Lesson 17 of 20
라마찬드란 90.1% 는 어느 자로 재느냐에 달렸다
Results 3 · Fig 3B · PROCHECK
논문이 적은 라마찬드란 결과입니다.
가장 선호되는 영역 90.1%
허용 영역 8.1%
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98.2%
그러면 나머지 1.8% 는 어디에 있을까요. 이상치입니다. 419잔기의 1.8% 면 일고여덟 개입니다.
이 90.1 이라는 숫자를 어떻게 읽어야 할까요. 어느 자로 재느냐에 따라 답이 갈립니다.
라마찬드란 플롯이란
단백질 뼈대는 잔기마다 두 각도로 꺾입니다 — φ(파이) 와 ψ(프사이) 입니다. 이 둘을 가로세로 축으로 찍은 그림이 라마찬드란 플롯입니다.
곁사슬끼리 부딪히기 때문에 아무 각도나 나올 수 없습니다. 실제 단백질의 잔기들은 몇 개의 섬에 몰립니다 — 나선 영역, 가닥 영역 같은 곳입니다.
섬 안에 있으면 정상, 바다에 있으면 이상치
0.1 퍼센트포인트 차이로 옛 기준을 통과합니다. 요즘 기준으로는 8 퍼센트포인트가 모자랍니다.
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정직하게 정리하면
| 말할 수 있는 것 | 말할 수 없는 것 |
|---|---|
| 90.1% 는 PROCHECK 기준을 넘는다 | 이 모형의 구조가 맞다 |
| 그 여유는 0.1 퍼센트포인트다 | 이상치 일고여덟 개가 어디 있는지 |
| MolProbity 기준(98%)에는 못 미친다 | 이상치가 중요한 자리인지 아닌지 |
논문은 이 값을 두고 "전체 구조가 합리적" 이라고 적었습니다. 쓴 도구의 기준으로는 틀린 말이 아닙니다. 다만 어느 기준으로 통과인지를 밝히면 읽는 사람이 더 정확히 판단할 수 있습니다.
이 강이 하려는 말
논문이 잘못 적었다는 말이 아닙니다. 쓴 도구(PROCHECK)의 기준으로는 통과가 맞습니다.
하려는 말은 이것입니다 — 숫자 하나만으로는 판단할 수 없다. 90.1 이라는 값은 그 자체로 좋지도 나쁘지도 않습니다. 함께 알아야 할 것이 셋 있습니다.
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라마찬드란 90.1% 를 정확히 평가하려면 무엇을 함께 알아야 하나요?
Answer PROCHECK(1993)의 기준은 90% 초과이고, MolProbity 의 요즘 기준은 98% 이상입니다. 같은 값이 한쪽에서는 합격, 다른 쪽에서는 불합격입니다. 그래서 어느 자를 썼는지 밝히는 일이 중요합니다.
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이상치 1.8% 에 대해 논문이 밝히지 않은 것은?
Answer 위치가 없습니다. 말단이나 링커라면 문제가 아니지만 에피토프 안쪽이면 그 에피토프의 제시 모양이 의심스러워집니다. 같은 1.8% 가 전혀 다른 뜻이 될 수 있습니다.