (글라이신)
N말단 규칙
1986년에 Varshavsky 연구진이 발견한 규칙입니다. 단백질이 세포 안에서 얼마나 빨리 분해되는지가 N말단 아미노산 하나와 강하게 상관있다는 것이었습니다.
실험은 이랬습니다. 같은 단백질(β-갈락토시다아제)의 N말단 잔기만 바꿔 가며 스무 가지를 만들고, 각각의 반감기를 쟀습니다.
| N말단 잔기 | 포유류 반감기 | 갈래 |
|---|---|---|
| Met · Gly · Ala · Ser · Thr · Val · Pro | 20~100 시간 | 안정 |
| Ile · Leu | 5~20 시간 | 중간 |
| Asp · Glu · Asn · Gln | ~1 시간 | 불안정 |
| Arg · Lys · His · Phe · Trp · Tyr | ~1~3 시간 | 매우 불안정 |
ProtParam 은 이 표를 그대로 들고 있습니다. 서열의 첫 글자를 읽고, 표에서 한 줄을 뽑아 찍어 줍니다. 그게 전부입니다.
첫 글자를 G 에서 R 로 바꾸면 30시간이 1시간이 됩니다. 나머지 418잔기는 아무 상관이 없습니다.
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왜 하필 첫 글자가 G 인가
우연이 아닙니다. 구조물의 첫 41잔기는 β-디펜신 II 이고, 그 서열은
GIGDPVTCLK… 로 시작합니다. 즉 보조제를 앞에 두기로 한
결정(4강)이 반감기 숫자를 정한 셈입니다.
보조제가 앞에 있으면
첫 글자 G → 표가 30시간을 준다
보조제를 뒤로 옮기면
첫 글자가 M(MEAAYTASL) → 표가 역시 30시간
우연히 같다 — 그래도 근거는 한 글자뿐이다
우연히 같다 — 그래도 근거는 한 글자뿐이다
같은 값이 나온다는 사실이 오히려 요점을 보여 줍니다. 이 숫자는 구조물의 설계를 반영하지 않습니다.
이 숫자가 논문에서 하는 일
논문은 반감기를 안정성의 근거 가운데 하나로 듭니다. 불안정 지수 25.81 · 지방족 지수 70.31 과 나란히 놓고 "안정할 가능성" 을 말합니다.
셋을 나란히 놓으면 세 개의 독립된 증거처럼 보입니다. 그런데 —
| 값 | 무엇에서 나오나 | 서로 독립인가 |
|---|---|---|
| 반감기 30h | N말단 한 글자 | 셋 다 서열에서만 나온다. 구조도 실험도 보지 않는다 |
| 불안정 지수 25.81 | 이합체 418쌍 | |
| 지방족 지수 70.31 | A·V·I·L 의 조성 |
셋 다 서열만 봅니다. 접힘도, 이황화 결합도, 프로테아좀도 보지 않습니다. 같은 종류의 증거 셋이지 세 방향의 증거가 아닙니다.
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ProtParam 의 반감기 값은 무엇을 보고 정해지나요?
Answer N말단 규칙 표를 첫 글자 하나로 조회합니다. 나머지 418잔기는 이 숫자에 전혀 기여하지 않습니다.
🤔 Check yourself
이 구조물의 첫 글자가 G 인 까닭은?
Answer 보조제
GIGDPVTCLK… 가 맨 앞에 있어서입니다. 4강의 배치 결정이 12강의 숫자를 정한 셈입니다.🤔 Check yourself
반감기 30시간을 읽을 때 정당한 해석은?
Answer 표가 말해 주는 것은 N말단 잔기의 갈래까지입니다. 프로테아좀 절단(설계 목적!) · 잘못된 접힘 · 분비 경로 같은 실제 운명은 이 값이 하나도 보지 않습니다.