Lesson 13 of 20
코돈 최적화 — CAI 0.91 과 GC 61%
Methods 10 · 결과 8 · S2 Fig
같은 뜻을 가진 낱말이 여럿 있습니다. '아버지' 와 '부친' 과 '아빠'. 뜻은 같은데 얼마나 자주 쓰이는지가 다릅니다.
유전암호도 그렇습니다. 류신 하나를 적는 방법이 여섯 가지입니다. 사람 세포는 그 여섯을 골고루 쓰지 않고 어떤 것을 더 자주 씁니다. 자주 쓰는 코돈은 그것을 읽는 tRNA 도 많습니다.
코돈 최적화는 단백질은 그대로 두고 자주 쓰이는 코돈으로 갈아 끼우는 일입니다.
41잔기만으로도 경우의 수가 스무 자리를 넘습니다. 419잔기 전체라면 천문학적입니다.
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가장 흔한 코돈만 쓰면 1.0 이 됩니다. 사용표는 교육용 가정값입니다.
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GC 61% 가 딸려 오는 까닭
사람이 즐겨 쓰는 코돈은 세 번째 자리가 G 나 C 인 것이 많습니다. 그래서 CAI 를 올리면 GC 함량이 따라 오릅니다. 이 논문의 61% 도 그렇게 나온 값입니다.
GC 가 높으면 좋은 점
mRNA 가 덜 쉽게 분해된다고 알려져 있다
번역 효율이 오르는 쪽으로 기운다
번역 효율이 오르는 쪽으로 기운다
딸려 오는 문제
2차 구조가 단단해진다 (15강과 이어진다)
합성·서열확인이 까다로워진다
합성·서열확인이 까다로워진다
그러니 CAI 0.91 과 15강의 −678.61 kcal/mol 은 남남이 아닙니다. 앞의 선택이 뒤의 숫자를 만들었습니다.
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CAI 0.91 이 뜻하는 것은?
Answer 코돈 사용표와의 닮음을 0~1 로 잰 값입니다. 발현량도 백분율도 GC 도 아닙니다.
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코돈 최적화가 GC 함량을 함께 올리는 까닭은?
Answer 코돈 선택이 세 번째 자리를 G·C 쪽으로 몰기 때문입니다. 아미노산은 그대로입니다.
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CAI 를 최대로 올리는 것이 늘 좋지는 않은 까닭으로 이 강이 든 것은?
Answer 번역 속도가 고르기만 한 것이 늘 이롭지는 않습니다. 논문은 이 대목을 다루지 않았습니다.