분자량 44.37 kDa 을 검산한다
Results 2 · ProtParam
5강에서 419잔기가 나왔습니다. 그런데 길이가 맞다고 서열이 맞는 것은 아닙니다. 419개 자리에 다른 아미노산이 들어가 있어도 길이는 419 입니다.
그래서 자가 하나 더 필요합니다. 분자량입니다. 논문은 ProtParam 으로 44.37 kDa 을 얻었다고 적었습니다.
분자량이 소수점 둘째 자리까지 맞으면, 419개 자리에 든 아미노산이 하나도 틀리지 않았다는 뜻입니다.
단백질의 분자량은 어떻게 세나
아미노산이 이어질 때 물 한 분자가 빠집니다. 그래서 단백질의 무게는 잔기 무게의 합 + 물 한 분자 입니다.
아미노산 n 개가 이어지면 결합이 n−1 개 생기고, 결합마다 물(18.015)이 하나씩 빠집니다.
자유 아미노산 무게의 합을 Sfree 라 하면
잔기 무게(= 자유 아미노산 − 물)로 미리 계산해 두면 더 간단합니다.
ProtParam 은 평균 원자량을 씁니다. 동위원소를 하나만 쓰는 단일동위원소 질량이 아닙니다. 값이 조금 다르니 주의해야 합니다.
세 개의 자
| 자 | 재는 것 | 못 보는 것 | 논문 값 | 우리 값 |
|---|---|---|---|---|
| 길이 | 자리의 개수 | 자리에 든 것 | 419 | 419 ✓ |
| 분자량 | 원자의 무게 합 | L ↔ I 맞바꿈 · 순서 | 44.37 kDa | 44.37 ✓ |
| 등전점 | 산·염기 잔기의 균형 | 중성 잔기 전부 | 9.56 | 13강에서 |
세 자가 보는 것이 서로 다릅니다. 셋이 다 맞으면 틀릴 자리가 거의 남지 않습니다.
이 검산이 왜 강력한가
길이와 분자량이 동시에 맞을 확률을 생각해 보면 이 검산의 힘이 보입니다.
419개 자리 가운데 한 군데를 잘못 읽었다고 합시다. 길이는 여전히 419 입니다. 그런데 분자량이 소수점 둘째 자리까지 그대로 남으려면, 바꿔 읽은 아미노산의 무게가 원래 것과 0.005 Da 안쪽으로 같아야 합니다.
스무 가지 아미노산 가운데 그런 쌍은 L 과 I 하나뿐입니다. 나머지 어떤 잘못 읽기도 분자량을 움직입니다.