18. pET-28a(+) 와 BamHI — 그리고 문장의 시제 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 III

설계가 끝나면 그 DNA 를 어딘가에 넣어야 합니다. 논문은 pET-28a(+) 라는 플라스미드를 골랐고, BamHI 라는 제한효소로 잘라 펴서 시험관 전사의 주형으로 쓴다고 적었습니다.

pET-28a(+) 가 원래 무엇을 위한 것인가

이 벡터가 만들어진 목적

대장균에서 단백질을 만드는 것.
lacI 조절 · 카나마이신 내성 · His 꼬리표가 들어 있다

이 논문이 쓰는 방식

T7 프로모터만 빌려 시험관 전사 주형으로 쓴다.
대장균 쪽 부품은 쓰지 않는다

T7 프로모터가 있으니 돌기는 합니다. 틀린 선택은 아닙니다. 다만 이 목적이라면 시험관 전사를 위해 만들어진 더 단순한 벡터들이 있습니다.

벡터의 부품을 하나씩 살펴보고, 이 설계에서 실제로 쓰이는 것이 무엇인지 가려 보세요.

불러오는 중…

그리고 마지막 문단의 시제

결과 8 의 맨 끝은 이렇게 끝납니다 (우리말로 옮기면) —

"그 플라스미드를 시험관 전사의 주형으로 사용하였고, 합성된 mRNA 를 지질나노입자로 봉입하여 접종에 사용하였다."

세 동사가 모두 과거형이고, 끝난 일처럼 적혀 있습니다.

이것을 어떻게 읽을 것인가

속임수라고 읽으면 안 됩니다. 인실리코 논문에서는 계획한 절차를 과거형으로 서술하는 일이 드물지 않습니다. 설계도를 그리면서 '이렇게 만들어 이렇게 쓴다' 를 완료형으로 적는 버릇입니다.

이 강이 말하는 것은 읽는 사람의 일입니다 — 과거형이라고 해서 일어난 일은 아닙니다. 어떤 문장이 실제로 일어난 일을 적은 것이고 어떤 문장이 계획을 적은 것인지, 읽는 쪽이 가려야 합니다.

가르는 방법은 하나뿐입니다 — 방법 절에 그 걸음이 있는가를 보는 것. 여기에는 LNP 를 만드는 걸음도, 전사 반응 조건도, 접종 대상도 없습니다.

같은 논문 안에서도 문장마다 무게가 다릅니다. 방법 절이 받쳐 주는가가 가르는 기준입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 논문에서 '한 일' 과 '할 일' 을 가르는 물음 네 가지
checks = [
    ("시험관 전사",   "방법 절에 반응 조건이 있는가",        False),
    ("LNP 봉입",      "방법 절에 지질 조성과 비율이 있는가",  False),
    ("접종",          "방법 절에 대상과 용량이 있는가",       False),
    ("에피토프 예측", "방법 절에 도구와 문턱값이 있는가",     True),
    ("도킹",          "방법 절에 서버와 PDB ID 가 있는가",    True),
    ("적용범위",      "방법 절에 계산 옵션이 있는가",         True),
]

print(f"{'무엇':<14}{'무엇을 보나':<32}{'있나'}")
for what, how, ok in checks:
    print(f"{what:<14}{how:<32}{'있다' if ok else '없다'}")
print()
done = [w for w, _, ok in checks if ok]
plan = [w for w, _, ok in checks if not ok]
print("방법 절이 받쳐 주는 것 :", ", ".join(done))
print("과거형으로 적혔지만 받쳐 주는 걸음이 없는 것:", ", ".join(plan))

🤔 확인 문제

pET-28a(+) 를 이 설계에 쓸 수 있는 까닭은?

🤔 확인 문제

결과 8 마지막 문단이 과거형인 것을 읽는 바른 태도는?

🤔 확인 문제

이 논문의 방법 절에 없는 걸음은?