20강 / 20강
말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
SPOW Vol.1 No.8 · 심사표의 R5
옛 지도의 가장자리에는 '여기부터는 모른다' 는 표시가 있었습니다. 그 표시가 있어서 탐험대는 어디로 가야 하는지를 알았습니다.
모르는 곳을 대충 칠해 버린 지도가 더 나빴습니다. 가 보면 없는 땅이었으니까요.
이 권의 마지막 일은 이 논문의 지도에서 칠해진 곳과 비어 있는 곳에 선을 긋는 것입니다.
말할 수 있는 것
| 말할 수 있다 | 근거 |
|---|---|
| 스파이크에서 에피토프 스무 개를 정해진 문턱으로 골랐다 | 방법 절에 도구와 문턱값이 모두 적혀 있다 |
| 고른 에피토프는 여섯 균주에서 보존되어 있다 | tblastn 결과 6/6 |
| 구조물은 419잔기 · 44.37 kDa 이다 | Fig 1B 의 서열로 검산된다 |
| 계산상 TLR2 쪽 도킹이 TLR4 쪽보다 일관된다 | ±1.2 대 ±16.0 |
| HLA 빈도표로 세면 전 세계 97.49% · 중앙아메리카 23.88% 다 | Fig 7 · S2 Table |
| 코돈을 사람에 맞춰 고쳤다 (CAI 0.91 · GC 61%) | S2 Fig |
말할 수 없는 것
| 말할 수 없다 | 왜 |
|---|---|
| 이 백신이 면역을 일으킨다 | 세포도 동물도 쓰지 않았다 |
| TLR2·TLR4 가 켜진다 | 도킹은 결합도 활성화도 확정하지 못한다 (논문도 그렇게 적었다) |
| mRNA 가 TLR3·7·8 을 켠다 | 온전한 긴 가닥을 붙인 모형이 엔도솜의 일과 다르다 |
| 전 세계 97.49% 가 보호받는다 | 적용범위는 제시 가능성이지 보호가 아니다 |
| 항체가 1.6×10⁵ 만큼 오른다 | 모의실험 안의 낱개 수다. 실험 단위가 아니다 |
| 이 mRNA 가 세포에서 잘 발현된다 | 캡이 설계에 없고 변형 뉴클레오사이드도 없다 |
| 이 설계를 그대로 다시 만들 수 있다 | 5'UTR·MITD·3'UTR 길이가 없고 공개 코드가 없다 |
R4 는 왜 통과인가 — 규칙도 고쳐야 했다
처음 돌렸을 때는 R4(원자료)도 탈락이었습니다. 심사 규칙이 알고 있던 저장소가 오믹스 쪽 여섯 군데뿐이어서, 이 논문이 성실히 맡긴 자료를 못 알아본 것입니다.
이 논문은 Science Data Bank 에 자료를 올렸고(10.57760/sciencedb.28908),
스파이크 서열의 GenBase 접근번호도 본문에 적었습니다. 규칙 쪽이 틀렸으므로
규칙을 고쳤습니다.
여기에 이 권의 교훈이 한 번 더 있습니다 — 문턱은 그 자체가 주장이다. 문턱이 놓친 것이 있으면 통과 여부가 아니라 문턱을 봐야 합니다.
아홉 개 문턱이 모두 기본값이거나 관행값입니다. 문턱을 바꾸면 스무 개의 에피토프가 달라집니다.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
이 논문에 대해 말할 수 있는 것은?
해설 적용범위는 표를 써서 센 값이라 계산 자체는 확인됩니다. 나머지 셋은 세포도 동물도 쓰지 않았으므로 말할 수 없습니다.
🤔 확인 문제
SPOW 심사에서 R5(재현 코드)가 탈락인 것이 옳은 판정인 까닭은?
해설 스무 개 웹도구의 순서와 문턱이 곧 이 논문의 방법입니다. 그것이 코드이고, 공개 저장소가 없으니 독립 재현이 막힙니다. R4·R6·R3 은 모두 통과입니다.
🤔 확인 문제
R4(원자료) 규칙을 고쳐야 했던 까닭은?
해설 논문은 Science Data Bank 에 자료를 올렸고 GenBase 접근번호도 적었습니다. 못 알아본 쪽은 규칙이었으므로 규칙을 고쳤습니다.