10. 1000걸음이 350일인 까닭 — 모의실험의 시계 · 정교수의 mRNA백신 디자인 첫걸음 III

보드게임에서 말이 한 칸 갑니다. 그 한 칸은 며칠일까요.

게임 설명서에 적혀 있습니다. 적혀 있지 않으면 아무도 모릅니다.

C-IMMSIM 도 그렇습니다. 면역계를 격자 위의 세포들로 바꾸고 규칙을 돌리는 프로그램인데, 한 걸음(time step)이 실제 시간으로 얼마인지는 프로그램이 정해 둡니다 — 8시간입니다.

1000 × 8 = 8000시간 = 333.3일입니다. 논문은 '약 350일' 이라 적었습니다. 333.3 은 우리가 센 값이라 인용하면 안 됩니다.

Python 브라우저에서 실행

# 걸음을 날로 고쳐 본다
steps = 1000
hours_per_step = 8

hours = steps * hours_per_step
days = hours / 24

print("걸음 수      :", steps)
print("걸음당 시간  :", hours_per_step, "시간")
print("모두 합치면  :", hours, "시간")
print("날로 고치면  :", round(days, 1), "일")
print()
print("논문이 적은 값: '약 350일'")
print("우리가 센 값  :", round(days, 1), "일")
print("차이          :", round(350 - days, 1), "일")

걸음을 날로 바꿔 보고, 주사 세 번이 어디쯤인지 짚어 보세요.

불러오는 중…

C-IMMSIM 이 하는 일

🎲

규칙 기반

세포가 만나면 정해진 규칙대로 반응한다. 물리 계산이 아니다

🧮

격자 위의 세포

세포를 낱개로 세어 격자 위에서 움직인다

🎛️

사람이 고르는 것

HLA 여섯 개 · 주사 시점 · 걸음 수. 고른 값이 결과를 정한다

환율 하나만 알면 걸음이 날로 바뀝니다. 주사 걸음 값은 논문에 없어 가정한 것입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 주사 세 번의 자리를 걸음과 날로 함께 적어 본다 (자리는 교육용 가정)
shots = [1, 84, 168]        # 걸음 — C-IMMSIM 의 흔한 기본값 꼴
print(f"{'주사':<6}{'걸음':>8}{'시간':>10}{'일':>8}")
for i, s in enumerate(shots, 1):
    h = s * 8
    print(f"{i}차{'':<4}{s:>8}{h:>10}{h/24:>8.1f}")
print()
gap = (shots[1] - shots[0]) * 8 / 24
print("1차와 2차 사이:", round(gap, 1), "일")
print()
print("전체 기간:", round(1000 * 8 / 24, 1), "일")
print("(주사 걸음 값은 논문에 적혀 있지 않다 — 교육용 가정이다)")

주사 사이를 얼마로 둘 것인가도 사람이 고른다

C-IMMSIM 을 돌리려면 주사를 몇 걸음째에 놓을지 사람이 정해야 합니다. 논문은 세 번 놓았다고만 적었고 걸음 값은 적지 않았습니다.

그래서 Fig 8 의 봉우리 세 개가 며칠 간격인지 읽는 사람은 알 수 없습니다. 4주 간격이었는지 8주 간격이었는지에 따라 기억 반응의 모양이 달라집니다.

이것도 14강에서 본 것과 같은 갈래의 빈칸입니다 — 고른 값을 적지 않으면 그림을 다시 그릴 수 없습니다.

🤔 확인 문제

C-IMMSIM 에서 1000걸음이 약 한 해가 되는 까닭은?

🤔 확인 문제

면역 모의실험에서 항체 곡선이 올라간 그림이 보여 주는 것은?