HADDOCK 으로 다듬기 — 점수 하나에 네 가지가 들어 있다

ClusPro 가 자세를 골랐으면, HADDOCK 은 그 자세를 물에 담가 다듬습니다.

곁사슬을 조금씩 움직여 부딪히는 곳을 풀고, 물 분자를 넣어 계산을 한 번 더 돌립니다. 그래서 HADDOCK 의 출력은 ClusPro 보다 물리량에 가깝습니다 — 반데르발스 에너지 · 정전기 에너지 · 탈용매화 에너지가 따로 나옵니다.

되짚어 보니 나온 것

표의 세 항으로 계산하면 TLR2 는 −176.3, TLR4 는 −165.5 가 나옵니다. 논문이 적은 값은 −152.8 과 −132.9 이니, 각각 +23.5 와 +32.6 이 남습니다.

이 남는 자리는 벌점 항(0.1·E_AIR)입니다. 둘 다 양수라는 것은 사람이 준 접촉 조건을 어겼다는 뜻이고, TLR4 쪽이 더 많이 어겼습니다.

논문은 이 항을 적지 않았습니다. 적지 않은 것이 잘못은 아닙니다 — 다만 표만 보고는 이 사실을 알 수 없습니다.

정전기 에너지가 유독 크게 흔들린다

TLR4 쪽 정전기 에너지는 −261.7 ± 75.0 입니다. 흔들림이 평균의 29% 입니다.

정전기 항은 하전된 곁사슬이 어디를 보고 있느냐에 아주 민감합니다. 구조마다 라이신이나 아르지닌 하나가 다른 쪽으로 돌아 있으면 값이 크게 바뀝니다.

그리고 이 백신은 염기성 잔기가 많습니다 — 등전점이 9.56 이라는 것이 그 뜻입니다(II권). 그러니 정전기 항이 크고 또 흔들리는 것은 이 분자의 성질에서 어느 정도 예상되는 일입니다.