링커가 에피토프 안에 들어 있을 때

2강과 3강에서 링커를 고른 근거를 보았습니다. AAY 의 Y 뒤, KK 의 K 뒤를 효소가 잘 자른다는 것이었습니다.

그렇다면 질문 하나. 에피토프 안에 같은 글자가 들어 있으면 어떻게 될까요?

모양만 봅니다. 그리고 이 구조물에는 그런 자리가 실제로 있습니다.

첫 번째 자리 — MEAAYTASL

이 에피토프는 구조물에서 맨 앞에 놓입니다(47–55). 그 앞은 EAAAK 링커입니다. 이어 붙이면 이렇게 됩니다.

자리 49–51 에 AAY 가 있고, 자리 56–58 에도 AAY 가 있습니다. 프로테아좀이 보기에 둘은 똑같습니다.

두 번째 자리 — HTL 세 개 안의 KK

KK 는 LBL 조각을 잇는 링커입니다. 카텝신 같은 효소가 염기성 잔기 뒤를 잘 자르기 때문에 골랐습니다.

그런데 HTL 에피토프 셋에 KK 가 들어 있습니다.

셋 다 I 권에서 본 스파이크 127–148 구간에서 온 에피토프입니다. 그 구간에 KK 가 원래 있었던 것뿐이고, 설계자가 넣은 것이 아닙니다. 그래도 효소에게는 같은 신호입니다.

검사는 몇 줄이면 끝난다

이 문제는 찾기 어려운 것이 아닙니다. 에피토프 목록과 링커 목록이 있으면 문자열 포함 검사 한 번입니다.

그런데 이 검사를 하는 파이프라인이 드뭅니다. 도구들이 각자 제 일만 하고, 조합했을 때 생기는 문제를 보는 도구가 없기 때문입니다.