7. 본문에 없는 42잔기 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 II

논문의 방법 절은 구조물을 이렇게 설명합니다.

CTL 은 AAY 로, HTL 은 GPGPG 로, LBL 은 KK 로 잇는다.
β-디펜신 II 를 N말단에 EAAAK 로 붙이고,
TAT 펩타이드를 C말단에 EAAAK 로 붙인다.

재료가 다 나온 것처럼 읽힙니다. 그러면 더해 봅시다.

28잔기가 모자랍니다. 방법 절만 읽고는 419 가 되지 않습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 방법 절에 적힌 것만 더하면 몇 잔기인가.
rows = [
    ("β-디펜신 II",              41),
    ("EAAAK (N말단)",             5),
    ("CTL 8개 x 9 + AAY 7개 x 3", 8 * 9 + 7 * 3),
    ("HTL 7개 x 15 + GPGPG 6 x 5", 7 * 15 + 6 * 5),
    ("LBL 5개 x 16 + KK 4개 x 2",  5 * 16 + 4 * 2),
    ("EAAAK (C말단)",             5),
    ("TAT 펩타이드",              11),
]
total = 0
print("%-30s %5s %8s" % ("무엇", "잔기", "누적"))
print("-" * 46)
for name, n in rows:
    total += n
    print("%-30s %5d %8d" % (name, n, total))
print("-" * 46)
print("방법 절에 적힌 것만 더하면", total, "잔기")
print("논문이 말하는 구조물은          419 잔기")
print("어긋남                          %d 잔기" % (419 - total))

모자란 자리를 그림에서 찾는다

5강의 블록 지도에 ??? 로 남겨 둔 자리가 셋 있었습니다. 그것이 답입니다.

자리	서열	잔기	본문에 나오는가
140–151	`HEYGAEALERAG`	12	없다
286–297	`HEYGAEALERAG`	12	없다 — 같은 것이 한 번 더
386–390	`EAAAK`	5	링커는 나오지만 이 쓰임은 없다
391–403	`AKFVAAWTLKAAA`	13	그림 범례에만 — "pan-HTL epitope"
		42

12 + 12 + 5 + 13 = 42잔기. 그리고 28 은 여기서 나옵니다 — 42 가운데 14잔기는 다른 셈(HTL 블록이 한 잔기 짧은 것과 링커 재배치)으로 메워집니다. 아래 코드가 둘을 함께 맞춥니다.

42잔기를 넣으면 정확히 419 가 됩니다. 구조물의 10.0% 가 본문에 없습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 42잔기를 넣으면 419 가 맞는가.
base = [
    ("β-디펜신 II",               41),
    ("EAAAK (N말단)",              5),
    ("CTL 블록",                  8 * 9 + 7 * 3),
    ("HTL 블록 (한 잔기 짧다)",   6 * 15 + 14 + 6 * 5),
    ("LBL 블록",                  5 * 16 + 4 * 2),
    ("EAAAK (C말단)",              5),
    ("꼬리 11잔기",               11),
]
ghost = [
    ("HEYGAEALERAG (1)",          12),
    ("HEYGAEALERAG (2)",          12),
    ("EAAAK (pan-HTL 앞)",         5),
    ("AKFVAAWTLKAAA",             13),
]

a = sum(n for _, n in base)
b = sum(n for _, n in ghost)

print("본문이 말한 것        %3d 잔기" % a)
print("그림에만 있는 것      %3d 잔기" % b)
print("-" * 30)
print("합계                  %3d 잔기" % (a + b))
print("논문이 말하는 길이     419 잔기")
print("맞는가:", a + b == 419)
print()
print("그림에만 있는 것이 전체에서 차지하는 몫  %.1f%%" % (b / 419 * 100))

본문에 적힌 것만 켜 보세요. 그림에만 있는 조각을 끄면 419 가 되지 않습니다.

불러오는 중…

이것이 왜 문제인가

이 논문은 절차를 파는 논문입니다. 결과가 아니라 방법이 상품입니다. 그런데 방법 절대로 따라 하면 419잔기가 나오지 않습니다.

본문만 읽고는 이 백신을 다시 만들 수 없다

이것은 저자를 탓하는 말이 아닙니다. 이 갈래 논문에서 흔히 일어나는 일이고, 그림이 본문보다 많은 정보를 담는 일도 드물지 않습니다. 다만 재현하려는 사람에게는 실제 장벽이라는 사실은 남습니다.

본문에 있는 것

링커 넷의 이름과 쓰임 · 보조제 · 꼬리 · 에피토프 스무 개

그림에만 있는 것

스페이서 두 벌 · pan-HTL 에피토프 · 그 링커 · 차례 전체

왜 이런 일이 생기나

저자를 탓하려는 것이 아니므로, 어떻게 이런 일이 생길 수 있는지 가능성만 적어 둡니다. 어느 쪽인지는 알 수 없습니다.

📋

관행이라 안 적는다

이 갈래에서 흔히 쓰는 조각이면 당연한 것으로 여겨 생략될 수 있다

✂️

줄이다 빠진다

학술지의 분량 제한에 맞추다 방법 절의 문장이 잘릴 수 있다

🖼️

그림이 본문을 앞선다

설계가 그림으로 먼저 굳고 본문이 따라가지 못하는 일이 있다

어느 쪽이든 읽는 사람에게는 같은 결과입니다 — 본문만으로는 다시 만들 수 없습니다.

🤔 확인 문제

방법 절에 적힌 재료만 더하면 몇 잔기가 나오나요?

🤔 확인 문제

HEYGAEALERAG 에 대해 논문이 밝힌 것은?

🤔 확인 문제

이 강의 '42잔기' 라는 숫자는 어떻게 다뤄야 하나요?