iMODS 의 정규모드 — 분자동역학이라는 이름의 두 가지

다리가 튼튼한지 보는 방법이 둘 있습니다.

하나는 차를 올려 실제로 달려 보는 것입니다. 오래 걸리고 비쌉니다. 다른 하나는 다리를 용수철과 추로 바꾼 모형을 만들어 흔들어 보는 것입니다. 몇 초면 끝나지만, 알아내는 것은 '어느 방향으로 잘 휘는가' 뿐입니다.

논문이 쓴 iMODS 는 뒤쪽입니다. 그런데 논문은 이것을 Methods 8 에서 분자동역학 모사(MD simulation)라는 이름 아래 적었습니다.

논문이 얻은 것

Fig 5C·6C 는 변형성(deformability) 그래프입니다. 사슬을 따라가며 어느 잔기가 잘 휘는지 봅니다. 논문은 두 복합체 모두 휘는 정도가 제한적이라고 적었습니다.

Fig 5D·6D 는 공분산(covariance) 그래프입니다. 어느 잔기와 어느 잔기가 같이 움직이는가를 빨강·하양·파랑으로 칠합니다. 빨강은 같이, 파랑은 반대로.

논문은 두 복합체가 '합리적인 동적 결합 관계' 를 보였다고 적었습니다.

정규모드가 잘하는 것

변형성 그래프를 읽는 요령

가로축은 사슬을 따라간 잔기 번호이고 세로축은 얼마나 잘 휘는가 입니다. 봉우리가 선 곳이 잘 휘는 자리입니다.

거의 언제나 봉우리가 서는 자리가 있습니다 — 사슬의 양 끝과 고리(loop) 부분입니다. 붙잡아 주는 이웃이 적기 때문입니다.

그러니 양 끝이 휜다는 것은 새로운 소식이 아닙니다. 눈여겨볼 것은 가운데에 뜻밖의 봉우리가 서는 경우입니다.