8. Table 2 보다 한 잔기 짧은 에피토프 · Prof. Jeong's mRNA Vaccine Design, First Steps II

5강에서 HTL 블록이 135 가 아니라 134 잔기라는 것을 보았습니다. 한 잔기가 비었습니다. Table 2 와 Fig 1B 를 나란히 놓으면 어디인지 바로 보입니다.

ISPTTTARIKKIYPA 가 표에 있고, 구조물에는 ISPTTTARIKKIYP 가 있습니다. 끝의 A 하나가 없습니다.

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# Table 2 의 에피토프와 구조물 안의 에피토프를 견준다.
table2 = ["TTARIKKIYPAFVLG", "TIVISPTTTARIKKI", "YFHNINYYSVIPRSP",
          "ISPTTTARIKKIYPA", "WTAGLASFAAIPFAQ", "LYFFHVGYQPTALIN",
          "RYVAMDVKFENITTK"]
infig = ["YFHNINYYSVIPRSP", "TTARIKKIYPAFVLG", "TIVISPTTTARIKKI",
         "RYVAMDVKFENITTK", "ISPTTTARIKKIYP", "WTAGLASFAAIPFAQ",
         "LYFFHVGYQPTALIN"]

print("Table 2 에 적힌 일곱 개 — 전부 15잔기다")
for e in sorted(table2):
    print("  %-16s %2d" % (e, len(e)))
print()
print("구조물(Fig 1B) 안의 일곱 개")
for e in sorted(infig):
    mark = "   <-- 한 잔기 짧다" if len(e) != 15 else ""
    print("  %-16s %2d%s" % (e, len(e), mark))
print()
print("표에만 있는 것 :", sorted(set(table2) - set(infig)))
print("그림에만 있는 것:", sorted(set(infig) - set(table2)))

산수가 가른다

구조물을 두 번 지어 봅니다. 한 번은 Fig 1B 대로 14잔기로, 한 번은 Table 2 대로 15잔기로. 나머지는 전부 같게 둡니다.

그리고 논문이 적은 두 값과 견줍니다.

논문이 적은 두 숫자 모두 14잔기판에서만 나옵니다. 15잔기로 지었다면 논문은 420 aa · 44.44 kDa 을 적었어야 합니다.

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# 같은 구조물을 두 번 짓는다 - 14잔기판과 15잔기판.
MW = dict(A=71.0788, R=156.1875, N=114.1038, D=115.0886, C=103.1388,
          E=129.1155, Q=128.1307, G=57.0519, H=137.1411, I=113.1594,
          L=113.1594, K=128.1741, M=131.1926, F=147.1766, P=97.1167,
          S=87.0782, T=101.1051, W=186.2132, Y=163.1760, V=99.1326)
WATER = 18.01524

def build(htl5):
    parts = [
        "GIGDPVTCLKSGAICHPVFCPRRYKQIGTCGLPGTKCCKKP", "EAAAK",
        "MEAAYTASL", "AAY", "LASFAAIPF", "AAY", "LPYFHNINY", "AAY",
        "IPTNFSFGL", "AAY", "KTYSNITIA", "AAY", "TYSNITIAM", "AAY",
        "VQMTFVISV", "AAY", "VSIPTNFSF",
        "HEYGAEALERAG",
        "YFHNINYYSVIPRSP", "GPGPG", "TTARIKKIYPAFVLG", "GPGPG",
        "TIVISPTTTARIKKI", "GPGPG", "RYVAMDVKFENITTK", "GPGPG",
        htl5, "GPGPG", "WTAGLASFAAIPFAQ", "GPGPG",
        "LYFFHVGYQPTALIN",
        "HEYGAEALERAG",
        "SDGQSASMTERVQMTF", "KK", "FPLSMASYLRPGSTGP", "KK",
        "SMTERVQMTFVISVTF", "KK", "DVESGVYSVSSFEAKS", "KK",
        "PGSTGPTAEFNYRQDF",
        "EAAAK", "AKFVAAWTLKAAA", "EAAAK", "TGALLAAGAAA",
    ]
    s = "".join(parts)
    return len(s), (sum(MW[c] for c in s) + WATER) / 1000

n14, m14 = build("ISPTTTARIKKIYP")
n15, m15 = build("ISPTTTARIKKIYPA")

print("%-30s %6s %10s" % ("어느 쪽으로 지었나", "길이", "분자량"))
print("-" * 50)
print("%-30s %5d aa %8.2f kDa" % ("Fig 1B 대로 (14잔기)", n14, m14))
print("%-30s %5d aa %8.2f kDa" % ("Table 2 대로 (15잔기)", n15, m15))
print("-" * 50)
print("%-30s %5d aa %8.2f kDa" % ("논문이 적은 값", 419, 44.37))
print()
print("14잔기판이 맞는가 :", n14 == 419 and round(m14, 2) == 44.37)
print("15잔기판이 맞는가 :", n15 == 419 and round(m15, 2) == 44.37)

그래서 무엇이 확정되나

서로 맞는 둘

Fig 1B 의 서열과
ProtParam 이 낸 419 aa · 44.37 kDa

이 둘과 어긋나는 것

Table 2 의 ISPTTTARIKKIYPA
15잔기

그림과 산수가 서로 독립적으로 같은 답을 가리킵니다. 우리가 그림을 잘못 읽었다면 분자량이 맞을 까닭이 없습니다. 그러므로 불일치는 Table 2 와의 사이에 있고, 그 크기는 알라닌 하나입니다.

그림 + 산수 ≠ Table 2

그래서 예측값은 어떻게 되나

Table 2 가 이 에피토프에 붙여 둔 값은 이렇습니다.

항목	값	무엇으로 계산했나
HLA II 분자	DRB1_0701	15잔기 `ISPTTTARIKKIYPA`
IC50	121.48 nM
%Rank	1.09 — 강한 결합
구조물에 실제로 든 것		14잔기 `ISPTTTARIKKIYP`

결론은 "예측이 틀렸다" 가 아닙니다. 다시 돌려야 한다 입니다.

15잔기에서 한 글자씩 깎아 보세요. 어느 아홉 잔기가 홈에 들어앉을 수 있는지 함께 움직입니다.

Loading…

후보가 일곱에서 여섯으로 줍니다. 결과가 달라지는지 아닌지는 돌려 봐야 압니다.

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# 한 잔기가 빠지면 core 후보가 얼마나 줄어드나.
ep15 = "ISPTTTARIKKIYPA"
ep14 = "ISPTTTARIKKIYP"

for name, e in [("Table 2 (15잔기)", ep15), ("구조물 (14잔기)", ep14)]:
    cores = [e[i:i + 9] for i in range(len(e) - 8)]
    print("%s  ->  9잔기 core 후보 %d 가지" % (name, len(cores)))
    for c in cores:
        print("     ", c)
    print()

c15 = set(ep15[i:i + 9] for i in range(len(ep15) - 8))
c14 = set(ep14[i:i + 9] for i in range(len(ep14) - 8))
print("15잔기에만 있는 후보:", sorted(c15 - c14))
print()
print("후보가 7 가지에서 6 가지로 줄었다.")
print("사라진 후보가 원래 고른 core 였다면 값이 달라진다.")
print("그대로였다면 값이 거의 같을 수도 있다.")
print("어느 쪽인지는 다시 돌려 봐야 안다 - 논문에는 그 기록이 없다.")

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

말할 수 있는 것	말할 수 없는 것
Table 2 의 서열은 15잔기다	왜 한 잔기가 빠졌는지
419 aa · 44.37 kDa 은 14잔기판에서만 나온다	의도인지 옮겨 적다 생긴 일인지
IC50 121.48 은 15잔기로 얻은 값이다	14잔기의 IC50 이 얼마인지
14잔기로 다시 돌린 기록이 없다	결과가 실제로 달라지는지

오른쪽 칸을 왼쪽 칸처럼 말하지 않는 것이 이 강의 요점입니다.

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Fig 1B 를 잘못 읽었을 가능성을 어떻게 배제했나요?

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MHC II 결합 예측에서 펩타이드 길이가 중요한 까닭은?

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이 어긋남의 결론으로 알맞은 것은?