16. GalaxyRefine 과 MolProbity 2.006 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 II

Robetta 가 낸 모형을 그대로 쓰지 않고 GalaxyRefine 에 한 번 더 넣었습니다. 무슨 일을 하는 도구일까요.

구조 예측기가 낸 모형에는 흔히 물리적으로 말이 안 되는 자리가 남습니다. 원자 둘이 너무 가깝거나, 곁사슬이 있을 수 없는 각도로 꺾여 있거나 하는 것들입니다.

다듬기 = 곁사슬을 다시 놓고 부딪힘을 푼다

논문은 Fig 2C 에서 원래 모형과 다듬은 모형을 겹쳐 놓고, 끝부분만 손보면 되었다고 적었습니다.

MolProbity 점수 2.006 이라는 눈금

다듬은 모형을 고른 기준이 MolProbity 점수가 더 낮은 것이었습니다. 이 점수는 조금 독특한 눈금을 씁니다.

MolProbity 점수는 해상도(Å)처럼 읽도록 만들어졌습니다. 점수가 2.0 이면 "잘 풀린 2.0 Å 결정 구조와 비슷한 수준의 깔끔함" 이라는 뜻입니다.

세 가지를 합쳐서 냅니다 — 원자 충돌(clashscore) · 라마찬드란 이상치 · 곁사슬 회전이성질체 이상치.

점수	대략의 뜻
1.0 안팎	매우 깨끗하다
2.006	2.0 Å 결정 구조 수준 — 무난하다
3.0 이상	문제가 있다

낮을수록 좋습니다. 2.006 은 나쁘지 않은 값입니다.

다듬기 전후를 오가며 무엇이 바뀌고 무엇이 그대로인지 보세요.

불러오는 중…

다듬기는 국소적 작업입니다. 15강에서 근거가 얇다고 본 '덩어리 배치' 는 그대로 남습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 다듬기가 바꾸는 것과 바꾸지 않는 것.
changed = [
    ("곁사슬 회전각",       "바뀐다",   "다시 놓는 것이 이 도구의 주된 일"),
    ("원자 충돌",           "준다",     "부딪히는 곳을 푸는 것이 목적"),
    ("말단 잔기의 위치",    "바뀐다",   "Fig 2C 가 보여 준 것이 이것"),
    ("라마찬드란 이상치",   "조금 준다", "뼈대를 아주 조금 움직인다"),
]
unchanged = [
    ("접힘의 전체 얼개",    "그대로",   "덩어리들의 배치는 건드리지 않는다"),
    ("2차 구조 배치",       "그대로",   "나선이 가닥으로 바뀌지 않는다"),
    ("도메인 간 상대 위치", "그대로",   "15강에서 근거가 얇다고 본 바로 그것"),
]

print("다듬기가 바꾸는 것")
print("-" * 58)
for a, b, c in changed:
    print("  %-18s %-8s %s" % (a, b, c))
print()
print("다듬기가 바꾸지 않는 것")
print("-" * 58)
for a, b, c in unchanged:
    print("  %-18s %-8s %s" % (a, b, c))
print()
print("요점: 접힘이 틀렸다면 다듬어도 틀린 채로 매끈해진다.")
print("품질 지표가 좋아지는 것과 구조가 맞는 것은 다른 일이다.")

다듬기가 손댄 곳 — '끝부분만'

논문은 Fig 2C 의 중첩 결과를 보고 말단 영역만 다듬으면 되었다고 적었습니다. 이것을 두 가지로 읽을 수 있습니다.

좋게 읽으면

원래 모형이 이미 물리적으로 깔끔했다
Robetta 가 잘 접었다

조심해서 읽으면

다듬기가 거의 아무것도 안 했다
모형의 약점(덩어리 배치)은 애초에 다듬기의 관할이 아니다

둘 다 맞습니다. 다듬기는 제 일을 했고, 그 일은 우리가 걱정하는 문제와 겹치지 않습니다.

셋 다 깔끔함을 봅니다. 셋 중 어느 것도 접힘이 맞는지는 보지 않습니다.

Python 브라우저에서 실행

# MolProbity 점수는 무엇 셋을 합친 것인가.
parts = [
    ("clashscore",     "원자끼리 뚫고 들어간 정도", "다듬기가 가장 잘 고친다"),
    ("라마찬드란 이상치", "뼈대 각도가 이상한 잔기", "조금 고친다"),
    ("회전이성질체 이상치", "곁사슬 각도가 드문 잔기", "다시 놓으므로 잘 고친다"),
]
print("MolProbity 점수 = 아래 셋을 합쳐 해상도 눈금으로 환산")
print("-" * 62)
for a, b, c in parts:
    print("  %-22s %-26s %s" % (a, b, c))
print("-" * 62)
print()
print("셋 다 '원자가 물리적으로 말이 되는가' 를 본다.")
print("'이 접힘이 맞는가' 는 셋 중 어느 것도 보지 않는다.")
print()
print("논문 값 2.006 -> 2.0 A 결정 구조 수준의 깔끔함")
print("다만 깔끔함과 정확함은 다른 축이다.")

다듬기 전후로 무엇이 보고되었나

논문이 보고한 품질 지표는 전부 다듬은 뒤의 값입니다. 다듬기 전 값은 없습니다.

지표	다듬기 전	다듬은 뒤
MolProbity	보고 없음	2.006
라마찬드란 선호	보고 없음	90.1%
ProSA Z	보고 없음	−7.54
ERRAT	보고 없음	93.052

전후를 함께 적으면 다듬기가 실제로 얼마나 개선했는지를 독자가 볼 수 있습니다. 지금은 볼 수 없습니다.

🤔 확인 문제

MolProbity 점수 2.006 은 무엇을 뜻하나요?

🤔 확인 문제

다듬기로 고쳐지지 않는 것은?