16. mRNA 를 TLR3·7·8 에 붙이다 — 문턱 0.5 와 신뢰도 0.9 · Prof. Jeong's mRNA Vaccine Design, First Steps III

우체통은 편지를 받습니다. 그런데 편지를 접지 않고 통째로 우체통 옆에 세워 두면 어떻게 될까요. 우체통은 아무 일도 하지 않습니다. 우체통이 하는 일은 투입구를 통과한 것을 받는 일이기 때문입니다.

엔도솜 안의 TLR3·TLR7·TLR8 도 그렇습니다. 이들은 남의 핵산을 알아보는 센서인데, 무엇을 어떻게 알아보는지가 꽤 구체적으로 정해져 있습니다.

센서	알아보는 것
TLR3	이중가닥 RNA
TLR7	구아노신 과 U 가 많은 짧은 조각 — 두 자리에 나눠 붙는다
TLR8	유리딘 과 짧은 조각 — 역시 두 자리

공통점이 보입니다 — TLR7 과 TLR8 은 분해된 짧은 조각을 읽습니다. 온전한 긴 mRNA 한 가닥이 통째로 들어가 붙는 그림이 아닙니다.

온전한 가닥과 잘린 조각을 바꿔 가며, 어느 쪽이 센서의 주머니에 들어가는지 보세요.

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문턱 두 개를 뜯어본다

RPISeq — RNA 와 단백질이 상호작용할지를 서열만 보고 맞히는 도구입니다. 무작위숲(RF)과 서포트벡터머신(SVM) 두 방식의 점수를 냅니다. 논문은 모든 점수가 0.5 를 넘었다고 적었습니다.

그런데 0.5 는 두 갈래 분류기의 한가운데입니다. 동전 던지기의 경계선입니다. RPISeq 를 만든 쪽도 0.5 를 '양성' 의 최소 기준으로 제시했을 뿐, 0.51 과 0.95 를 같은 증거로 보라는 뜻이 아닙니다.

HDOCK — 논문은 결합 점수가 모두 −200 보다 낮고 신뢰도 점수가 0.9 를 넘었다고 적었습니다. HDOCK 의 신뢰도는 결합 점수를 0~1 로 눌러 담은 S자 함수입니다. 즉 새로운 정보가 아니라 같은 숫자를 다시 적은 것입니다.

신뢰도는 결합 점수를 눌러 담은 같은 숫자입니다. 두 문턱을 나란히 적으면 증거가 둘인 것처럼 보입니다.

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# HDOCK 의 신뢰도 점수는 결합 점수의 S자 변환이다
import math

def confidence(score):
    # HDOCK 이 쓰는 꼴: 1 / (1 + exp(0.02*(score + 150)))
    return 1.0 / (1.0 + math.exp(0.02 * (score + 150)))

print(f"{'결합 점수':>10}{'신뢰도':>10}")
for s in (-100, -150, -200, -250, -300, -400):
    print(f"{s:>10}{confidence(s):>10.3f}")
print()
print("논문은 '점수 < -200' 과 '신뢰도 > 0.9' 를 따로 적었지만")
print("뒤의 값은 앞의 값에서 바로 나온다 — 독립된 두 증거가 아니다")
print()
print("-200 일 때 신뢰도:", round(confidence(-200), 3))
print("-250 일 때 신뢰도:", round(confidence(-250), 3))

🤔 Check yourself

전장 mRNA 를 TLR7·TLR8 에 도킹한 것이 생물학과 어긋나는 대목은?

🤔 Check yourself

HDOCK 의 '결합 점수 < −200' 과 '신뢰도 > 0.9' 를 두 개의 증거로 볼 수 없는 까닭은?

🤔 Check yourself

이 강이 주장하지 않고 물음으로 남긴 것은?