12. 여섯 대립유전자로 돌린 모의실험 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 III

신발을 만들어 놓고 '세계 인구의 97%가 신을 수 있다' 고 적었습니다. 그리고 신어 본 사람은 한 명입니다.

두 문장 다 참일 수 있습니다. 다만 두 번째 문장이 첫 번째를 확인해 주지는 않습니다. 이 강은 그 두 문장의 관계에 대한 것입니다.

모의실험이 쓴 여섯

갈래	대립유전자
class I	HLA-A*02:01
	HLA-A*23:01
	HLA-B*53:01
	HLA-B*15:01
class II	HLA-DRB1*04:05
class II	HLA-DRB1*07:01

C-IMMSIM 은 HLA 를 이렇게 지정해 가상의 한 사람을 만들고 그 사람에게 주사를 놓습니다.

여섯을 바꿔 가며 어느 에피토프가 실제로 쓰이는지 보세요.

불러오는 중…

여덟 가운데 넷만 이 가상의 사람 안에서 쓰입니다. 이 셈은 우리가 Table 1 로 한 것이라 인용하면 안 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

# 모의실험이 쓴 여섯 대립유전자로 CTL 에피토프가 몇 개나 걸리는가
ctl = {
    "KTYSNITIA": ["HLA-A*30:01"],
    "TYSNITIAM": ["HLA-A*24:02", "HLA-A*23:01"],
    "LPYFHNINY": ["HLA-B*35:01", "HLA-B*53:01"],
    "VQMTFVISV": ["HLA-A*02:06", "HLA-A*02:01", "HLA-A*02:03"],
    "VSIPTNFSF": ["HLA-B*58:01", "HLA-B*57:01", "HLA-B*15:01",
                  "HLA-A*32:01", "HLA-A*23:01", "HLA-B*35:01", "HLA-A*24:02"],
    "IPTNFSFGL": ["HLA-B*53:01"],
    "MEAAYTASL": ["HLA-B*40:01"],
    "LASFAAIPF": ["HLA-B*35:01"],
}
sim = {"HLA-A*02:01", "HLA-A*23:01", "HLA-B*53:01", "HLA-B*15:01"}   # class I 넷

hit = [p for p, al in ctl.items() if sim & set(al)]
miss = [p for p in ctl if p not in hit]

print("모의실험의 class I 대립유전자 넷:", ", ".join(sorted(sim)))
print()
print(f"걸리는 CTL 에피토프 {len(hit)}개:")
for p in hit:
    print("   ", p, "->", ", ".join(sorted(set(ctl[p]) & sim)))
print()
print(f"걸리지 않는 CTL 에피토프 {len(miss)}개:")
for p in miss:
    print("   ", p)
print()
print("여덟 가운데", len(miss), "개는 이 사람 안에서 아무 일도 하지 않는다")
print("(이 셈은 Table 1 의 목록으로 우리가 한 것이다 — 논문에 없다)")

고른 여섯이 어떤 사람인가

HLA-B*53:01 은 서아프리카에 흔하고, HLA-DRB1*04:05 는 동아시아에 흔하고, HLA-A*02:01 은 유럽계에 아주 흔합니다. 여섯을 모아 놓으면 실제로는 드문 조합의 사람이 됩니다.

이것이 잘못은 아닙니다 — 모의실험은 대표성 있는 사람을 만드는 도구가 아닙니다. 다만 결과를 '사람에게서 이렇게 된다' 로 읽으면 안 되는 까닭입니다.

class II 쪽은 둘뿐이다

모의실험이 쓴 여섯 가운데 class II 는 DRB1*04:05 와 DRB1*07:01 둘뿐입니다. 그런데 논문이 HTL 에피토프를 고를 때 걸어 본 대립유전자는 스물 몇 개였습니다(방법 2.2).

그러니 일곱 개의 HTL 에피토프 가운데 이 가상의 사람 안에서 실제로 쓰이는 것은 일부입니다. Table 2 를 보면 DRB1*07:01 로 뽑힌 것이 하나, DRB1*04:05 로 뽑힌 것이 하나입니다.

Table 2 의 대표 대립유전자로만 세면 일곱 중 둘입니다. 표가 대표 하나만 적었으므로 이것은 하한입니다 — 인용하면 안 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

# HTL 에피토프 일곱 가운데 모의실험의 class II 둘로 걸리는 것
htl = [
    ("TTARIKKIYPAFVLG", "DRB1_0101"),
    ("TIVISPTTTARIKKI", "DRB1_0401"),
    ("YFHNINYYSVIPRSP", "DRB1_1501"),
    ("ISPTTTARIKKIYPA", "DRB1_0701"),
    ("WTAGLASFAAIPFAQ", "DRB1_1501"),
    ("LYFFHVGYQPTALIN", "HLA-DPA10103-DPB10201"),
    ("RYVAMDVKFENITTK", "DRB1_0405"),
]
sim2 = {"DRB1_0405", "DRB1_0701"}

hit = [(p, a) for p, a in htl if a in sim2]
print("모의실험의 class II 둘:", ", ".join(sorted(sim2)))
print()
print(f"Table 2 에 적힌 대립유전자로 걸리는 것 {len(hit)}개:")
for p, a in hit:
    print("   ", p, "<-", a)
print()
print(f"걸리지 않는 것 {len(htl)-len(hit)}개")
print()
print("주의: Table 2 는 에피토프마다 '대표' 대립유전자 하나만 적었다.")
print("      실제로는 더 많은 대립유전자에 걸릴 수 있으므로 이 셈은 하한이다.")

🤔 확인 문제

C-IMMSIM 모의실험 결과가 97.49% 라는 적용범위를 확인해 주지 못하는 까닭은?

🤔 확인 문제

모의실험이 고른 여섯 대립유전자의 성격으로 맞는 것은?